1898年9月14日，伊藤博文抵京来中国游历。1898年9月19日晚，就在光绪召见伊藤博文的前一天，康有为拟写《时局艰危，拼瓦合以救瓦裂折》，以杨深秀的名义上呈。康在奏折中提出“合邦”之策，认为中国“非联合英、美、日本，别无图存之策”，同时向朝廷推荐英国传教士李提摩太和日本原首相伊藤博文，认为他们是杰出的人才，恳请朝廷邀请他们参与变法的谋划，“未为借才之举，先为借箸之筹”。康有为还拟写了一件附片，在片中说了这样一件事：乾隆皇帝修建圆明园的时候，曾经在园中存了黄金、纹银各一窖，位置在已经坍塌的滈化殿基下面，恳请朝廷招募人工，进行挖掘。
杨深秀呈交的这件附片，其实是别有用意：他们希望光绪帝以挖掘宝藏为名，调袁世凯的部分人马进入圆明园一带，从而实施兵围颐和园的计划。
光绪在早朝时收到奏折，对该折仅下旨“存”，并于当日呈送慈禧太后。这一天，日讲起居注官陈秉和还上了一道奏折，弹劾总理衙门大臣张荫桓，奏折中提到“无怪乎康有为奉命已久，迟延不行，实堪诧异者矣”。光绪帝看完这道奏折后，命令上呈太后，慈禧应该在这天中午之前能够看到这道奏折。而这两道奏折极有可能就是导致慈禧继续留在宫内并决定亲自训政的原因。
9月20日一晚，慈禧应该彻夜未眠，自新政变法以来皇帝“任性妄为”的行为一幕幕在她脑海中闪过，屡次提出重开懋勤殿，罢免礼部六堂官，擢升谭嗣同等军机四章京，现在又要请洋人做顾问，还要与日、英、美搞“合邦”。最可气的是，明明皇帝告诉她康有为已经不在北京了，但事实是康有为仍然在京城逍遥，至于圆明园宝藏的密语，即围园计划，她能不能读懂尚未可知，但对康有为留在京城意欲何为，而光绪帝为何又对驱离康有为消极执行，慈禧太后即使没有听到风声，也会浮想联翩。
9月21日凌晨5点多，光绪帝在中和殿阅看祝版，即礼部拟写的用于社稷坛秋祭的祭文。阅览完毕，他刚刚走出大殿，一些侍卫、太监走过来，称奉太后命，要他到太后的寝宫仪鸾殿。据黄鸿寿《清史纪事本末》记载，慈禧太后见到皇帝，责备他说：“汝之变法维新，本予所许，但不料汝昏昧糊涂，胆大妄为，一至于此。……汝无福承受大业，听人播弄，如木偶然。朝中亲贵重臣，无一爱戴汝者，皆请予训政。汉大臣中虽一二阿顺汝者，予自有法治之。”丁韪良回忆说：“皇帝的九五之尊得自太后，此次犯错，便扑倒在母后脚下，承认错误，恳请母后‘示儿如何治国’。”慈禧当即传旨说皇帝有病不能理事，“因念宗社为重，再三吁恳慈恩训政，仰蒙俯如所请，此乃天下臣民之福，由今日始，在便殿办理。”（《清实录》）次日（初七日）在勤政殿行礼，这就是“戊戌政变”。
慈禧太后训政后的第一道命令，就是以“结党营私，莠言乱政”的罪名缉拿康有为与他的弟弟康广仁。这道命令直接下给步兵统领崇礼。不过，清兵赶到南海会馆，并没有捕到康有为，只是抓到了康广仁，还有康有为的门人程式谷、钱维骥以及家丁王升、王贵、田叔等五人。
听闻康有为已经逃出北京，慈禧太后气急败坏，立即发表通缉电，命各有关地方严加查拿，一旦拿获，就地正法。而离开北京的康有为显然还未察觉形势有变，离京前，他起草了一道《请速简重臣，结连与国，而救危亡折》，由宋伯鲁于20日子夜之前递到了东华门内奏事处。此道奏折仍然恳请朝廷实行“合邦”之策，联合英、美、日本等国，重用伊藤博文、李提摩太、康有为等人。只是，21日上午，奏折呈送上去的时候，慈禧太后已经训政。看到这份奏折，慈禧大怒，随即以皇上的名义发下谕旨：“御史宋伯鲁滥保匪人，平素声名恶劣，着即行革职，永不叙用。”
宋伯鲁正好撞上了枪口，不过，9月21日这一天，除了逮捕康氏兄弟、将宋伯鲁革职的谕旨，清廷并没有下发其他停止维新举措的谕旨。当日收到奏折中，有一些是关于新政的，慈禧太后和光绪帝做了正常处置，没有停止新政的气象。重要的是，光绪帝的朱批权没有被取消。
