在击败噶尔丹后，于康熙三十年（1691年），清廷举行多伦诺尔会盟，正式编审旗分后，喀尔喀蒙古最后臣服于清朝，并接受清朝的管理，正式成为清朝主权下的藩部。但清朝也有“外藩蒙古”这个说法，这个称呼的定义让人有一点迷惑，觉得蒙古前面加“外藩”两字，就觉得清朝没有管控蒙古，就失之于片面。
其实，清朝的外藩体制非常宽泛，指代范围那是相当大的。根据张永江先生的研究，清朝外藩大概有三层：一是指清朝版图范围之内的各藩部，例如蒙古、新疆回部等，清朝和这些少数民族地方是构成主权关系的，不过只是笼罩着宗藩体制的外壳罢了。二是指与清朝有宗藩关系的属国，比如李朝、暹罗、哈萨克这样的就是，这就不是在主权范围内了。三是清朝强加的，并不存在宗藩关系的国家，如俄罗斯、英国那种。所以喀尔喀蒙古当然是属于第一类，即清朝主权下的各藩部。是不是属于“外藩”是以是否进行“朝贡”为标准的，而“藩部”和“藩属国”确实有朝贡行为，是故统称为“外藩”。所以，“外藩”这个词属于朝贡体制下的语境，而不能完全解释这是否是主权概念，一些人因为“外藩蒙古”一词，而把清廷与蒙古的隶属关系中割裂开来，是个非常错误的概念。
而据边疆史专家成崇德所写的《清代边疆民族研究》所述，清朝的外藩根据性质又分为内属外藩和境外外藩。
内属外藩就是指蒙古、西藏、新疆等边疆民族地方，在清朝统治者眼里看来，他们是帝国版图的组成部分，清朝有稳定的行政法律制度管控他们。而“外藩蒙古”又属于“内属外藩”的一种。“外藩蒙古”包括内蒙古各部、外蒙古各部、西套蒙古、青海蒙古等。而从政治隶属程度上讲，内蒙古一带属于内扎萨克，其余为外扎萨克。
境外外藩则是浩罕、哈萨克、布鲁特、廓尔喀、李朝、越南等。这种藩属国无疑是主权国家，最多只和清廷有朝贡关系，并不能归清廷管制。
事实上，清朝皇帝对版图内外是分得非常清晰的，对内属外藩和境内外藩的态度完全不同。就比如清高宗对境外外藩的态度大致有三个原则：一是绝对不设官置守；二是绝不干涉其内部事务；三是绝不介入各部之间的纷争。乾隆皇帝在提到对待境外外藩的问题时，经常拿喀尔喀蒙古举例，清楚地表明了境外外藩是在清朝版图之外，与在清朝版图之内的喀尔喀蒙古完全不同。《清高宗实录》就记载了乾隆皇帝的话：“尔等僻处遐方，非可与喀尔喀蒙古诸部比，尔称号为汗，朕即加封，无以过此。或尔因系自封，欲朕赐以封号，亦待来奏。朕惟期尔部安居乐业，俾游牧各仍旧俗，即贡献亦从尔便，如遣使入觐，朕自优加赏赉。”另一段说得更明显，基本可以看做是会带境外外藩的的基本政策了：“所谓归斯受之，不过羁縻服属，如安南、琉球、暹罗诸国，俾通天朝声教而已。并非欲郡县其地，张官置吏，亦非如喀尔喀之分旗编设佐领。”
《大清会典》
这意思那是相当明白的。安南、琉球这些“俾通天朝声教之地”仅仅只是“羁縻服属”，而内地直省郡县“张官置吏”和喀尔喀蒙古“编旗设佐领”都属于清朝版图之下。这一点在乾隆朝《大清会典》里说得很清楚，喀尔喀蒙古就是我的版图，和新疆、西藏、青海一样，是国家的组成部分，他们都是由专门部门管理的：“国初，蒙古北部喀尔喀三汗同时纳贡、厥后朔漠荡平，庇我宇下，与漠南诸部落等。承平以来，怀柔益远，北踰翰海，西绝羌荒，青海厄鲁特、西藏、准噶尔之地，咸入版图。其封爵、会盟、屯防、游牧诸政事，厥有专司。”
而清廷管控喀尔喀蒙古的基本手段其实是和漠南蒙古是一样的，基本操作就是编旗设佐和编审户口，可以说是清廷推进后续管理举措的基础。在旗制方面由原来的三部30多旗变成了四部83旗，清朝皇帝对划定旗分有绝对权威。就比如说雍正朝时期就因为亲王策凌在对准噶尔战争中功劳巨大，故将其部众从土谢图汗部中独立出来，单独成部。
户口和漠南蒙古一样，“喀尔喀每三年一次比丁”，由清廷任命的定边左副将军、科布多参赞大臣，喀尔喀四部盟长的主持下完成“比丁”工作，并制成清册呈报于理藩院。喀尔喀蒙古和漠南蒙古一样，对清廷负有从征、大阅、会盟、年班、围班、朝觐、纳贡等义务，清廷为了规范这些义务编订了《理藩院则例》和《蒙古律例》来约束诸部。
当然，外藩蒙古内部的王公们还是有一定的自治权的，而这些自治权本质上是由皇帝赐予，可随时收回。就比如说税收这一块，王公可以在自己的旗地里征收赋税。但是，征收标准是由清朝来制订的，不可随意滥征，否则“滥征者罪之”。
再如立法权和司法权方面，外藩蒙古的封建王公是没有立法权的，法律是由清廷制定。在司法权方面，普通的民事案件和刑事案件可以由旗、盟两级解决。但是如果涉及到人命案件，各扎萨克必须上报中央，由理藩院和三法司共同审核完结，“由院会三法司定拟具奏”。
而对杀人凶犯藏匿不报的蒙古王公均要严惩，就比如说喀尔喀车臣汗部扎萨克贝子旺沁扎布，对副将及其属下塔巴海等人杀人事件隐匿不报。被查出后，塔巴海被“依拟绞监候，秋后处决”，另有从犯哈布塔噶、翁图立即正法，而旺沁扎布本人因为隐瞒人命案，被剥夺了其在扎萨克的职位以及贝子爵位。
所以，喀尔喀蒙古当然是清朝版图的一部分，而“外藩蒙古”这个概念就非常宽泛，基本上就覆盖了内外蒙古和青海、新疆蒙古诸部。
