《永乐大典》最大的厄运，是英法联军和八国联军的侵华时期。咸丰十年（1860），英法联军侵占北京，翰林院的藏书遭到抢劫，尤以英军抢掠最多，其中包括不少《大典》。1900年6月20日，清军和义和团围攻东交民巷的外国使馆。当时被围在英国使馆的朴笛南姆·威尔（PutnamWeale，1877—1930）用日记的形式比较详细地记下了每一天的情况，这本书叫 Indiscreet Letters from Peking，汉译本取名《庚子使馆被围记》。威尔在6月24日的日记中写道：“（翰林）院中排积成行，皆前人苦心之文字，均手钞本，凡数千万卷，所有著作为累代之传贻，不悉其年。又有未上漆之木架，一望无尽，皆堆置刻字之木板。置身于院中之翰林，虽未梦见西方之学术，而在此国中，则自矜博涉，处于读书人最高之位，上自王公下至乞丐，无不尊敬者。如谓此地可以放火，吾欧人闻之，度未有不笑其妄者，然今竟何如？在枪声极猛之中以火具抛入，人尚未知，而此神圣之地已烟焰上腾矣。”“数百年之梁柱，爆裂作巨响，似欲倾于相连之使馆中，无价之文字亦多被焚，龙式之池及井中均书函狼藉，为人所抛弃……其在使馆中研究中国文学者，见宝贵之书如此之多，皆在平时所决不能见者，心不能忍，皆欲拣选抱归，自火光中觅一路，抱之而奔……将来中国遗失之文字或在欧洲出现，亦一异事也。”在这种劫难中，《永乐大典》以及同样放在那里的《四库全书》底本，自然是无法幸存的。到宣统元年（1909）筹建京师图书馆时，《大典》只存64册。
社会上还有没有秘而未宣的《大典》残卷呢？从《大典》的失散情况来看，应该还会有一些，但数量恐怕不会很多。如1983年，山东掖县农民孙洪林家中发现了一册《永乐大典》（“门”字头），只剩37页，而且天头地脚已被剪去，原来孙家老太太拿它们剪鞋样或卷烟抽了。幸好老太太有敬惜字纸的观念，有字的地方都没动剪刀。孙洪林在县文化馆上班，碰巧在一本台历上见到《永乐大典》的样子，才知道家里那本“破书”竟然是国宝。这一册《大典》后被国家图书馆收藏。
国家图书馆藏《永乐大典》文献展
目前存世的《大典》大约有300多册，散落在世界许多国家。国家图书馆为收集《永乐大典》经历了一百多年的努力，馆藏《永乐大典》达到222册，连同上海图书馆、四川图书馆所藏的各一册，达到224册，中国大陆成了全世界珍藏《永乐大典》最多的地区。
博通天地，融万物于一体；统会古今，合千载于一时。皇皇巨著《永乐大典》不只是类书“皇冠上的明珠”，更是中国文化最璀璨的一颗宝石。今日传世之《永乐大典》不足百分之四，若有朝一日有幸能一睹《大典》全貌，学术史必将改写，我们对中国文化的了解也必将进入新时代！
