在清朝镇压农民起义和消灭南明政权的过程中，吴三桂、尚可喜和耿仲明的功劳最大。随着南方局势的稳定，清廷命令平西王吴三桂镇守云南、平南王尚可喜镇守广东、靖南王耿仲明之子耿继茂镇守福建，这就是我们常说的“三藩”。
理论上，他们虽然被称为“藩王”但是不能像以前封建诸侯那样自由管理领地内的土地和人民，行政事务与其他省份一样由朝廷委派的行政官员负责。但是实际上，这三个藩王以其崇高的身份和强大的军事实力为后盾，在地方上征收私税、越权指挥官吏、开展海外贸易、强行征用百姓，与之前的封建诸侯别无二致。随着南方局势的稳定，三藩逐渐失去了价值，再加上他们的军费数额巨大，对当时财政并不富裕的清朝政府来说，是一项非常大的开支，随着他们在地方的作威作福，与朝廷的矛盾越来越紧张。
康熙十二年，年过七旬的尚可喜因为和儿子不合，便上奏皇帝现在南方局势已稳，想要撤军回老家辽东安度晚年。康熙帝早就想处理三藩事宜了，就同意了;接着另外两藩也不得不提出撤军的请求，其实实力最强的吴三桂是不想撤军的，可结果得到的回复也是同意。大失所望的吴三桂于是决定造反，三藩之乱就此开始。
吴三桂换上明朝的衣冠，以天下都招讨兵马大元帅的名义控制了云南和贵州，由于当时清朝的统治根基还不稳定，对于吴三桂的号召，以耿精忠为首的地方叛军一呼百应，纷纷起事。但是吴三桂毕竟是60多岁的老人了，尽管初战告捷，但是并没有进击北京的打算，只是想守住一方，成为一方统治者，但是在他刚刚“登基”不就，吴三桂便死去。此后三藩的势力也日渐衰弱，最终为康熙帝所平。
