1867年1月30日年仅36岁的孝明天皇突然神秘死亡。据说孝明天皇发病之初被诊断为痘疮，并有好转的迹象。但是随后病情突然恶化，就在此前孝明天皇曾严词拒绝了公卿提出的一系列不利于德川幕府提案。因此有人怀疑是孝明天皇昔日的御用侍从岩仓具视暗中下毒，为“倒幕”拔除了这块最大的绊脚石。
三条实美
孝明天皇的嫡子睦仁随即即位为明治天皇，但年仅14岁的睦仁此时无非是一个橡皮图章，真正执掌朝廷大权的是有栖川宫亲王、三条实美、中山忠能等公卿。这些人原本都和萨长两藩勾结，被幕府压制，现在全被赦免，掌握了朝廷，对幕府十分不利。
在长州、萨摩两藩的执政私下密谋准备武装倒幕之际，土佐藩主山内容堂一心想要幕府将军自己交出权力，避免内战。土佐藩乡士坂本龙马和山内容堂的亲信后藤象二郎在船中密谋，利用天皇权威逼迫幕府自己交出权力，改革国家整体。此即著名的“船中八策”。山内容堂和长州萨摩诸藩主上奏天皇要求幕府交出权力，归政于天皇，同时改革国家整体，国家权力由所有藩镇公议经天皇批准执行。此时已经接任将军的德川庆喜考虑到德川家是全日本的最大藩镇，即使没有幕府虚名，就算是议会公议也是德川家实力最强。于是同意撤销幕府，王政复古。
1867年11月10日，德川庆喜将幕府权力奉还天皇，降为普通大名。但是仍然保有全国最大的领地和兵力。诸侯和公卿不满德川家依旧拥有最大势力，准备给德川家最后的致命一击。他们以天皇的名义解除了会津藩和桑名藩这两个幕府亲藩保卫京都的权力，改由萨、长两藩守卫京都。同时在没有德川庆喜参与的情况下举行御前会议商议要求德川庆喜纳土辞官，交出领地。在会议上，亲幕府的土佐藩主山内容堂要求请德川庆喜与会，不能让少数公卿把持朝政云云。被岩仓具视痛斥，西乡隆盛得知情况后威胁将山内容堂及随从以不从诏命为由干掉。在死亡威胁的情况下，诸侯一致要求德川庆喜交出全部领地和领民，这就是要彻底灭亡德川家。至此一场轰轰烈烈的“武装倒幕”，终于以天皇的名义全面展开了。
