进入明治时代，高喊“王政复古”“皇国永荣”的维新志士摇身一变，成为新政府官员，他们旋即意识到问题：天皇“神权”是明治政府合法性的来源，但想仿照西方建立近代政体，又不能让天皇拥有帝王独裁权。换言之，天皇要以名义权力保证明治政府正常运转，却又不能实际具有世俗权力，以免干预明治政府的实际工作。
或许对于民众而言，明治政府从根本上改良了这个国家的治理模式与产业机构，但只从明治天皇的眼里来看，明治政府与江户幕府都在想方设法限制自身权力，自己的名义权力在具有实权的政治家眼中难以伸张。但谁承想当年共同作战的维新志士，却很快开始了一轮又一轮的内斗。
明治维新前15年时间里，日本虽然也在推动各项改革，但日本政治主色调却是路线斗争与派系矛盾。1873年10月，日本政府围绕是否派遣西乡隆盛出使朝鲜半岛产生争论，最终西乡隆盛一派被迫下野；1877年，由于不满明治政府大规模废除旧武士“铁杆庄稼”（家禄），西乡隆盛纠结军队发动“西南战争”，最终兵败身死；1881年，试图尽快建立“英式”宪法的大隈重信由于路线不同而被赶出政府。
一次次政治斗争下来，明治政府逐渐形成了以原长州藩、萨摩藩官员为主的主流政治家派别，明治年间曾担任首相的7人里，有5人来自这个派系。至于其他曾经参与倒幕运动的藩，如原土佐藩、佐贺藩、熊本藩等旧维新志士则逐步被排挤出去。为了重获政治权力，这些人分为两途：诸如板垣退助、大隈重信等拥有近代宪政思想的政治家退居民间组建政党，呼吁日本国会早日成立；而倾向于“尊王攘夷”的政治家则进入宫中，成为明治天皇身边的“宫中”集团一员。
描绘明治时代西南战争的浮世绘，出自月冈芳年的《明治小史年间纪事》系列
1877年8月29日，宫内省新设“侍补”一职，主要负责“君德辅导”，即明治天皇的日常教育，到1878年3月，共有10人成为“侍补”。从身份来说，这些人都不是等闲之辈：土方久元、军人谷干城、思想家佐佐木高行都是原土佐藩志士，锅岛直彬是原佐贺藩藩主，元田永孚是熊本藩的“国学者”，均各自拥有一定政治地位。明治维新以后，这些人的政治地位都显著降低，如今天皇成为自己的“学生”，曾经的倒幕志士群体当然要发挥明治维新最大的政治正确——“尊皇”来争取政治权力，而天皇也在“侍补”本身具有的政治实力衬托下具备起实际权力，双方互为表里。
随着明治天皇逐渐成熟，他也试图利用“宫中”集团来扩大自身影响力。1878年5月底，明治天皇希望“侍补”佐佐木高行就任工部卿，然而这个职位却授予了伊藤博文的密友井上馨；1879年3月，天皇在政府内部公布“勤俭爱民”圣旨，要求政府适当削减官僚开支，“厚待民生”，在经济发展尚不顺利时不要修建大量政府官舍，一时间（皇）宫（政）府矛盾甚嚣尘上。
7月，“宫中”集团重臣元田永孚起草一份《教学圣旨》，抨击明治维新以来教育理念一味追求“文明开化”，却搞得“舍本逐末”“伤风败俗”，要求重新在教育中加入“道德之学”、培养民众的“仁义忠孝之心”。
之所以批评教育理念，是因伊藤博文正在主导推动新的全国性教育法案，试图引入西方学校制度与教学内容改造日本，而元田永孚意在以天皇权威压制伊藤博文。怎知伊藤博文看到《教学圣旨》草案后，随即撰写一篇雄辩之文《教育议》，斥责元田永孚为“喜议空论”的“政谈之徒”，陈明“西学”在近代社会发展中的重要性，逼迫明治天皇废掉《教学圣旨》草案，而改由明治政府发布以西式教育体系为主的《教育令》。
洛伦兹·冯·施泰因，德国学者，日本明治宪法重要的精神导师
伊藤博文意识到皇权逐步觉醒，“侍补”官职的危害日渐增大，便在10月13日操纵废除了“侍补”一职。但有趣的是，废除“侍补”职位并不代表废除了10位“侍补”的实际权力，事实上明治天皇还好生安抚道“虽然侍补废官，尔等心中所想仍应无虑上达天听”，进而将元田永孚等人留任为“皇后府大夫”，继续团聚在天皇周围，形成为天皇争取“亲政”的重要势力，也成为日本高层政界重要的“保守派”。
1880年代最后两年的“天皇亲政运动”虽然没有什么实质性效果，却从根本上解决了天皇从幕末以来的尴尬处境，让天皇获得一批拥有实际权力的旧维新志士，而接下来数年里，天皇与“宫中”集团给伊藤博文等主流政治家造成了巨大麻烦。
