就在牛顿对力学作深入研究时，1665年英国发生了大瘟疫，俗称黑死病。黑死病在这之前欧洲大陆已有300年历史，总共造成的死亡人数约2500万人。大约是欧洲当时人口的三分之一。
这次瘟疫始自伦敦，此病实际是一种鼠疫，由跳蚤吸食了一种黑鼠的血液而使细菌传播，受到病毒感染的黑鼠又大量繁殖，疾病就如大火缭原开来不可阻挡，当时抗生素并未发现，死亡率自然很高。于是各地相互设障，阻断交通，各自为阵。离伦敦不远的剑桥大学被迫停课，校园关闭，师生都被疏散到乡间。这时刚刚取得学士学位的牛顿，返回了家乡的农庄。
母亲热情欢迎他的归来，同母异父的三个兄妹也十分懂事，家乡的农庄宁静得如同世外桃源。在这里，牛顿有充分的时间独自思考、实验和推敲，这位刚刚毕业的大学生心智已经成熟，而创造力达到了一生的巅峰，做出了一系列革命性的重要发现。
在这两年里，牛顿创立了二项式定理，发明微积分，发明反射式望远镜和发现日光的七色光谱，确立了牛顿第一、牛顿第二定律和引力定律的基本思想，一举奠定了经典物理学的基础。
我们中学要学的很多物理定理，也都是牛顿在这期间创立的。
后来，牛顿在一份手稿里这样说：“这所有都是在1665与1666两个瘟疫年份发生的事，在那些日子里，我正处于创造的旺盛时期，我对于数学和哲学，比以前任何年代都更为用心。”
两年后，牛顿回到了剑桥，成为了剑桥大学三一学院的研究员。
