1870年8月22日，当曾国藩在天津查办教案时，南京发生了轰动全国的巨案，两江总督马新贻遇刺身亡。
据野史说，马新贻被刺前数日，忽然接到一份公文，也不知为何署印章，拆开一看，并无文书，但画死马一匹。马新贻大惊失色，寝食不安。8月21日，这是督署月课武职的日子，因雨推迟到第二天举行，总督马新贻亲临校场检阅。校场在督署西边，有箭道可达署后便门。马新贻检阅完毕，步行由箭道回署，将入便门，忽见有人跪在道边，“求助川资”，原来是同乡武生王咸镇。马新贻没好气地说：“已助两次矣，今胡又来？”话还没说完，忽然看见一个身穿短衣清兵模样的人，快步走到马新贻面前，打千请安，右手随即从靴筒中取出闪闪发光的一柄短刀向马猛刺。行刺者自称张文祥，并不逃跑，束手就擒。马新贻被刺成重伤，不治而亡。
马新贻是两江总督、朝廷重臣，行刺总督，这在清朝200多年来，还是头一遭，于是人情汹汹，讹言朋兴，朝廷更是大为震惊。案发三天后，即严令江宁将军魁玉督同司道各官赶紧严讯，务必究出行刺缘由及有无主使确情。可是张文祥供词闪烁，无法定案，朝廷无奈，又派漕运总督张之万前赴金陵，会同审办，连日熬审。张文祥供认，过去因拦轿告状，马新贻拒不受理，后开小押店，又被严禁，因怨成仇，谋图行刺，等等，此外，“坚不吐实”。如此重案，朝野上下，人言藉藉，如不迅速结案，朝廷脸面无光。天津教案办得差不多，朝廷即令曾国藩回任两江，“赶紧严加审讯，以期水落石出”。同时，命刑部尚书郑敦谨为钦差大臣，协助曾国藩办案。
曾国藩深知案情重大，心中没底，赴任前试图窥探慈禧太后的态度，便上奏“恭请陛见”，得到允准。1870年10月30日，慈禧太后在养心殿召见了他。
太后问：“马新贻这事岂不甚奇？”
国藩对：“这事很奇。”
问：“马新贻办事很好？”
对：“他办事精细和平。”
仅此寥寥数语，不冷不热，不痛不痒，颇令人玩味。不过，曾国藩还是心领神会。朝廷虽然谕旨一道接一道往下发，措辞一次比一次严厉，骨子里并不是十分重视，其中的隐情，是一个让人猜不透的谜。
既然慈禧太后定下基调，曾国藩办起这件十分棘手的案子也就容易多了。曾国藩办事一向比较严谨，可是处理张文祥刺马案，显然有些粗疏了。这也是看朝廷眼色行事而已。既然朝廷要求国藩把“刺马案”查个“水落石出”，国藩当然要有所交待。1871年3月19日，即为钦差郑敦谨送行这一天，上了一个《复审凶犯行刺马新贻缘由》的折子，上报复审张文祥刺马缘由。大致情况是这样的：
曾国藩等亲自审讯，得知张文祥是河南汝阳县人，1849年间，变卖家产，换得本钱做毡帽生意，到浙江宁波贩卖。在这里，遇到罗法善，一交谈，才知俩人原是同乡，渐渐地来往多了起来。张犯因为在宁波做放印子钱的买卖，便娶了罗法善的女儿为妻，生育一男二女。
咸丰年间，张文祥靠开典当小店为生，雇了一个叫陈养和的人在店里帮工。1861年太平军将攻宁波，张文祥把衣服、银两以及洋钱数百元装入箱子，交给罗氏，要她带着子女出城避乱，张文祥与陈养和留在城里守店。当时，有个叫陈世云的人和张文祥是老相识，在太平军中担任后营护军，太平军攻陷宁波时，暗里差使王树勋到张文祥店内保护，门口插了一面太平军的旗帜，另贴一纸条，以免财产被抢。当太平军在宁波站稳脚跟，便邀张文祥一起参加，还威胁陈养和一同前去。
后来，陈世云带张文祥一起攻打诸暨县包村，陈世法被包村团练击毙，张文祥幸免，曾将这一消息告知陈养和。后陈养和逃出太平军，张文祥继续留在侍王李世贤队下当后营护军，随军至安徽、江西、广东、福建等地。
1864年10月间，太平军陷漳州，时金彪被俘，张文祥一问，原来是同乡，便为他求情，免其一死，并将时金彪留在自己的住所。张文祥见太平军败局已定，暗与时金彪商议一起逃跑。1865年1月间，乘便溜之大吉，投到提督黄少春军营，要献计破敌立功，该营以二人没有可靠的担保人不肯接收，给了盘缠打发他们回原籍。张文祥走投无路，便同时金彪由厦门到了福州。
1865年春，时金彪经人引荐，到浙江巡抚马新贻署中当差，张文祥则在福州当兵。不久，他搭海船回到宁波，得知妻子罗氏被吴炳燮霸占，并骗去银钱，便到鄞县衙门告状，鄞县通过审讯得知罗氏私自改嫁，便判决罗氏由张文祥领回，银钱无凭无据，无法追究。张文祥于心不甘，又因穷困潦倒，无法生活，即在老相识王老四、陶孝扬、吴建工、武德沅等，以及王老四的熟人龙启法、李沅和、杨中和等的资助下，又开店营生，并帮忙销赃图利。后张文祥同龙启泫等来往渐熟，便随龙启法、王老四、李沅和、李海、杨中和乘坐陶湘帼海船，一共七人往定海一带行劫，未能得手。龙启泫等人便投到南田大股海盗那里入伙，张文祥仍旧回到宁波。
到1866年初，浙江巡抚马新贻巡查边境到了宁波，张文祥企图借巡抚大人的威力，来搞垮吴炳燮，随即写下状纸拦轿喊冤，请求巡抚大人为他追回银钱。结果，马新贻不予理睬，掷回状纸。吴炳燮得知此事，洋洋得意，和别人说起，作为笑料。不久，吴又寻机勾引罗氏私奔。张文祥告到知府，知府批交知县，将罗氏追回交给张文祥。张文祥愤怒已极，便逼迫罗氏自尽。
这年10月间，张文祥与龙启沄、王老四在酒店里相遇，倾诉告状非但没有得到巡抚的批准，反而遭到吴炳燮的欺辱，现已家破人亡等情况。龙启法也向他说起，从前投入南田大股海盗中，不幸被马巡抚派兵追捕，陶湘帼、李沅和、李海、杨中和等均被杀死，自己和王老四侥幸逃脱。龙又夸赞张文祥讲义气，可为众朋友报仇，自己也可以报仇雪耻了。张文祥经他一激，当即同意为朋友行刺马新贻。决意已定，就此分手。
1867年8月间，张文祥获悉陈养和在湖州新市镇做买卖，生意不错，于是将子女托付给妻嫂罗王氏照管，自己到新市镇找到陈养和，想合伙开家小押店。陈养和告诉他，马巡抚已出了告示，禁止开小押店，人多可开当铺，如果一定要开押店的话，也只能小做。张文祥于是租了房屋开起张来，把罗王氏及子女一起接到了新市镇。当地地痞流氓见张文祥这店是违法开的，便经常前来敲诈勒索，弄得张文祥连本带利全赔了进去，因而穷而愈愤。
1868年3月间，张文祥到了杭州，得知时金彪在巡抚衙门当差，暗自庆幸，便找到时金彪，托他在衙门里给谋个差使，其他就没有多讲了。时金彪以马巡抚升任闽浙总督，不便代谋差使，念及旧情，将张文祥留在署中款待两日。张文祥没找到机会下手，只好又回到新市镇。
1869年10月1日，张文祥听说马新贻调任两江总督，即借口访亲探友为名来到南京。当时，时金彪已随新任布政使李宗羲进京。正愁没办法混到总督署内，忽然看到督署墙上贴有阴历每月二十五日考核武弁的榜文，自以为得计。10月29日，张文祥到箭道窥探，见总督散课时左护右拥，又见总督身穿棉衣，恐怕刺他不死，未敢妄动。心中盘算，等来年夏季衣衫单薄的时候再下手不迟。于是，再度折回新市镇。
1870年5月问，张文祥暂时在陈淀甲等人的店铺内帮忙。到了7月7日，由新市镇上船，8日下午到苏州搭换船只，9日开船，16日抵金陵，17日进城，先住在朱定斋的客店里，等到考课日期到时往箭道窥探侦察。后辗转住到周广彩饭店，暗暗将小刀磨得锋利。8月21日，张文祥一早去校场附近等候马新贻的出现，哪知因雨延期，推迟了一天。
次日，两江总督马新贻在督署右箭道演武厅检阅考核武弁。按老规矩，应课武弁可带随从，允许一般老百姓出入观看。马新贻检阅完毕，走出演武厅，准备由西角门回署。张文祥则在角门外偏南的地方等待。恰在这时，马新贻的同乡王咸镇跪在道上请求资助，被巡捕叶化龙等拦住。马新贻继续往前走，刚到西角口，张文祥立即拔出随身所带小刀，乘众人没有防备的时候，口里喊着冤枉，扑向马新贻，用刀猛刺，结果刺中马新贻右肋偏下的地方。前督臣被刺伤后，大呼来人，差役方秉仁急忙上前将张文祥捉住，夺获凶刀。中军副将喻吉三闻讯赶来，与差役一起将张犯捆绑起来。前督臣马新贻救治无效，于第二天身亡。
尽管曾国藩将张文祥刺马缘由，绘声绘色上达朝廷，但案子却没有任何突破，仍然是魁玉、张之万审理的结果，只不过重新梳理了一下。当时魁玉、张之万的折子上呈后，朝廷就感到疑窦丛生，如此大案，张文祥所供挟恨报仇，以及受龙启泫指使等情，“恐尚有不实不尽”，令人难以信服。而且，张文祥被擒时，口称“养军千日，用军一朝”，这话像长了翅膀，很快传到了北京，户科掌印给事中刘秉厚等上奏朝廷，据此认为，刺马绝不是张犯一人挟仇逞凶，幕后必然有人主使，这是毫无疑问的，请求朝廷饬下曾国藩，严加审讯，彻底根究，一定要挖出幕后之人，为马新贻洗冤。还说，如果以张犯一人挟恨报仇，或借故以大化小，匆匆结案，将不足以服人心而肃纲纪。
案情的关键在此，曾国藩当然回避不开。所以，他在奏折中轻描淡写，解释说，就“养兵千日，用在一时”，屡经审讯追查，该犯坚持说乃是因为受了龙启沄等人的帮助，让他为朋友复仇，发泄自己的忿恨。该犯以前确实受过龙启沄等人的恩惠，既然龙启沄等指使他报仇，所以被擒时才口出此言，也是很自然的，此外并没有其他人主使，也没有知情同谋之人。然而，按张文祥供词来定案子，刺马的动机太过于单纯轻微，当然不足以服人。曾国藩如此含混奏结，无疑是在借故以大化小。
张文祥刺马，全国上下，传闻纷纷，更可怕的是，它涉及到统治的内部了。当时有个叫王家璧的太常寺少卿，上奏朝廷说：臣在陕西听说，江苏巡抚丁日昌之子犯了案，应归马新贻查办，丁日昌托人求情，马新贻不领情，所以导致出这场祸变。陕西在偏僻的西陲，尚人言藉藉，江南就更不用说了。按理说，丁日昌身为巡抚大臣，其子所犯的案子并不比此案重大，何至于纵子胆大妄为？但是使人不能不产生疑问的是，前云南巡抚徐之铭就有指使何有保杀害陕西巡抚郑尔恒的事情，路人皆知，可是至今无人检举揭发，罪犯也未受到应有的惩罚，不足以警告企图效法的人。
丁日昌本来是个虚伪阴险的小人，江南大小官员很多，此事不怀疑他人，唯独怀疑该巡抚之子，难保事出无因。或是其子妄为而该抚不知，或者人人知道他赴天津协助曾国藩查办教案，指使刺马不会被人怀疑，总而言之不得其详。还有，臣等都是马新贻的同僚，听到马被害的消息，无不义愤溢于言表，只有丁日昌好像不知道有这回事，令人费解。因此，建议将丁日昌之子原犯案件统统交给会审大臣，破除情面，秉公查办。
问题既然提了出来，曾国藩也就不能不作个答复。不过，1871年2月2日，朝廷给曾国藩、郑敦谨一道“寄谕”说，王家璧所奏，仅仅得自传闻，而且丁日昌之子丁惠衡前因不能约束家丁范贵闲游妓馆，已经由丁日昌自行奏明交马新贻审拟奏结，用不着再提审讯问了，继续审查“有无另有主使之人”。朝廷有此命令，曾国藩就好交待了。3月19日，他专门上了一个《复奏马新贻被刺一案犯供无主使实情片》，说什么：丁惠衡不能约束家丁一案，先由其父丁日昌奏交马新贻审查办理。马新贻据范贵等供词定案，并未将丁惠衡传讯，仅请将丁惠衡交部议处。嗣后，丁日昌自请将其子革职。
就是说，丁惠衡一案事先的举报揭发，以及事后的从严革职，均由丁日昌自行奏办，用不着向马新贻求情，这是显而易见的。至于此案有没有另外的主使人，臣等将张文祥熬审20余日，据该犯坚持说，如果另有主使人，他完全可以据实供出，这样既可以减轻罪名，又可以免受严刑拷打之苦。臣又将张文祥的子女亲戚以及好友武定帼等调来，要他们从旁设法劝诱其招出实供，结果是既与丁惠衡一案毫无牵涉，也没有任何另外主使之人。因此此案去年的原审案情，与今年的再审情节没有什么不相符合的地方。太常寺少卿王家璧所奏，得自传闻，没有再议的必要。
曾国藩深感案情重大而复杂，越审越可怕，赶紧结案。他在给朝廷的奏折中说，再三审讯，该犯还是坚持以前的口供，已熬审20余日，该犯屡次绝食，只剩下最后一口气，奄奄待毙，如旦夕丧命，反而让他逃脱残酷的死刑，所以应该迅速了结此案。
结案并不难，张文祥胆敢戕害重臣，这是对清朝统治者的藐视，“情同叛逆”，何况张文祥实属“漏网发逆”，又与浙江南田海盗有勾结，凡此都是大逆不道，“罪大恶极”，理应凌迟处死。1871年4月3日，曾国藩将张文祥押赴刑场，凌迟处死，并在马新贻灵柩前摘取张文祥的心进行祭奠，以伸张国法而告慰忠臣英灵。沸沸扬扬半年多的“刺马案”，总算落下帏幕。不过，话又说回来了，国藩经办此案，粗疏含混，对张文祥这样刺杀朝廷重臣的要犯，竟始终不敢用刑，名义上怕用刑万一“瘐死狱中，谁执其咎？故始终不敢用刑”，实际上还不如说是怕逼出幕后主使人。正因为如此，承审大员孙衣言、袁保庆拒绝画押结案。
曾国藩办案粗疏，当然是有意的。他毕竟是老谋深算之人，他从慈禧太后冷漠的态度，已嗅出此案绝不是一件简单挟恨报仇的谋杀案，它涉及内部的矛盾与斗争。当时还有另一种说法，说马新贻1847年进士，以知县分发安徽即用，1863年授安徽按察使、布政使，1864年升浙江巡抚，1866年擢闽浙总督，仕途通达，1868年竟代曾国藩总督两江兼通商事务大臣，“必有为之张目，隐倚以抗湘淮诸帅者”，如果这种说法可信，那么，曾国藩就更有理由含混查办，匆匆草草结案了。
张文祥处心积虑，奋不顾身行刺马新贻，“非深仇不至此也”。无论“漏网发逆”、泄愤雪耻，还是仗义为友报仇的侠义行为，都难免有所疏漏，难以自圆其说，必有幕后主使者无疑。“主使人”究竟是何人？这是一个谜，最大的可能是丁日昌，朝野上下，议论纷纷，可是朝廷何以不让追究？曾国藩何以不敢追究？既如此，说“刺马案”与丁惠衡案没有牵连，有谁肯信？
再从慈禧太后冷漠的态度看，马新贻不仅结怨了同僚，而且失宠于清廷。失宠的原因是什么？有人说他对传教士过分亲近，这是有道理的。马新贻对传教士“极友好”，甚至传说他在上海受洗人教，这未必是事实，但他的亲教政策，的确获得洋教士的交口称赞，认为“这在中国当时的官场中很难得的”，但却引起中国人的反感。
1870年4月，陈国瑞来到南京，在布政使梅启照的支持下不遗余力地谋划攻击洋人，印出大批小册子，散发传教士杀小孩的骇人新闻。马新贻和江宁知府立即来个全城戒严，逼得陈国瑞逃到天津，洋人执意要他的头颅，说他是天津教案的罪魁祸首。经曾国藩的极力辩解，才算安然无事。而马新贻上奏朝廷，极力为自己的亲教行为辩护，斥责天津官员的严重失职，放任其“横行霸道”。马新贻没有领会到朝廷为维护国体保护天津官员之意，火上浇油，慈禧当然恼怒。“那些被严厉斥责的人是决不会放过他的”，结果，马新贻被刺。没过多久，江宁知府在衙门里悬梁自尽，又衍生出了一桩公案。当时教会认定：“南京总督和南京知府之死，是因为他俩曾阻止陷害教会而与要人结下了怨仇，我们虽找不到其他不容置辩的证据，但当时南京、上海的人们都是这样认定的。”
看来，马新贻之死，他的亲教政策也是一个诱因。马新贻身后之典，备极恩荣，特诏加太子太保，入贤良祠，以总督阵亡例予恤，安庆、南京、杭州、荷泽建立专祠，奖之唯恐不力。这样做的目的，旨在堵教会之口，以免引起外交上的麻烦。
总而言之，张文祥刺马案绝不是一般性的案件，而是一起极为复杂的政治谋杀案，案子的真相如何，因曾国藩在朝廷的暗示下含混结案而终于未能“水落石出”，甚至凌迟处死的是不是“刺马”真凶，都很值得怀疑，这实在是个谜。这桩历史公案，是被慈禧太后和曾国藩联手造成了。
