在孝庄太后的授意下，康熙皇帝迎娶索尼的孙女赫舍里氏为皇后，至此，赫舍里家族的利益与皇家的利益紧紧捆绑在了一起。
顺治十八年（1661年），顺治皇帝驾崩，为了预防多尔衮专政这样的情况再度出现，清世祖在与他的母亲孝庄文皇后，也就是孝庄太后商议之后，安排了四位辅政大臣，即索尼、苏克沙哈、遏必隆和鳌拜，由这四人辅佐年幼的康熙皇帝处理政务，其中索尼为首辅大臣。
起初，这四人还能“遵循誓言，和衷共济”，但是原本排名四人最后一位的鳌拜，权势不断提升，逐步开始专权施政。
其实，鳌拜的专权也有着其必然的因素，索尼固然文武双全、威望极高，但是年事已高、体弱多病，长期处于告病状态；苏克沙哈因为是多尔衮的旧部，与其他三人的矛盾本就根深蒂固；而遏必隆又是有勇无谋，一切唯鳌拜马首是瞻。所以权力逐渐掌握在了鳌拜的手中。
面对鳌拜不断的骄纵专权，孝庄太后在与康熙皇帝商议后，迎娶了索尼的孙女，即索尼长子噶布喇的第二个女儿赫舍里氏为皇后，将整个赫舍里家族与皇家实现了利益的捆绑，让索尼、噶布喇、索额图等朝中赫舍里家族的重臣从中立的位置上，全部站在了清圣祖一边。
孝诚仁皇后
清圣祖在迎娶索尼赫舍里氏的同时，还迎娶了遏必隆的女儿钮钴禄氏为妃，拉拢了遏必隆以及整个钮钴禄家族，进一步孤立了鳌拜。
索尼在临终前，做了一个最为重要的决定，就是上疏力谏要清圣祖亲政
康熙四年（1665年）九月，清圣祖完成大婚。一年半之后的康熙六年（1667年）三月，索尼便力主“还政于帝”，联合苏克萨哈、遏必隆、鳌拜共同上书请求康熙皇帝亲政。对于这次的力谏亲政，清圣祖并没有马上同意，而是下诏褒奖索尼忠心为国，加封一等公，世袭罔替。
实际上，清圣祖不在这个时候选择不亲政也是非常正确的决定，一方面，清圣祖需要进一步观察朝堂之上的动向，以便营造舆论氛围，统一朝堂之上的思想，为之后的真正亲政奠定基础；另一方面，也是在安抚四大辅政大臣，特别是鳌拜，避免政局的骤变，同时清圣祖也需要索尼用现在的声望和地位来继续牵制鳌拜。
赫舍里·索尼
康熙六年（1667年）六月，索尼病逝。七月初七，14岁的清圣祖正式亲政。
尽管此时的鳌拜依然专权跋扈，甚至擅杀了苏克沙哈，但是亲政后的康熙皇帝不管是在能力实力上，还是在舆论上，都逐渐提升，而这也成为了清圣祖最终能够除掉鳌拜的基础，更是让清圣祖在除掉鳌拜之后，可以进一步主持清算鳌拜集团的同时，保证了朝堂和政局稳定，使朝廷的权力中心得以平稳顺利过渡。
因而，力谏清圣祖亲政，成为索尼帮助清圣祖除掉鳌拜的一个最为重要的决定。
除了力谏清圣祖亲政外，索尼还做了一个至关重要的决定和安排，成为清圣祖能够智擒鳌拜的关键
索尼的这个决定和安排，就是让自己的三儿子索额图辞去了大学士和吏部侍郎等所有一切职务，担任清圣祖的贴身侍卫。
爱新觉罗·玄烨
众所周知，清圣祖智擒鳌拜，依靠的是一群布库少年，而这群布库少年的选拔与训练全部是由索额图来实施进行的，并且，清圣祖设计在武英殿由布库少年擒拿鳌拜，也是由索额图全程参与策划和实施。
由此可见，索额图可以说是清圣祖智擒鳌拜的首功之臣，而实际上，这其中也有索尼和孝庄太后在背后的功劳。
而整个赫舍里家族也凭借着在清圣祖除鳌拜期间的功绩和孝诚仁皇后赫舍里氏的尊崇地位，成为康熙朝前中期最为显赫的家族势力。
