崇祯17年（1644年）3月18日晚，李自成军攻入北京，崇祯皇帝朱由检命人分送太子、永王（朱慈焕）、定王等儿子逃难。19日凌晨，朱由检在景山歪脖树上自缢身亡，死时光着左脚，右脚穿着一只红鞋。时年33岁。身边仅有提督太监王承恩陪同。
明崇祯帝共生七子，其中二、六、七子早殇，只剩下长子、三子、四子和五子朱慈焕。朱慈焕因与四哥（同父同母）同岁，所以人们习惯把朱慈焕称作“朱三太子”。
朱慈焕崇祯六年（1633年）出生，后封永王。李自成攻入北京40天后，清军入关，勋戚大多数被杀，年仅12岁的朱慈焕与两个哥哥混在流民中仓皇出奔，流离颠沛，与两个哥哥失散之后，朱慈焕与一位姓毛的将领逃到河南。13岁时又逃到凤阳祖地，遇到一位姓王的前明老给事中，细询根由，执手悲泣，乃留在王家，改姓“王”，名士元。朱慈焕19时，王家突遭变故，他再度流亡，至一佛寺中削发为僧，偷生度日，重新过起了他祖宗朱元璋经历过的寺庙生活。后又往浙江中部，结识一个姓胡的余姚人，也是明官员后裔，后两人谈经论文后，胡颇钦佩他的才学，劝他还俗，并将女儿嫁给她。
结婚后，朱慈焕以教书为业。他一生小心翼翼，安分守法，一听风声紧就赶紧带着一大家子逃亡，几十年间历尽艰辛。到朱慈焕晚年，康熙6次拜谒明皇陵，还向大臣表示要查访一个明皇室后裔，用以管理明孝陵。朱慈焕认为自己这辈子可以善终了。
康熙47年，官府逮捕康熙45年在大岚山起事的浙东和尚张念一，并从其口中得悉朱慈焕的行踪。原来，几年前一次酒后，朱慈焕向一位老友透露了“秘密”，念一和尚听说后，就打起了朱慈焕的旗号起事。朱慈焕闻讯大惊，立刻由浙江逃到山东汶县。那时，朱慈焕已是75岁的老人，组成了有一妻一妾、六子三女一个孙子的大家庭。
作为明朝皇室的嫡系子孙，他最终也没能摆脱那高人一等的意识，他按皇家的传统，在为所有的儿子取名时以“和”字排辈，最后一字都为带有土部的怪字。这些举动逐渐为人们所注意，加之和尚张念一在浙东起义时又打着他的旗号，终于使这位隐藏了几十年的前明龙种遭到了灭顶之灾。
其时，这位龙钟，躲藏还来不及呢，哪敢谋反，又凭什么谋反？正如朱慈焕被捕后所说：“吾今年75岁，血气已衰，鬓发皆白，乃不作反于三藩叛乱之时，而反于清宁无事之日乎？且所谓谋反者，必占据城池，积草屯粮，招买军马，打造军器，吾曾有一此乎？”
虽然朱慈焕已到了风烛残年，而且并无叛逆之心，但最终康熙帝仍然以其“朱某虽无谋反之事，未尝无谋反之心。”将朱慈焕凌迟处死。朱慈焕及其所有子孙，除死于狱中的，全部斩立决。至此，在康熙看来，明朝皇室后裔已全部被杀光。
