1853年底，太平军为筹组北伐援军而放弃扬州之后，瓜洲一带仍由赖汉英等率兵一部驻守。由于这一带地势平坦，驻该处的太平军全恃木城、深壕，引水环绕防守，多次击退江北大营清军的进攻。
1854年秋，琦善病死于扬州军中，清廷以江宁将军托明阿继任钦差大臣，而以陈金绶、雷以諴帮办军务。清军为防止瓜洲太平军北进，西自仪征的新城，东至运河边的施家桥，筑长墙一道。后为了进攻瓜洲，又在长墙以南，从八里铺向东西两侧延伸，加筑土墙一道，绵亘四十余里。土墙筑成后，江北大营也前移至八里铺，并沿土墙修筑营盘和炮台各二十余座。
1856年4月2日，吉尔杭阿派人向江北大营通报了太平军将渡江北上的情报，但未引起托明阿等的重视。当晩，秦日纲、陈玉成、李秀成等率大军渡江，到达瓜洲。4月3日拂晓，太平军对土桥发起猛烈进攻，清军大败。秦日纲等督军乘胜猛进，连破虹桥、朴树湾等淸军营盘。敌人望风披靡，争相逃命，溃散大半，炮械旗帐尽弃，托明阿等逃奔三汊河。
太平军一鼓作气次日又大败三汊河之敌，连破敌营一百二十余座。清军余部千余人退守秦家楼、蒋王庙一带。托明阿仅带数十骑连夜逃往扬州东北的邵伯镇。5日，太平军乘扬州城防空虚，兵不血刃地再克扬州。至此，经营了三年之久的江北大营被太平军一举摧毁，万余清军作鸟兽散。
秦日纲等率军北攻扬州，主要目的在于征集粮食，以济镇江、瓜洲守军的急需。因此，在攻破江北大营并完成粮食征集任务后，为了回军天京进攻江南大营，随即率部南返，仅留少数兵力驻守扬州，致使这个江北米粮集聚要地。
又于4月17日被清军江南大营所派援兵及江北大营的败兵再占秦日纲等本欲率军自瓜洲南渡，因得悉据守仓头的周胜坤部被清军所败，由南岸返回天京之路已被切断，乃于4月14日率兵自扬州西进，前队于16日攻占浦口，准备由此渡江南返。
但就在当天，钦差大臣向荣派总兵张国梁率兵勇二千四百名由南岸栖霞附近之石埠桥渡江，配合北岸清军于4月22日攻陷浦口,27日又进占江浦，致使太平军由浦口南渡之路被阻。
秦日纲等只得于28日折而东返，经仪征至三汊河，并在此休整二十余天，于5月27日由瓜洲渡江，屯驻金山。于是，大江以北仍仅有瓜洲一地为太平军所据守。清廷因扬州之败，将托明阿等革职查办，任命副都统德兴阿为钦差大臣，统率江北诸军。
