雍正特别喜欢批奏折，这件事占据了他日常工作的大部分时间。奏折这东西早就有，明朝时候的奏折是公开的，由通政司呈给皇帝，皇帝看之前已经有相关的官员先看过，所以相当于明信片，没有秘密可言。到了清朝，顺治帝开始发现其中弊端：官员不敢在奏折里把事情写得太明白，尤其涉及具体利益矛盾，写进奏折就等于泄密。
于是“密折”出现了，经顺治、康熙到雍正，密折制度得以发展完善。雍正元年，雍正告诉各省督抚，有事可以写密折奏上。后来有权写密折的官员范围逐步扩大，提督、布政使、按察使，甚至一些职位不高但深得雍正信赖的中级官员，也可以写密折。仅《雍正朱批谕旨》所收录的奏折撰写人就有二百多个，实际奏折人数高达上千。
既是密折，如何保密？雍正命工匠打造密折专用信箱，就是个带锁的皮匣子，每个皮匣配两把钥匙，奏折人一把，皇帝一把。遍布朝野的密折作者，写了折子都放进皮匣，由专使送到皇帝手中，不装匣的折子皇帝不收。广州巡抚常赉的匣子被贼偷去，只好借用广东将军石礼哈的匣子。
雍正坚持亲自看奏折、写朱批，嬉笑怒骂，乐此不疲。他说：“各省文武官员之奏折，一日之间，尝至二三十件，多或至五六十件不等，皆朕亲自览阅批发，从无留滞。”有时一个折子上的朱批，比奏折正文还多。雍正用奏折和臣下交流，讨论国事，还令官员互相监视，鼓励告密。比如他让湖南布政使朱纲观察顶头上司、湖南巡抚王朝恩的举动：“看其居心行事，倘少有不妥处，密奏以闻。”转过头来，雍正又在另一封密折里让王朝恩监视朱纲：“朱纲行止，舆论不一。据实奏来，密之！”
雍正有时令人口传谕旨，观察别人反应，再用朱批谕旨加以调整，也就是“说一套、写一套”。福建按察使刘藩长奉命向布政使潘体丰传达雍正口谕，说：“潘体丰人草率，亦鲁莽，因他在那里摇摇不定，朕也拿不住他。”潘体丰吓坏了，慌忙写折子问皇帝什么意思。雍正说是刘藩长传错了，在奏折上改批：“潘体丰系朕物色之人，但涉于草率，因他主见尚在摇摇未定，朕亦未之确许，命他坚定志向，以精详和平自勉。”
借助密折的广泛使用，雍正建立了庞大而严密的监控体系，他自己评价：“朕励精图治，耳目甚广。”有个官员入京觐见，专门买了顶新帽子，第二天见到皇帝时免冠谢恩。雍正笑着说，当心，别弄脏你的新帽子——一个官员买顶帽子，皇帝已经知道了。
