清朝入关之后，入主紫禁城，不仅效仿汉族人的宗庙制度，而且直接继续使用明朝留下的太庙。所谓“宗庙”，就是用来祭祀祖先的地方，皇帝的宗庙就称为太庙，清朝入关，为了更好地巩固统治，所以直接享用了先朝的宗庙。虽然是使用了前朝的宗庙，但肯定不会供奉前朝的祖先，那么明朝的那些皇帝牌位到哪里去了呢？
历史上也有很多朝代直接使用先朝的太庙，在刘裕灭司马氏之前，历朝历代的皇帝为了收拢人心，都对前朝的皇室人员给予优待，以显示自己是继承正统的。到了南朝时期，刘裕给后世做了反面教材，从此，亡国之君往往不能够善终，但并不是所有的朝代都这么做，宋朝和金朝对前朝皇室还是比较优待的，比如金朝虽然是少数民族的政权，但是却很尊重前朝皇室，封辽天祚帝为豫王、宋徽宗为天水郡王、宋钦宗为天水郡公。
清军入关之后，打着为崇祯复仇的旗号，却将崇真的儿子赶尽杀绝，并没有像金朝一样对前朝优待。但是虽然清朝没有给予前朝优越的待遇，但是却也有所补偿。
清军入关本来就名不正言不顺，所以肯定不会将明朝太庙里的牌位全都粗暴的清理出去，但是他们自己来的时候就是抱着努尔哈赤和皇太极的皇位来的，总不能将自己先祖的牌位随便放置或者是和明朝的牌位放在一起，而为了稳定民心前朝的牌位又动不得，一时之间还有些苦恼。但是很快这件事就有了解决办法,这还要得益于朱元璋，朱元璋在明太庙的旁边建了一个历代帝王庙，祭祀历代著名的帝王。
于是顺治就把原来太庙里的明朝皇帝牌位全部移到了这个历代帝王庙里，这个帝王庙里放置的是历代有名气有作为的皇帝牌位，这个历代帝王庙里也没有空间能放下所有的牌位，所以顺治也并没有把明朝的皇帝全都放进去。朱元璋也只是放置了汉高祖、汉武帝、唐太宗、元世祖等十多个皇帝，满清接手之后又增加了金国、辽国、元朝等国的十多个皇帝，明朝的也是将朱元璋牌位的放置进去，《明季北略》：“六月甲申,迁故明太祖神主於历代帝王庙。”此时历代帝王庙的皇帝排位达到了三十多个。
当然，明朝其他皇帝的牌位也没有被随便处理掉，而是在后来的时期被逐渐地加入进去，明成祖朱元璋的牌位进入历代帝王庙也就意味着大明朝已经走入了历史，接下来是清朝的统治。到了康乾盛世时期，满清的国力达到了鼎盛，国泰民安，为了彰显家的富强，增进民族团结，证明自己是顺应天意，所以一直在不断地扩充历代帝王庙，增加历代皇帝的牌位，至此历代帝王庙里的皇帝排位多达160多位。
综上所述，清朝并没有将明朝的皇帝排位随便处理，而是妥善保管，在这件事上清朝做的确实不错，难怪能够使天下太平，拓展了国土，创造了盛世。
