清末修律大臣沈家本的麻烦，肇始于1906年的官制改革。
根据官制改革结果，大理寺改为大理院，沈家本被任命为正卿，秩正二品；刑部则改为法部，尚书为出洋考察宪政五大臣之一的戴鸿慈。
按照规定，大理院为最高审判单位，负责审判；法部为最高司法机关，负责司法与行政。由于审判权与司法权没有明确界定，因而在法部与大理院之间产生了矛盾。
法部尚书戴鸿慈、右侍郎张仁黼与大理院正卿沈家本之间就诸如死刑复核等审判权、官员选任等行政权的划分产生严重争执，双方各执一词上奏清廷。戴鸿慈还在给梁启超的信中称沈家本“以阴柔手段，攘窃法权”。
清廷对“部院争权”十分恼火，采取行政措施以解决争端，将沈家本与张仁黼对调了事。
不久，围绕修订法律权问题，争议再起。
1907年6月11日，新任大理院正卿张仁黼上奏，要求设修订法律院，并钦派部院大臣会订，有法部、大理院专司其事。
“修订法律，以之颁布中外，垂则万世，若仅委诸一二人之手，天下臣民，或谓朝廷有轻视法律之意。甚且谓为某某氏之法律，非出自朝廷之制作，殊非所以郑重立法之道也”。张仁黼在奏议中写道。
很明显，这封奏议的矛头直接对准了当时唯一的修律大臣沈家本。张仁黼的目的是借成立修订法律院来争夺修订法律权。
历来主张专家立法的沈家本很快作出了“违心”的反应。他上奏表示赞同张仁黼的意见，还向朝廷交代了1904年5月法律馆开馆以来的工作情况，表示自己学识浅薄，不胜修律重任，特别是年事已高，“精力日逊，每与馆员讨论过久，及削稿稍多，即觉心思涣散，不能凝聚”，因此恳请开去修订法律差事，按张仁黼所拟办法修律。
随后，由法部尚书戴鸿慈领衔，法部、大理院会奏《修订修律办法折》，开始筹划如何“专司其事”了，即提出特开修订法律馆，“除由臣等详慎办理外，钦派王大臣为总裁，特派各部院堂官为会订法律大臣，各地总督、巡抚、将军为特派参订法律大臣”。
这些奏折，不仅否定了修订法律馆前期的修律工作，关键是明确提出撤换沈家本修订法律大臣的职务，取消修订法律馆独立的法律草拟权。
法部、大理院的会奏被大清皇族成员、宪政编查馆大臣奕劻“冷藏”了三个月。
三个月后，奕劻上奏《议覆修订法律办法折》，从根本上否定了戴、张的方案。“查立宪各国，以立法、行政、司法三项分立为第一要义。原奏亦谓立宪之精义，在以国家统治之权，分配于立法、行政、司法三机关。今若以修订法律馆归该部管理，是以立法机关混入行政及司法机关之内，殊背三权分立之义。”
奕劻以三权分立学说维护修订法律馆的独立地位，不可谓无远见。他的奏疏，也最终决定了修订法律馆和沈家本的命运。
与此同时，清廷谕旨，著派沈家本、俞廉三、英瑞充修订法律大臣，并免去沈家本法部右侍郎之职，使之专司修律。
修订法律权之争由此告一段落。1907年底，重组的修订法律馆正式开馆办事。
新任命的修律大臣沈家本、俞廉三很快上奏了《大清新刑律草案》。尽管此后波澜再起，但到1911年1月25日，清廷还是下令颁发了沈家本为主制订的《大清新刑律》，并深刻影响了民国的法律体系。
参考文献：
沈家本：《历代刑法考》，北京：中华书局，1985年李贵连：《沈家本与中国法律现代化》，北京：光明日报出版社，1989年张国华、李贵连：《沈家本年谱初编》，北京：北京大学出版社，1989年袁伟时：《中国现代思想散论》，广州：广东教育出版社，2008年陈浩：《百年回眸谁与功——记清末修律大臣沈家本与〈大清新刑律〉》，《书屋》，2005年第2期
