八旗水师的建立在一定程度上对绿营水师起监督作用，它是清政府为了满足统治需求而设立的。
闽台地区的八旗水师主要驻扎在福州三江口一地，称为“三江口水师旗营”，又因其主力驻扎在闽县洋屿，而被称作“洋屿水师旗营”，并且在福州市长乐区琴江村，至今保留有唯一一处较为完整的水师旗营遗址。
闽台八旗水师的编制
福州三江口水师旗营自雍正六年起开始建设，初步建立编制；至雍正末年历经三次增兵；发展到乾隆四年，基本将其编制确定下来。
协领是闽台八旗水师的最高军官，受福州将军管辖。建立初期，设有“协领一员，佐领、防御各二员，教习把总、教习外委各三员，骁骑校内、教习功加各六员”，官员一共二十三人，其中三员把总、六员功加不计算入编制内，实际官员达到了十四人。
兵丁共六百人，由将军、总督、巡抚三位官员各拨一百名作为统辖兵力；海坛总兵、闽安副将两名官员共挑一百名作为辖下兵力；剩下的二百名兵丁驻防本地。雍正七年，阿尔赛上奏请求“增添教习木匠六名、艌匠六名、清字外郎二名”；雍正八年又增加了六员官兵任职副骁骑校内。
雍正十二年，又从闽安、海坛镇军队中挑选教习三名，作为外委把总。
直至乾隆四年,福州三江口水师旗营编制基本确定下来，后期依此照建。福州三江口水师旗营的编制在雍正年间逐渐发展完善，到乾隆前期已经基本确定，水师官兵权责明确，驻守营地，把守一省之门户，还与广东、浙江两省的绿营水师相互配合，在沿海地区形成周密的防范体系。
但其官兵人员较少，发挥的作用并不是很明显，然而又是不可或缺的存在。
闽台八旗水师的训练
清代“八旗水师营训练之制，每年春秋二季，将军、都统、副都统督率官兵，分驾战舰，奉天、福建……每年自四月至八月，于潮平风顺时，张帆起碇，列阵出洋，以次鸣炮操演，馀日各率所属讲习水务”，福建八旗水师也不例外。
每年春季和秋季，三江口水师旗营总会派兵出海训练，主要包括火炮发射和军队操练两大内容；在休息时间内，还要讲一些与水务相关的知识，将实际训练与理论学习相结合，以此更好的提升训练效果。
福州三江口水师旗营一经建立，就立即进行了严格训练。三江口水师旗营的士兵，每年十一月都要在大鲤鱼山洗一次炮。
每年二月十五日到三月初一和七月十五日至八月初一表演两次军号吹奏，展现春秋两季军事训练的成果。水师操练按照季节分为春秋二操，每年二到五四个月进行春操，秋操则每年八至十一四个月。
按照月份将士兵排成八个班次，轮流进行训练。同时，派一员协领，四员防御、骁骑校内，领二百名催兵、炮手等其他类型士兵，携带弓箭、铳、火药等武器在洋屿海域进行训练，将军、副都统“轮流检查巡视”。
箭营每月逢一、六日射箭六次；铳营每月逢二、七日打靶六次；每月逢四、八日，两营还要演练刀术进攻和盾牌防御；其他训练还有定期进行的水操和船操。
士兵水操训练的地点在洋屿鲤岗附近的江面上，军官在武胜庙的观音殿进行检阅工作，主要包括扫场、水围、泅水、爬桅、放枪五个方面，水操表演后还要演练船操，但船操在史籍中的记载比较简略。
闽台水师的巡哨与会哨
建设水师的主要目的是维护海疆安宁，水师训练的任务包括巡哨、会哨、捕盗以及战船监造等内容，在这里着重介绍巡哨与会哨两种职责。
水师驻防，重在巡哨，清代水师巡哨在明朝会哨制度的基础上，进一步发展与完善，建立了一套更加严密的巡洋会哨制度，而各个省份的巡洋会哨制度因为地形差异，也独具区域特性。
福建省海岸线漫长、港口众多，因此福建水师巡哨的情况更为复杂，主要有总巡和分巡。总巡从厦门岛出发，巡哨到澎湖岛交旗，再返回至厦门岛交旗。
金门镇总兵官在二月亲自出洋，向北航行，历经一个月到海坛镇与之会哨，六月又向南航行与南澳镇会哨，九月再向北与海坛镇会哨，并且在巡哨过程中携带兵船，以备不时之需。台湾、澎湖、金门、海坛军官按单、双月为标准进行轮班巡哨，时间为每年的二月初至九月底。
总巡每月会哨一次，总巡官要重点注意哨旗交验，否则要追究其责任。相比较而言，分巡的情况则较为繁复，福建水师驾驶哨船在闽洋巡哨，主要进行游巡、游击、守备、应援等工作。
南澳镇铜山营、福营两军的分巡任务是明确而详细的，南、北都有具体的会哨地点。铜山营的巡哨向北与金门相交；向南与南澳相联。
福营的巡哨向北则到铜山；向南可达广营。金门镇水师的巡哨每年分冬季和春季两次进行。厦门镇军官的巡哨主要分三条路线进行，中路航线与金门镇会哨于涵江，南路航线与南澳镇会哨于铜山，北路航线与海坛镇会哨于下关；另外厦门镇水师营的游击守备，每年还要按季节进行分巡行动，每月初六同营内提标一起赴围头洋面分巡会哨，每月十九日还要与铜山镇水师共同赴陆鳖洋分巡会哨。
分巡任务没有统一的时间点，各自镇营根据自身的实际情况进行安排，各省都有自己规定的会哨时间与地点，各营水师按时完成各自区域内的巡哨任务。
乾隆五十四年制定了针对巡哨敷衍行为的严厉规制：“定期展限，再行前往”，“设有藉词捏饰，即应严参治罪”。
嘉庆五年又增加统巡，对巡洋领导者的职责有了更清晰的界定：“各营水师人员，按季巡洋，以总兵为统巡，亲身出洋，督率将备巡哨……责令总巡统兵专司其事，按季轮派，一面造册送部，一面移送督抚提督查覆。……遇有事故不能出洋，应行派员更换者，亦即随时报明”。
乾嘉时期调整了水师巡哨制度。福建水师除了要守卫海防前沿，按规定还需保护商船、渔船。
乾隆十五年，朝廷下令东南沿海水师要加强巡逻，“督饬弁兵，保商靖盗”。
福建海域地理位置险要，巡哨则更为重视。但是旧制中间存有不当之处，官员之间不能相互证明会哨地点在哪一处，容易给匪盗提供劫掠商贾的机会。
因此闽浙总督喀尔吉善提出了更加详细完善的总巡、分巡之法，规定了总巡会哨的地点，派遣官兵手捧令箭提前到会哨岛屿处守候，会哨两镇一同拿取报文，据实查报，互为验证。
对于分巡，会哨两地之间距离不出数百里，并且“一月会哨二次”。官员之间相互督促，按时完成巡洋任务，如有违误，则严格追究责任，严厉稽查偷懒逃避责任者，施以重罚，以此达到会哨的成效。
