明抗清英雄张煌言在其著作《建夷宫词》中写道：“上寿觞为合而尊，慈宁宫里烂盈门。春宫昨日新仪注，太礼恭逢太后婚”，明确指出孝庄太后下嫁给了多尔衮。清朝史学家蒋良骐在《东华录》中记载，多尔衮后来遭顺治帝清算，其中有一条罪状就是指多尔衮“亲到皇宫内院”。历朝历代，皇宫的朝堂和后宫是有严格的分界线的，后宫除了皇帝本人，其他男子一概不得进入，哪怕是成年的皇子也不能列外，多尔衮能进入后宫，可见其与孝庄关系不一般。那么，孝庄太后和摄政王多尔衮究竟有没有不正当关系呢?
孝庄皇太后比多尔衮小一岁，但是早在孝庄十二岁的时候，就已经嫁给了皇太极，所以皇太极和多尔衮是因为孝庄而生恩怨，是毫无根据的；至于两人长大后，这对叔嫂之间会不会有什么情况，那就另当别论了。
多尔衮十六岁就跟随皇太极征战沙场，还因功劳被皇太极赏赐“墨尔根戴青”的美号，在多尔衮24岁的时候，在正月初一新年庆贺大典时，多尔衮首率诸贝勒向皇太极行礼；皇太极对多尔衮可谓是恩宠至极也毫不为过，比一直被皇太极忌惮压制的代善待遇截然不同。
很多人猜测这件事是孝庄主动去找的多尔衮，提出摄政王的条件让多尔衮拥立福临；也有种说法是孝庄与多尔衮之前就有瓜葛，所以拥立孝庄的儿子，甚至有可能福临本身就是多尔衮的孩子。
