清朝崛起于东北，原本叫后金，后来才取代明朝，入主了中原。而在东北的时候，后金与蒙古就有着诸多的战争。当时的蒙古分为漠南蒙古、漠北蒙古和漠西蒙古，努尔哈赤崛起后，对蒙古各部采取了战争和联姻等多种手段，统一了漠南蒙古，吊打林丹汗，皇太极还得到了自元末失传的传国玉玺。喀尔喀蒙古和漠西蒙古吓得采取了与后金遣使修好的政策。
然而，等到清朝入主中原之后，与西北的准噶尔爆发了战争。然而令人没有想到的是实力更加强大的清朝消灭准噶尔却耗费了百年，历经三任皇帝才在乾隆年间解决。那么，清朝在东北吊打蒙古，为什么后来打准噶尔那么麻烦？
在东北的后金与建立了大一统王朝的大清相比，自然是后者更加实力强大。可是，对手也是更加强大了。努尔哈赤和皇太极时期的蒙古是一盘散沙。各部落封建主之间，为了掠夺牲畜、土地和财产、争夺统治地位，常常发生矛盾，互相杀戮、征伐。
更加关键的是，当时在蒙古部落，出现了一位非常厉害的人物，他就是林丹汗。他即汗位后，欲复祖业，着手统一蒙古各部，一度强盛，把漠南蒙古诸部置于统治之下。但是，林丹汗堪称“自毁长城”式的内政、宗教、军事以及外交策略，使得他不得人心，被征服的各部不堪忍受其统治，纷纷投后金请求庇护。
所以，努尔哈赤和皇太极之所以能够吊打梦蒙古，与林丹汗也有一定的关系，由于蒙古各部落的混战，所以，很多部落投靠了后金。而且，在如何对待蒙古人的时候，努尔哈赤采取的手段是编旗、联姻、会盟、封赏、围猎、赈济、朝觐、重教等政策，加强对蒙古上层人物及部民的联系与辖治。
再加上皇太极几次大军讨伐林丹汗，最终将其打败。多尔衮与岳托等领兵万人渡河，招降林丹汗部众于额哲，林丹汗的妻子和儿子归降，交出可汗印信，整个漠南蒙古完全纳入了后金版图。
可是，等到满清入主中原后，西北的准噶尔汗国也崛起了。这个时候的准噶尔汗国，早已不是当年的松散的联盟了，而是变为集权的政权体制，这种资源都可以支援战争。趁着满清入主中原的机会，准噶尔四处征伐，实力更加强大了。从军队上看，准噶尔的军队今非昔比了，他们越来越多的人装备起带火绒的火绳枪，还拥有一定数量的轻型火炮。准噶尔军队装备火绳枪的比例为7分之3，接近一半。可以说，这是一支既有传统蒙古骑兵的优点、又有新式武器战术加强的军队。
虽然清朝也不弱，但清朝国内的问题不少，顾此失彼。而且，满清要与准噶尔作战，距离实在是个问题，长期的消耗对双方都很大。不过，根本上还是清朝的实力更加强，最终将其消灭。
