在吕留良案的处理过程中，雍正九年（1731年）皇帝曾诏谕各省生员对朝廷处理吕案表态，同意者具结签字，不同意者“其有独抒己见者，令其自行具呈，该学政一并具奏，不可阻挠隐匿”（《清文字狱档曾静遣徒张倬投书案》）。各省生员在当时的恐怖气氛下，纷纷具结，表示吕留良罪有应得。就在各省督抚学政先后上奏“所属生监，各具结状，并无一人有异词者”（同上）时，浙江台州府天台县（今浙江天台县）的生员齐周华却挺身而出，真的“独抒己见”了。
齐周华最初也随着其他生员签了一份赞同朝廷斩杀吕留良的保证书，但事后总觉得愤愤不平，吕留良已去世四十余年了，这样一个有学识的人竟被戮尸！他抑制不住胸中的忿激，写了一折“独抒已见奏稿”，为吕留良力辩其罪。
奏稿交到县学训导王元洲手中，王氏怕祸及自身，拒绝转呈。齐周华遂北上京师，到刑部告王元洲违旨阻止生员独抒己见。刑部问清原委，也不愿使事态扩大，以齐越级上告系违律行为，把他押解回省。浙江巡抚程元章、学政帅念祖开导齐周华放弃自己的见解，齐坚持己见，程、帅二人无可奈何，遂以诬告王元洲的罪名将齐入狱。
齐周华在狱中仍不改变立场，程、帅二人以齐挟嫌诬告之罪，拟判充军。正在等侯批旨之际，闽浙总督郝玉麟巡视台州，齐周华闻讯即派长子齐式听向郝申冤。郝玉麟遂会同程元章将此事具奏于朝廷，后经刑部议拟，皇帝批覆，将齐周华提至省城，严加锁锢，永远监禁。齐周华终于落入了雍正帝所谓允许士人独抒己见的陷阱。
齐周华在杭州城的监狱中被囚禁了五年，本以为要老死狱中，不料雍正十三年（1735年）中历八月，雍正帝去世，新即位的乾隆帝大赦天下，齐周华也“蒙恩”被释。
出狱后的齐周华，家居六年，胸中块垒仍无法解除，遂于乾隆六年（1741年）离家出走，遍游各地名山大川，最后住在武当山修道。在此期间，他并没有超然世外，他曾到因受吕留良案牵连被流放到陕西长安县（今陕西西安市）的房明畴家中访谈，自称与房是同案犯。临别时，他作《访房明畴于长安》一诗，内有“往事不堪回首忆，嗟予一臂似螳螂！”可见他对吕留良案仍不能忘怀。
乾隆二十一年（1756年），齐周华的长子齐式昕奉祖母之命到武当山接他回家，他结束了长达十年的道士生活，重新回到家乡天台，此后人们看到的齐周华竟变得性情乖张，不可理喻。
乾隆二十六年（1761年），齐周华将以前所写的《独抒己见奏稿》及生平著作、他人赠言等，寄往杭州，请刻字匠刊刻。为了筹集刻书资金，他提出变卖家产，被其妻、子多次劝阻，他竟负气抛妻弃子，独自到离城二十里的乡间居住。因为他逐妻摒子，并诬告亲戚、邻居，族长齐长庚特到县府呈请将他逐出宗族。齐周华立即作出强烈的反击，他状告：七旬老妻，与人通奸，“几于人尽皆夫”；长子齐式昕、次子齐式文毒害殴打他；亲族都肆意为他罗织罪名。这些显系凭空捏造之辞，当然没有给其亲人宗族带来损失，反而使人更加觉得齐周华是怪诞得几近于疯癫之徒。
至乾隆三十二年（1767年），齐周华又作出一个惊世骇人之举，并由此断送了自己的性命。当年十月二十四日（1767年12月13日），浙江巡抚熊学鹏到天台县来盘查仓库，齐拦住他的轿舆，以请其为自己的著作作序为名，献上所著《名山藏初集》、《学步时文》等书以及《独抒己见稿》一本，另外又呈交状纸，告其妻与人通奸、堂弟齐轩南令其子媳殴打他、堂弟齐召南为人伪诈，并语涉其宗族、姻亲、邻居等多人。熊学鹏见其书中“语多悖逆谬妄”（《清文字狱档苏昌熊学鹏奏齐周华著书悖逆及审拟折》），立即带人至其住处搜查，查获其所著《名山藏二集》、《华阳子诗稿》等十二种书籍。熊学鹏遂将齐周华拘押审讯，同时向乾隆帝奏报此事。
乾隆帝于乾隆三十二年十二月七日（1768年1月14日）降旨，将齐周华凌迟处死，其子齐式昕、齐式文，孙齐传绕、齐传荣按律本应立斩，为显示宽仁，特命改为斩监侯，即秋后处决。其妻妾幼孙五人也被给付功臣家为奴，家产被全部籍没。受此案牵连的李绂、谢济世虽已死去多年，也被抄家；同时受到惩处的还有吕抚等二十余人。那个曾与齐周华把盏畅谈的房明畴，又被加重处罚，发往伊犁（在今新疆境内）给种地兵丁为奴。
齐周华的怪诞乖张之因，现在看来有两种可能。第一种，可能是因首次入狱后，精神上所受的打击过大；出狱后游历各地，看尽世态炎凉，从而引起心态失衡。第二种可能则是他故意造假象。从他向熊学鹏上《独抒己见奏稿》时特附状告亲人、宗族、邻居多人的状纸来看，有可能是试图通过此举，使官方认为他已与一切人都无干系，所以他若得罪，也不应有人因他缘坐致罪。那么其此前对妻子、儿子、堂兄族人的所有违背常理的举动，大概也是为了使他们疏远他，给世人造成齐周华已与这些人完全无干的印象。
如果齐周华确是佯装怪诞、故造假象，则其苦心孤诣实在令人钦佩，然而他的子孙无论如何也没有逃出清朝统治者的魔掌，他还是被阖家灭绝了。
