蓟辽总督与努尔哈赤的关系，可以分为两个阶段。第一阶段，在努尔哈赤起兵反明之前，部分蓟辽总督对努尔哈赤的行动和野心是有所警慑的，并提醒朝廷要防范努尔哈赤实力的过度强大。第二阶段，努尔哈赤以“七大恨”誓师伐明后，双方关系剑拔弩张，而蓟辽总督作为辽东地区的最高军政长官，双方冲突在所难免，此时，双方关系就是以战争为主。
直到皇太极即位之后，双方除了继续打仗外，也开始悄悄地进行着议和活动，关系稍微缓和一些。总之，从万历末年努尔哈赤起兵反明到明朝覆亡，蓟辽总督与后金两代大汗的关系，总体上以战争为主，间杂议和活动，但为时势所逼，议和最终没有成功。
一、对建州女真的防备
东北女真部落自明初永乐时期被成功招抚之后，世世代代接受着明朝的统治。明廷对包括建州在内的女真酋长通过敕命、封官、厚赏等手段加以笼络，如努尔哈赤的祖父觉昌安就被任命为建州左卫都指挥使，努尔哈赤对明朝态度的转变是在其祖父觉昌安和塔克世被明军误杀之后。
当时是万历十一年（年），明军在李成梁率领下，攻打屡次劫掠边境、杀死明朝边将的建州右卫阿台部，觉昌安和塔克世也参与了此次战役，“奴之祖父教场、他失，李成梁用为乡导”。但阿台率军死守，李成梁攻打不下来，他就借用了尼堪外兰的计谋，诱使阿台部下开城，明军进入古勒城后开始屠城，觉昌安和塔克世被明军误杀于乱军之中。
之后，努尔哈赤质问明朝边臣为何无故杀其祖父，明军说是误杀，不是故意的，明廷自知理亏，作为对努尔哈赤的补偿，就“归二祖丧，与敕书三十道、马三十匹，复给都督敕书”气但是，努尔哈赤仍不罢休，要求明军交出杀父仇人尼堪外兰，但明军偏袒尼堪外兰，拒不交出。因为此时明朝是有意扶持尼堪外兰的，想借助忠顺明朝的尼堪外兰管理女真地区，而这种扶持也使更多的女真人归顺了尼堪外兰，努尔哈赤变得更加孤立。
祸根就此埋下，努尔哈赤更加怨恨明朝，但此时努尔哈赤实力太过弱小，“当是时，兵百人，甲三十副而己”，还不足以与明军对抗，就转而迁怒于为明军做乡导的图伦城主尼堪外兰，为祖父报了仇，从此开始走上统一建州及女真的道路。在努尔哈赤统一女真诸部的战争中，他的行为也引起了一些明朝大臣的注意和警惕。
如当时的蓟辽总督蹇达就上奏说：“建酋（即努尔哈赤）日渐骄横，东方隐忧可虞，乞议早备战守机宜。”蹇达身处辽东前线，对努尔哈赤的情况比较了解，当他看到努尔哈赤在逐渐壮大后，提醒朝廷对其要有所警惕，早作预防准备，尽量削弱其力量，防其坐大成为边患。又如，大学士朱赓上奏说：“建酋，残酷非常，旁近诸夷，多被吞并，恃强不贡，已经二年。”在万历三十六年（年）时，大学士朱赓已经看到了努尔哈势力己经发展得很强大，并且己不向朝廷上贡，甚至在辽东以人参敲诈勒索官军，他建议万历皇帝早作准备，修理边备，预防其侵犯边境。
但此时，万历皇帝怠政，不理政事，官员的奏章多不报，没有什么处理结果。从当时一份礼部官员的奏疏中，就能看出这些大臣的担忧是有道理的。当时因为努尔哈赤没有按时进贡，礼部官员就借此事建议朝廷严肃查处“违贡”一事，并对努尔哈赤的扩张野心提高警惕。
“今建州夷酋奴儿哈赤，既并毛怜等卫，取其敕印，又举海西南关一带卫所酋目，若卜占吉若猛骨孛罗等卫而有之，虽婚姻亦所不恤，惟北关一带若那林孛罗与弟金台，竭力死守，苟延旦夕，又闻其饰名姝、捐重妆以交欢北虏。”可见，此时的努尔哈赤已经在兼并其他女真部落，并通过婚姻关系在扩大联盟，只有北关的那林孛罗与其弟金台，仍在坚守地盘，与其对抗。
另外，努尔哈赤的兵力已经超过当时辽东地区驻扎明军的实力，前景堪忧。“今奴酋精兵业己三万有奇，按隆庆间辽镇图籍，马步官军实在八万，粒米豆草而外主客岁饷二十万金，今称堪战亲兵，不满八千，思之可为寒心，”驻扎明军的兵力己经从隆庆年间的八万降到不到八千，这么少的兵力己经抗衡不了女真兵的进攻了。
可见当时，努尔哈赤通过吞并一些女真部落，与其他酋长联姻及交好蒙古部落之后，兵力己有三万多，們然变成了辽东一大势力，并且已经变的桀聲难驯，虽然还没造反，但兵力已经超过辽东边军，对辽东边疆己构成巨大威胁。礼部官员请求朝廷派遣使者前去责问努尔哈赤为何不按时进贡，并且要加强军备，对其进行防范。
这些官员已经看到了努尔哈赤对辽东的潜在威胁，可谓眼光深远。但在奏文中却没有向万历皇帝提出削弱努尔哈赤势力的建议，而只是要求努尔哈赤要悔罪自新，努尔哈赤最后也是这样做了，但却是在默默积累力量，等待时机再起兵，可见明朝大臣对努尔哈赤起兵称王的野心有所警惕，但还是估计不足。
这些大臣的奏章和建议可谓眼光深远、高瞻远瞩，但是没有引起万历皇帝的足够重视，最后致使努尔哈赤逐渐坐大，终不可制。不过当时明朝的防御重心仍旧是北部蒙古，所以疏于对女真地区的防范，对努尔哈赤的扩张行动也不够重视，以为是小打小闹。不得不说，这是明朝的一大战略失误。而努尔哈赤势力的发展壮大也与当时的辽东总兵李成梁的包庇纵容有关。
万历三十六年（年），李成梁第二次被弹劾罢职后，兵科给事中宋一韩就上疏指责他对努尔哈赤的纵容包庇行为。宋一韩指出：“顷者，按臣勘地之疏至详且确，李氏自成梁秉钺，与酋他失（指努尔哈赤之父塔克世）通好者，两世矣，”可见，李成梁与努尔哈赤及其父亲关系都很好。
宋一韩进一步指责李成梁企图勾结建州女真占领朝鲜，并以割辽东边地的手段换取建州的出兵相助，如下“（李成梁）晋跨以来，惟思取朝鲜而郡县之，乃可以长有东土，非结连建州无以善，其后，于是割地刻碑，惟酋是听。而图朝鲜之密搞至矣，据抚镇奏，辩支吾，谓镇臣新拓堡界现存，今不据成化中韩娬旧定之边界，必并失成梁新拓之堡界，乃称弃地哉。方招抚之初，乐业之民宁死焚溺，死冻饿，终不肯回，而横江宽奠之间，积尸不止以万计，所为痛恨抚镇者此也。”
可见，李成梁又主动放弃宽奠地方的明朝堡皇，迁徙边民，把边地的军事重地拱手让给了建州女真占据，真是糊涂之极。鉴于李成梁等官员的可恶行为，宋一韩请求朝廷惩罚他们，“除故督臣蹇达追夺升荫外，枢臣萧大亨破勘覆之例，辅臣李廷机坐专擅之名，按臣何尔健、康不扬等，均应如勘臣言，从公拟处者也。”
李成梁纵容努尔哈赤的这些行为，如果换成别人，加上言官弹劾，早被治罪下狱，但是明神宗一直很看好李成梁，弹劾他的奏章也都留中不下。皇帝不指责，其他大臣就更无话可说了，就这样明廷对于宋一韩等人的建议不理睬，努尔哈赤终于在明朝的不闻不问中发展壮大。
二、对建州女真的讨伐
在努尔哈赤完成对东北女真的统一之后，实力大增，终于在（万历四十六年年）四月举兵反明，分两路入侵明朝，攻下辽东重镇抚顺，后又占领清河，震动明廷。明朝此时才意识到辽东事态的严重，于是征调大军，任命兵部侍郎杨镐为辽东经略，统帅四路大军征讨努尔哈赤，以期彻底消灭后金。虽然当时明军人数众多，大有毕其功于一役之势，但是摆在明军面前的一大问题是“缺饷”。
在努尔哈赤设计攻下抚顺之后，当时的蓟辽总督汪可受告急朝廷，屡次上奏请求调兵发饷，因为此时辽东明军己经有好几个月都没有发军恼了，人心浮动，士兵的生存都已成为问题，何谈卖命打仗呢？当时的兵部尚书薛三才就上奏说：“大兵既集，而粮饱不继，变且虞脱巾，何言剿贼哉？”“使人冒锋镝蹈白刃，非有厚糈丰犒，何以得其死力？”没有充足的粮食保障，军队哪里肯奋力抗击敌人。
当时缺饷严重到什么程度呢？据薛三才给明神宗的奏文里说：“辽军缺饷，已历三时，户部应发额饱，自昨秋至今夏，该五十余万”。他请求朝廷如果欠馆不能全部发放，发一半也可以，先缓解一下眼前困境也行，“臣部额该辽东马价一十一万七千八百余，两抚赏银三万两，除先发四万外，尚缺银十万七千八百两有奇，并新兵饱银四万七千一百两有奇，臣请一顿解发应急”。
可见，辽东将士已经好几个月没有领到军饷了，而且缺额竟然达到五十余万两。而且旧兵银未发，而新兵铜银已欠，明军生活下去都成了大问题，更何谈卖命打仗呢，粮饱问题己经极大地影响了明军的士气和战斗力。
万历皇帝对薛三才的答复却是“内帑空虚，尔部便将马价等银，照数给发户部，应发饷银，亦着尽力措处”，明朝内帑空虚，皇帝也没什么办法，让大臣们自己想办法，大臣就想出了官逼民反的“辽铜对策，结果众所周知，百姓被催交无法，走投无路，只得投靠农民军造反了。可见，缺饷对明军的战斗力和明朝国运的影响之大。萨尔济之战前，明军内部也是矛盾重重。
如当时辽总督汪可受的下属辽东巡抚周永春、顺天巡抚刘曰梧，因山海总兵柴国柱移镇的事情，吵得不可开交。周永春“以各虏骚动，欲移山海总兵柴国柱于河西，并调广宁总兵李光荣于前屯”而刘曰梧则说“关内必不可疏，国柱必不可移”，双方都想把柴国柱的兵力放在自己的防区内，以壮大自己的防御力量。双方争执不下，两抚因此不和，但是总督汪可受却没有从中加以顺利调节，致使两路明军不相协调，贻误战机。
当时在辽东战场的蓟辽总督汪可受，身为地方大员，不积极备战，在辽东军情日益紧急的关头，却屡次上疏要求辞职，如下：（万历四十六年六月庚午）“蓟辽总督注可受，以辽左事辞职。上以秋防方急，不允。”（万历四十六年八月壬申）“蓟辽总督注可受，以清河事自劾。上以用兵方殷，着其策励恢复，毋得推读误事。”（万历四十七年正月癸丑）“蓟辽总督汪可受，引疾乞休。
奉旨：左用兵，督臣身任封疆，不得称疾，不允”而当时的辽东经略杨镐也是如此，推诿敷衍，胆小怕事，当时的兵科给事中赵兴邦批评他“忧逸畏几、不力任事”。作为此时辽东战区的两位最高指挥官，杨镐“忧博畏几”，汪可受“推矮误事”，两人如此心态，如此消极作战，怎能指挥好军队，取得战争胜利。
明军于万历四十七年（年）二月底出发，分四路大军征讨后金，而努尔哈赤则采取集中兵力的策略，将明军分散歼灭，取得了胜利，这就是著名的“萨尔济之战”。萨尔济之战是明朝和后金命运的转折点，明军由攻转守，而后金则实力大增，开始更大规模的军事行动。萨尔游之战后，蓟辽总督汪可受不去积极吸取战争教训，备边督战，仍是多次上奏乞休，“总督蓟辽兵部左侍郎汪可受，以辽事引罪乞休”，但是没有得到允许，万历皇帝下旨让他继续用心料理，“东夷未靖，虏报频仍，汪可受身任总督，岂得因言求去，其遵屡旨，用心料理防御，不准辞。”
后来由于汪可受上疏请辞次数太多，引起万历皇帝的反感。当万历四十七年（年）八月，“汪可受奏才拙身病，六疏乞罢”时，万历皇帝大怒，批评他说：“辽左屡失城堡，且虏势曰张，督臣身任安危，正当戮力经营，恢复疆土，方称朝廷委任。汪可受何为屡屡求去，着吏部酌议以闻。”汪可受的行为受到了万历皇帝的严厉指责。后来，汪可受甚至闭门不见属下，军政事务被大量耽搁，得不到及时处理。
巡按直隶御史王象恒就说：“边防重寄，惟督抚镇三臣，况今日何时，蓟门何地，乃督臣汪可受杜门候代，弹压无人，離胞可虑。”后来，接任杨镐的职位经略辽东的熊廷弼也对蓟辽总督汪可受的行为大为不满，认为他身为总督一方军政事务的大臣，却不积极调兵抗敌，还妄图推卸责任。；”蓟辽总督，与辽东功罪相关，尚不调发，何况他镇？是身任地方者，尚求脱卸，而各镇事外者，谁肯上心？”
这种行为将会导致各镇军队无心打仗，贻误战机。作为此时辽东战区的两位最高指挥官，杨镐“杜门”，汪可受“偷安愤事”，两人畏惧对手，不积极备战，推扯皮，如此总督和经略，怎能指挥好明军打仗，可见明军的失败也是情理之中。
三、总结
自萨尔浒大战之后，蓟辽总督与努尔哈赤就一直是敌对的双方。努尔哈赤时期，蓟辽总督会同辽东经略、巡抚、总兵等官，在辽东地区与努尔哈赤展开拉锯战，双方主要通过大大小小的战役进行互动，而此时蓟辽总督上有辽东经略压制，下有辽东巡按等官监督牵制，军政职能得不到最大发挥，总体上在辽东的战绩乏善可陈。
