1643年八月初九，皇太极突然驾崩，在他死前，还没有册立皇太子，所以又一场的皇位争夺拉开序幕，不过这次并没有维持多久，仅仅四五日，清朝历史上第三位皇帝就登基了，他就是皇太极的第九子，福临，也就是后来的顺治帝，可能看到不少记载，或者野史，大家都以为福临继位，是多尔衮的发放忍让，其实事实上并不是这样。
皇太极生前统领的正黄旗与镶黄旗拥立豪格，而多尔衮自领的正白旗与镶白旗则拥立多尔衮。双方争持不下，形势极其严峻，镶黄旗护军统领鳌拜手握重兵，成为这场皇位之争中的核心人物之一。他与两黄旗的其他大臣索尼、谭泰等八人会集于豪格府邸，“共立盟誓，愿死生一处”，密谋拥立肃亲王为帝。鉴于当时紧张的局面，鳌拜等严加戒备，密令兵丁守卫门禁，以防不测。
在当时商议拥立新皇人选时，大家当时都有做好大打一场的一准，场面也是一度僵持不下，最后，鳌拜与效忠于皇太极的一批将领纷纷离座，按剑而前，齐声说道：“我们这些臣子，吃的是先帝的饭，穿的是先帝的衣，先帝对我们的养育之恩有如天高海深。如果不立先帝之子，我们宁可从死先帝于地下！”实际上是以武力威胁多尔衮不得觊觎帝位。在这种形势下，多尔衮不得不作出让步，提出拥立皇太极第九子、6岁的福临继位。
但是由于多尔衮是皇太极亲弟弟，又是当时威望最高的镶白旗旗主，所以同意他在顺治帝成年前摄政，史称摄政王，他是清朝历史上第一个摄政王，也是最有实权的一位，当时因为鳌拜力拥皇太极的儿子为帝，所以多尔衮对他很是不喜，根据记载，虽然鳌拜在立新皇一事上赢了，但是事后也遭到了多尔衮的打压。
顺治元年，鳌拜随英亲王阿济格征讨退守陕西的李自成大顺军，立有大功，后来却因为收到谭泰的牵连，几乎被革职，顺治五年，这是鳌拜遭多尔衮打击最严重的的一年，征讨张献忠大西军的豪格大军凯旋回京。参领希尔良因冒功邀赏一事遭到处罚，鳌拜也以勘察不实而被议处“应革职，罚银一百两”。三月，贝子屯齐告发郑亲王济尔哈朗当年拥立肃亲王豪格、后又包庇豪格的种种罪状。鳌拜诸人谋立肃亲王之事也被同时告发。多尔衮借此事兴起大狱。
顺治七年，多尔衮却又以“违令渎请”罪之，并追究鳌拜包庇之罪，论死，后改免死罚赎、降爵。是年十一月，多尔衮死，顺治亲政，鳌拜这个时期，依旧是忠心护主，他知道多尔衮的野心，所以不管他怎么对付自己，鳌拜都咬牙默默与之抗衡，在多尔衮死后，鳌拜才又被顺治帝重用。
