天命十一年八月十一日，六十八岁的努尔哈赤疽发于背，病死沈阳，他的十六个后妃、十五个儿子和八个女儿哭作一团。分值四大贝勒本来同心协力，勤理国政，现在却为汗位继承的问题心事重重，互不通气。
如果按照长子继嗣的规定，大贝勒代善毫无疑问要继承汗位、在带兵打仗、处理政务等方面，代善不仅以大阿哥的身份位列第一，而且他对部下宽宥而不嗜杀戮，在民众中威望很高，一般的女真人都认为努尔哈赤死后，“贵盈哥必代其父”。
如果根据女真族古老的军事民主制推举的办法选择嗣君，当时最有希望的人选是四大贝勒。其中阿敏不是努尔哈赤的直系，一般来说，是不能入选的。余者照齿序才能而论四十六岁的代善居长，宽厚而得众心，最有资格继嗣。其次是四十二岁的莽古尔泰，他自幼随父兄出征，每遇劲敌，冲锋在前，是独当一面的将领和统帅，亦有继嗣资格。
代善为什么让位给皇太极?有人说他是“特寻常一庸夫”，自知才能、魄力不如皇太极，加上为人敦厚，所以主动让位。这只是一种简单的推测。代善之所以放弃汗位，是他同努尔哈赤父子之间矛盾发展的结果，也是他同皇太极之间兄弟争
首先，代善同努尔哈赤之间的矛盾日益加深，使代善失去了继嗣的特权。努尔哈赤的基本思想是以征战平天下、以武力治国家基本作法是独断专行。代善具有明显的主和弃战的思想，而且屡次力劝努尔哈赤不要树敌太多，公开谏阻努尔哈赤的独断专制，父子因而处事多不合。
在攻打叶赫布扬古时，代善招降了布扬古，并答应不杀他。可是，当代善领布扬古去见努尔哈赤时，努尔哈赤却找借口把布扬古杀死了，代善大为不满。萨尔浒大战以后，代善在富察迫降援明的朝鲜兵，与朝鲜都元帅姜宏立对天盟誓。答应不杀朝鲜降卒。努尔哈赤又寻找借口将朝鲜四、五百降卒杀死，代善对此十分气愤。天命五年，代善同努尔哈赤之间发生了一件更加不愉快的事情，父子矛盾因而大大加深。
努尔哈赤对大贝勒同大福晋的暧昧关系极为愤怒，但他既不愿家丑外扬，又不愿加罪于儿子，只好借着窝藏金帛的名义抄了大福晋的家，同时暗中下决心重新立储，以深受偏爱的皇太极代替代善而为汗位继承人。至于莽古尔泰，此时，因杀死生身母亲而身誉败坏，已经不在立储之列了。
如何以弟代兄，令皇太极继承汗位，对于努尔哈赤来说，并不是轻而易举的事情，他只好在暗中对代善的地位进行巧妙地否定。于是，天命六年二月，他下令四大贝勒按月分值，轮流执政。这种轮番坐庄的新规定，实际上是否定了大贝勒代善原有的执政地位而四分其权。
其次，代善同皇太极争权斗争日益激烈，结果是代善名誉扫地，被迫让位。皇太极才智较强，又受到努尔哈赤的偏爱，是诸贝勒中唯一用心读书、善于运用权术的人。在努尔哈赤面前，他处处都想胜大贝勒一筹，方肯罢休。
每次出战，他都与代善争抢头功。他指使小福晋德因泽告发代善与大福晋之间有暧昧关系，使代善身败名裂。他还施展手段，将阿敏、莽古尔泰笼络在自己周围，并密谋“潜弑”代善。代善听说皇太极要谋害他时，畏惧万端，哭着跑到努尔哈赤面前去求救。可见，在努尔哈赤逝世之前，代善已被皇太极钳制住了。
天命十一年九月一日，皇太极接受代善、莽古尔泰的推举，举行了庄严的即位典礼，作了清太宗，以第二年为天聪元年(1627年)。清太宗接受兄弟子侄朝拜以后，亲自率诸贝勒向代善、阿敏、莽古尔泰行三拜之礼。这一非同小可的举动表明了，代善，莽古尔泰作为太宗的兄长，享有特殊的地位，同时也说明他们二人仍然拥有强大的势力。
天聪至崇德年间(1627-1644年)，代善、莽古尔泰辅佐清太宗东抚朝鲜，西降蒙古，南征大明，立功颇多。特别是在征明战争中莽古尔泰率军破明山海关总兵赵率教大军，生擒明副将臧调元，还多次统兵至蓟州(今河北迁西县西北)、宣府(今河北宣化)、大同等地大败明军。
代善被封为亲王以后，同其子岳托、硕托、萨哈璘等一起统兵南征，都是功勋昭彰的将军元帅。但是，清太宗对实力雄厚的代善、莽古尔泰和阿敏三大贝勒深怀畏惧之意，正在想方设法剥夺他们的权力和地位。
天聪三年二月，清太宗以关心三大贝勒操劳过度为名，削去他们每月轮流执政的大权，命令诸子侄贝勒代他们理政，使他们的权力下放。天聪四年六月，太宗以十六条罪状幽禁二贝勒阿敏。
天聪六年底，莽古尔泰忧愤而死，因府藏十六枚“大金国皇帝印”之事暴露，被定为图谋不轨罪而削去一切爵位，子孙皆因此被罪除名。天聪九年，太宗以代善擅自率旗人行猎、破坏军风为借口，对代善大加训斥，并罚银万两。经此打击，代善的权势大大跌落下来。
崇德八年(1643年)八月，清太宗突然驾崩，诸王大臣列坐于崇政殿，议立皇位继承人，争论越来越激烈。豫亲王多铎根据“立长”的原则推举代善继皇位，代善辞而不受，以长者的身份出面，立了太宗第九子六岁的福临为皇帝(即清世祖)，并荐举郑亲王齐尔哈朗和睿亲王多尔衮共同辅政，改元顺治。
顺治五年十月，六十六岁的宗室王爷、风云一世的大贝勒代善病逝，顺治帝赐银万两予以祭葬，并立牌纪功。康熙时追加其谥号为“烈”乾隆时人祀贤王祠并配享太庙。礼亲王爵位由其子孙世代相传。
