罗卜藏丹津的反叛还得从漠西蒙古的历史演变说起，也和后来清圣祖御驾亲征的准噶尔部首领噶尔丹都有很大关系。
罗卜藏丹津想谋求统治西藏
罗卜藏丹津是漠西蒙古和硕特部固始汗的孙子，固始汗是蒙古成吉思汗黄金家族后裔，他的祖先是成吉思汗铁木真的弟弟拙赤合撒儿。
漠西蒙古也叫作卫拉特蒙古，也就是明朝的蒙古瓦剌部，卫拉特蒙古较大的部落共有四个，分别是和硕特部、准噶尔部、土尔扈特部和杜尔伯特部。
其中以和硕特部和准噶尔部实力最强，大概在明末崇祯时期，和硕特部在固始汗的带领下崛起，此前卫拉特蒙古各部都一直在新疆和青海一带，和硕特部的统治区域就横跨新疆和青海。
在明末时期，西藏内部发生内乱，藏传佛教格鲁派为了夺取西藏的统治权，特意从青海请和硕特部固始汗带兵进入西藏。固始汗带和硕特部骑兵进入西藏攻灭了藏巴汗政权，于是固始汗带领和硕特部占据了西藏，固始汗与五世达赖阿旺罗桑嘉措订立第巴制度，即第巴为西藏最高执政官，受和硕特大汗与达赖活佛共同领导，因此这也就是和硕特部与达赖世系共治西藏的决议。
图鲁拜琥
固始汗此后常驻拉萨，并在拉萨建立了和硕特汗国，但是固始汗却让八个儿子共治青海。由于固始汗带领和硕特部称霸青藏地区，实力一时为卫拉特蒙古之最，加之固始汗的黄金家族后裔身份，所以固始汗与卫拉特蒙古各部首领会盟，组成卫拉特蒙古联盟，由固始汗所领导的和硕特汗国为盟主。
后来清朝入关统一天下，固始汗认识到清朝的强盛，于是固始汗号召卫拉特蒙古各部一起上表向清朝请降，在固始汗的带领下卫拉特蒙古各部上表清朝顺治皇帝表示效忠。
此后固始汗去世，其子达延汗继位，五世达赖当初与固始汗订立共治西藏实际只是权宜之计，五世达赖一直谋求从和硕特汗国手中攫取西藏的统治权，因此达延汗继位后，五世达赖越发参与世俗政治，达延汗的权力逐渐被五世达赖所架空。
后来准噶尔部在噶尔丹的带领下走向崛起强大，噶尔丹野心勃勃，想用武力强行统一卫拉特蒙古，因此实力强盛的和硕特汗国就成了他的障碍。不过好在此时已经不是固始汗时期，和硕特汗国实力大不如前，噶尔丹本身也是温萨活佛八世化身，他也是五世达赖的弟子，本身就属于政教合一的人物，于是噶尔丹利用宗教身份与五世达赖和第巴桑结嘉措勾结，架空了和硕特汗国在西藏的统治权，而准噶尔部在西藏地区的影响力反而日益强盛。
噶尔丹的崛起和强大引来了清朝康熙皇帝的警惕，因此在后来噶尔丹建立准噶尔汗国之后妄图把手伸向与清朝比邻的漠南蒙古时，清圣祖再也不能容忍噶尔丹了，于是亲率满蒙汉八旗军亲征噶尔丹，清圣祖在噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦的帮助下，很快三次亲征噶尔丹将其攻灭。
绰罗斯·噶尔丹
噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦也顺理成章接替噶尔丹成为准噶尔汗国的首领，而随着噶尔丹败亡以及五世达赖的去世，达延汗的孙子拉藏汗也找到了机会，他向清圣祖报备，西藏第巴桑结嘉措隐瞒五世达赖去世的消息，擅自册立六世达赖仓央嘉措，邀请清圣祖派八旗兵帮助其收回西藏统治权，驱逐桑结嘉措。
因此拉藏汗在清朝的帮助下占据了拉萨，攻杀了桑结嘉措，并废除了六世达赖，由清政府册封格桑嘉措为七世达赖，拉藏汗也带领着和硕特汗国重新掌控了西藏地区的统治权。
桑结嘉措被拉藏汗攻杀之后，他的手下跑到了准噶尔汗国，策妄阿拉布坦其实也是一个十分有野心的人，但是由于当时准噶尔汗国在噶尔丹的统治下刚刚被清圣祖三次亲征打得实力大减，因此策妄阿拉布坦接纳了桑结嘉措的手下，不过却一直休养生息。
直到康熙五十六年（1717年），策妄阿拉布坦派大将策凌敦多布率准噶尔骑兵以突袭的方式攻入拉萨，随后诱使拉藏汗的部下打开了布达拉宫的大门，准噶尔骑兵攻入布达拉宫，随即拉藏汗被杀，七世达赖被策妄阿拉布坦囚禁，和硕特汗国也由此灭亡。
策妄阿拉布坦攻杀拉藏汗，囚禁七世达赖，攻灭了和硕特汗国的行为让清圣祖十分震怒，清圣祖本想御驾亲征，但是由于他当时年纪老迈，于是改让第十四子胤禵为抚远大将军代替自己御驾亲征。
拉藏鲁贝
罗卜藏丹津也是在这时候开始登场亮相，罗卜藏丹津的父亲达什巴图尔是固始汗庶出的幼子，因此罗卜藏丹津这一系在固始汗的后人中属于庶出支系，血统远比不上拉藏汗这一系的嫡出血统。
罗卜藏丹津在策妄阿拉布坦攻入拉萨时已经继承了父亲达什巴图尔和硕特部亲王爵位，固始汗当初进入西藏后，分八个儿子共治青海，而达什巴图尔就一直留在青海，在达什巴图尔的带领下，他这一系已经成了青海地区实力最强的贵族，因此罗卜藏丹津继位时，他的家族已经相当于青海王了。
胤禵率十万大军进攻西藏征讨策妄阿拉布坦，胤禵西征时清圣祖赋予了他很大的权力，胤禵不仅可以指挥西北军队，还有权处理蒙藏地区的事务。
因此在胤禵大军路过青海时，罗卜藏丹津认为现在固始汗嫡系子孙已经被策妄阿拉布坦杀光了，自己作为固始汗的庶出孙子理应继承固始汗的地位，恢复和硕特汗国的统治。于是罗卜藏丹津向胤禵请求让自己参与收复西藏，事成之后自己可以移驻拉萨，代替被杀的拉藏汗统治西藏地区，重新恢复建立和硕特汗国。
不管是胤禵还是清圣祖，作为清朝统治阶层，当然是不希望和硕特汗国再在西藏地区恢复统治，这样肯定是不利于清朝的，所以胤禵拒绝了罗卜藏丹津的请求，只允许罗卜藏丹津可以率部帮助清军收复西藏，但是不可能恢复和硕特汗国对西藏的统治。
爱新觉罗·胤禵
此后胤禵在驱逐策妄阿拉布坦收复西藏之后，西藏不光不再由和硕特汗国统治，胤禵还取消了第巴专权制，在西藏实行噶伦集体领导制度，直到后来清世宗继位又增设了驻藏大臣的官职，噶伦受驻藏大臣和达赖喇嘛共同管辖。
因此罗卜藏丹津想谋求统治西藏，移驻拉萨，这样的行为肯定是触犯到了清朝对西藏地区的统治权益，所以清朝根本不会同意，为此罗卜藏丹津对清朝就开始逐渐不满。
罗卜藏丹津后来与清朝的利益矛盾越来越大最终反叛
虽然罗卜藏丹津对清朝不许自己恢复和硕特汗国统治不满，但毕竟清朝强大，罗卜藏丹津隐忍下来，他还率军支援胤禵收复西藏。
随着策妄阿拉布坦被击溃撤回准噶尔汗国老巢伊犁，胤禵基本收复西藏，但是清圣祖却驾崩了，清圣祖驾崩后第四子清世宗继位，胤禵与清世宗本是同母兄弟，但是二人也是皇位竞争对手，因此清世宗继位之后担心胤禵在西北统率大军对自己不利，于是下诏以为清圣祖奔丧的名义召回胤禵。
胤禵虽然是清世宗的政敌弟弟，但是他本人很有才能，在西北协调的蒙古各部都很顺利，尤其是他能恩威并施，对罗卜藏丹津起到压制作用，可是随着胤禵被征召回京城，西北没人能在压制罗卜藏丹津了，加上清世宗继位之后对罗卜藏丹津的待遇也激发了其反叛之心。
爱新觉罗·胤禛
之前西藏的第巴达孜瓦帮助策妄阿拉布坦抵御清军，因此清廷想诛杀达孜瓦震慑其他反叛者，罗卜藏丹津与达孜瓦关系亲密，他认为自己支援清廷收复西藏有功，于是请清世宗宽恕达孜瓦，绕其不死，结果被清世宗直接拒绝了。
清世宗不仅不给罗卜藏丹津面子，还企图分化他在青海的统治权，清世宗以青海和硕特部其他首领支援清军有功，对他们都进行了爵位提升和权力扩大的封赏，清世宗更是还册封了固始汗的另外一个曾孙察罕丹津为黄河南亲王（封地在现今青海河南蒙古自治县），通过提升察罕丹津的地位，来分化罗卜藏丹津在青海的统治权。
察罕丹津被封为亲王，这就意味着青海不再只有罗卜藏丹津一个亲王，这相当于察罕丹津与罗卜藏丹津共治青海了。
本来罗卜藏丹津就觉得自己只统治青海地盘有点小，还想统治西藏，这回不仅西藏这块地盘没要来，还被别人分走了不少地盘，他如何能高兴。
清朝在收复西藏后，对青海和硕特部出兵帮助的其他首领都进行了爵位和权力上的封赏，但是清世宗却只象征性地给了罗卜藏丹津二百两银子和五匹绸缎。
爱新觉罗·胤禛
当然，这也不怪清世宗抠门，而是罗卜藏丹津在被胤禵果断拒绝恢复和硕特汗国在西藏的统治之后，他就有了情绪，他虽然答应带兵支援清朝收复西藏，但实际上行军十分缓慢，远不如察罕丹津的军队快速，因此清世宗在这件事上对罗卜藏丹津很不满，没罚他就挺给面子了，只是象征性地给了点钱。
再加上此前胤禵收复西藏后，释放了年幼的七世达赖，隆重地为他举行坐床典礼，罗卜藏丹津在参加典礼时被胤禵所轻慢。
清朝先是拒绝了罗卜藏丹津恢复和硕特汗国统治的要求，之后胤禵又对罗卜藏丹津的态度轻慢无礼，雍正先是不给罗卜藏丹津面子，又册封罗卜藏丹津的堂侄察罕丹津为亲王，分化了罗卜藏丹津在青海的统治权，还吝啬对罗卜藏丹津的封赏，这些事集中在一起，就让罗卜藏丹津认为雍正和胤禵兄弟瞧不起自己，清朝太拿自己不当回事了，所以他就起了反叛之心。
于是罗卜藏丹津在眼看着一直压制轻慢自己的胤禵被征召回京之后，他就觉得清军西北无人自己可以反叛了。
但是罗卜藏丹津又害怕自己实力不够，不敢单独反叛清朝，因此他先是与准噶尔的策妄阿拉布坦取得了联系，希望他俩联手一起称霸青藏地区。
策妄阿拉布坦十分狡猾，准噶尔汗国当时已经被清朝打得元气大伤，根本再无力出兵，但是他又想给清朝制造麻烦，于是他假意答应罗卜藏丹津一同出兵，然后不停地怂恿罗卜藏丹津反叛清朝的想法，最终在策妄阿拉布坦的忽悠之下，罗卜藏丹津更加坚定了反叛清朝的想法。
清平罗卜藏丹津叛乱概述图
于是雍正元年（1722年）罗卜藏丹津正式反叛清朝，他号召和硕特部各大小首领不要再使用清朝册封的封号，改为传统的蒙古封号，对于那些不想反叛清朝的各部首领，罗卜藏丹津就开始了攻打，他先是攻打了察罕丹津，因此察罕丹津向清世宗告急，清世宗于是就迎来了继位之后的第一大难题用谁平定罗卜藏丹津叛乱。
清世宗的亲弟弟胤禵无疑是最佳人选，他对罗卜藏丹津的压制当时是有目共睹，但是清世宗肯定不可能启用胤禵，而且胤禵在回京之后就被清世宗软禁起来了，因此清世宗改用自己的心腹四川总督年羹尧为抚远大将军，以四川提督岳钟琪为征西副将军加奋威将军平定罗卜藏丹津的叛乱。
年羹尧和岳钟琪都是当时的名将，一个罗卜藏丹津根本就不够他们俩分着打的，如果策妄阿拉布坦出兵相助的话，还有得一打，但是策妄阿拉布坦纯粹就是忽悠罗卜藏丹津，因此一个罗卜藏丹津很快就被年羹尧和岳钟琪平定了，仅用了不到半年时间，罗卜藏丹津就彻底被清军击溃。
在岳钟琪发起的布哈屯之战中，罗卜藏丹津最后的部队被岳钟琪击溃，罗卜藏丹津抛弃母亲、妻子、儿子，独自化妆成女人侥幸逃脱了清军包围圈，罗卜藏丹津只身逃跑到了准噶尔汗国老巢伊犁，依附在了策妄阿拉布坦之下。
后来在乾隆二十年（1755年），清朝派出了名将傅恒和岳钟琪出兵攻灭了准噶尔汗国，随着准噶尔部被清朝攻灭，当时已经年纪老迈的罗卜藏丹津只得跟着准噶尔部向清朝投降，清高宗为了对蒙古各部以示宽仁，宽恕了罗卜藏丹津的罪责，将其软禁在内蒙古，此后罗卜藏丹津在内蒙去世。
清朝疆域图
其实罗卜藏丹津反叛也是清朝对其防备过于明显，罗卜藏丹津由于历史沿袭的原因，他在青海势力强大之后，就想借着拉藏汗被杀的机会，以固始汗后人的身份恢复对西藏的统治，实际上就是想谋求称霸青藏地区，清朝当然不想把整个西藏地区的统治权交给别人，所以肯定会对他进行打压和防备。
罗卜藏丹津在出兵帮助清朝收复西藏后，不仅没达到谋求统治西藏的要求，还被清世宗瓜分了他在青海的地盘，这种情况放谁身上都会心生怨言，起反叛之心。
但是清朝未必就会顾忌罗卜藏丹津反叛，因为罗卜藏丹津反叛对清朝来说不是一件坏事，毕竟罗卜藏丹津的势力在青海太大了，已经威胁到了清朝的统治，所以不如让他爆发出来，清朝正好可以名正言顺地把他从青海驱逐出去。
在平定罗卜藏丹津叛乱后，清世宗就改青海西宁卫为西宁府，并设立了西宁办事大臣之职，由此青海彻底处于清朝中央的直接控制领导之下了，这对清朝来说也是一件好事，加之后来清朝数次对西藏用兵，到了乾隆时期，青藏地区和新疆地区就都归于清朝的直接统治领导，这也有利于国家主权的完整统一。
