当时形势的发展，不仅使保守的长老派遭到沉重的打击，而且克伦威尔艾尔顿等独立派领导人也感到摆在他们面前的严酷现实，使他们不得不去同王党和长老派坚决斗争。1648年温莎军官会议开会时，克伦威尔和艾尔顿就表示不应该再同国王谈判，因为“他是一个大骗子、一个虚伪的人，所以他是不可信任的。”
不过，直到此时，克伦威尔等独立派领导人虽然不再对查理一世抱有不切实际的幻想，却仍然不愿废除君主制度。残余议会”中有些议员的态度也动摇不定，他们在讨论关于审判国王的问题时，拖延了许多天,12月28日才通过了把查理作为背叛国家、内战祸首、破坏法律和英国人民自由的罪犯而加以审判的决议。独立派领导人在这个问题上，一直犹豫不决，他们最后同意审判国王也是在当时形势下无可奈何的事。克伦威尔12月底在下院讨论审判国王的问题时说：“任何人，不论是谁，如果他打算废黜国王或剥夺国王子孙的王位继承权……他将是这个世界上最大的叛徒和犯上作乱的人。然而，既然上帝已把这个加于我们，我们只有服从。”
但根据当时的规定，法律在下院通过之后，须经上院同意才能生效。这时上院只剩下16个议员，他们一致否决了关于审判国王的议案。下院鉴于国内群众运动风起云涌，军队里士兵的情绪空前高昂，平等派正在积极展开活动，不得不采取顺从民意的坚决措施。1649年1月4日，通过下院享有最高权力的决议。决议指出，国家任何法律的最终源泉是人民，因而由人民选举产生的下议院应该是国家的最高政权机关，下议院的决议可不经上议院和国王的批准而直接生效。1月6日，下院通过了成立最高法庭以审判国王的议案，成立了由135人组成的特别高等法庭。参加者有议会议员、法学家、高级军官、伦敦议会的议员等，庭长为法学家布拉德肖。
审判从1月20日开始，首先宣布对查理一世的指控：国王本来应该根据法律为人民利益而进行工作，但是查理却企图攫取无限的权力，对人民施行暴政，他挑起了内战，对英国人民犯下了严重的罪行。然而高等法庭中的部分人却对审判国王和判处他死刑一事表示反对，原来的议会军总司令费尔法克斯，虽然也是高等法庭的成员，却拒绝出席。
1月27日判处查理一世死刑时，出席的高等法庭成员只有67人，占全体成员的一半，最后在判决书上签名者只有52人。判决书上对查理一世指定的罪状是：“暴君、叛徒、杀人犯和我国善良人民的公敌。”判决在1月30日执行，查理一世在白厅前被斩首2月，下院又通过了废除上院和王权的决议，这时英国事实上已成为共和国。
5月19日，议会的决议正式宣布：“英国的人民和所有隶属于它的领土和地区上的人民，都是并都将由此构成、缔造、建立和团结成为一个共和国和自由邦，都由这个民族的最高权力，即议会中的人民代表和他们所任命的为人民谋福利的官员所统治，而不需要任何国王和贵族院。”这样英吉利共和国就以法律形式正式确定了下来。另外，根据议会在2月所通过的决议，国家行政权交给了由41人组成的国务会议。国务会议的成员大部分是独立派领导人物，其中31人是来自议会的议员。实际上，行政权和立法权都处于以克伦威尔为首的独立派的手中了。
