宗教改革运动的核心是新教改革，这场运动使基督教世界内部产生了巨大的分裂，其持续影响力比11世纪的东西教会分裂有过之而无不及。新教改革的复杂性让人觉得哀痛，毕竟在新教运动中西方基督教世界是以暴力的方式进行分裂的。马丁·路德相信基督世界最终会因为罗马的“粗人和娼妓”（loutsandwhores）而瓦解破灭。
1520年5月，一名莱比锡的方济各会修士奥古斯丁·阿尔菲尔德（AugustinAlveld），用德文出版了一本小册子为“罗马教皇拥有神授之权统治基督教世界”这个传统的理论进行辩护。路德对此十分鄙视，称其为“莱比西的蠢货”。路德认为教皇和罗马的教士们已经把教会的权力变成了“穿朱红衣的巴比伦淫妇”，这个堪称基督教世界之敌的教皇是整个欧洲最大的灾难。
路德的2S理论
那时，路德对圣经和教会史的研究已经让他对何为神的真理，神的真理如何得到了证明有一种新的认识，而这种认识，在当时争议巨大。
路德的认识可以简称为2S，即“唯独之心”（sloafide）是路德反思的成果，“唯独圣经”（solascriptura）则是他的证明方式。即教皇的权威在起源上来自于人而非来自于神，而最终权威不属于教皇、大公会议或教会的神父——而是属于圣经。
这就是路德说的基督教理论——回归它的根源“基督福音”，说句直白点的就是一种极端原教旨主义。基督福音的“应许”存在于圣经，神在创世之初对人的应许，这种应许在《旧约》里被重新确立，在基督里得以实现。没有什么东西比这些出文字的应许更正确了——因为神是值得相信的。
分歧的理解
这种还原主义的质朴引发了太多的后果，包括与罗马教会无法弥合的决裂，以及新教中关于“应许”在多大程度上参照《圣经》的字面意思去理解路德言论的神学大分歧。那么路德笔下的“基督的国”（Christendom），可以与“教会”（Church）和“基督教共同体”（Christendom）互相换用么？虽然他们都指的是一个虚拟的事物，也就是当基督徒所说的“我们的国不属于这个世界”其意所指的是他们已经直接与圣徒相通。
就这一点而言，说基督的国存在于罗马或是存在于任何一个地方都是“丑恶的谎言”。真正的教会是否应该不具备外在的形式、没有圣衣、没有特殊的祈祷仪式、没有主教也没有教堂？
神圣的图景急剧缩小了。为了缓解内部的争论，路德提出，唯独信心可以在全体信徒中造就真正的牧师，唯独信心可以让基督教秩序降临在他们偶然栖身的这个世界。
被野心家所利用
路德极其成功的调动了各地区——尤其是德意志——长期以来对罗马教会的各种不满。如果罗马教会是基督教世界的毒瘤，那么已经是时候让人们站出来拔出这个腐烂的根源了。
基督徒们应该像看见孩子发疯的父母那样，或者像看到房子着火的邻居一样，拥有公共责任去敲响警钟、扑灭火焰并挽救基督教世界。国王诸侯和贵族尤其应当承担起这一责任（这是他们自己认为的），他们的任务是“阻止冒神之明的泄露与耻辱”。
路德的初衷是加固基督教世界，而不是摧毁它。但是事与愿违，路德的思想被广泛的传播并产生了各种独特的解释。这一切最终彻底的摧毁了基督教的权威与合法性的根基。这让原本团结一致的“信仰共同体”，从核心部分开始走向衰败。
究竟谁是秩序的维持者？
1520年的路德仍然坚定地认为没有人有资格被赋予普世的权威。所谓的真理就是——“所有的基督徒在基督教秩序里都是平等的，大家接受一样的洗礼、聆听一样的福音，拥有一样的信仰。正是这3点创造了一个“属灵的基督徒群体”（ospiritualandaChristionpeople）以基督徒的身份而言，平信徒与牧师没有什么不同，诸侯与百姓也没有区别，真理被简化到如此地步，以至于它引出的问题要比解决的问题还要多。
现实中，基督徒应该怎样组织自己？基督徒应该怎么做才能产生合适的牧师？牧师的职责又是什么？当牧师或统治者没有履行职责的时候，人们该怎么做？这种情况下统治者的角色又是什么？当君主或官员没有履行基督徒义务时，应由谁来节制或者对他们实行绝罚（因为没有人能被赋予普世权威，也就没有了作为地上代言人的罗马教廷，上帝的神迹与惩罚应该借何人之手来实施）？谁来宣布什么是真正的信仰？又由谁来确保信仰的统一？保卫基督教世界是谁的责任？
变质
在新教改革开启的神学分裂之下，神圣权力的性质和体现形出现重大转变并重新开始酝酿。最为重要的转变体现在教会与国家机构的关系上，路德等新教改革家表面上承认，基督教世界的国家权力与教会权力理论上是分离的。
但在现实中，宗教改革制造的压力改变了两者之间的关系，加强了两者间不稳定的摩擦。路德本希望维持教会与国家两套政治体（tworegimes）来保持平衡。但实际上，他的主张却反而扩大了国家的范围，从而削弱了教会的权力。权力的重新洗牌并不顺利。路德新教欧洲对何为基督教真理有了完全不同的看法。
在对路德思想的讨论中，出现了完全不同的理念：真理由上帝宣告，由圣经保证，由信条体现（所谓信条及众人同意的陈述）。由信条划分的“共同体”实现，由公共权力机构组织并监督人民的生活行为，人类参与上帝救赎、造物的过程，这种思想已经被泛化，上帝已经创造了一个自然的世界，在这个世界里，人类的罪就是人生的现实，最应当为管控和遏制，遏制由国家权力负责，国家权力是围绕着一种神学政治思想而构建起来的——国家权力以上帝权力为原型，两者同样全知全能，同样无法抗拒。
这些观点大部分并不是路德所提出的，而是在路德的影响之下所产生的（说着说着是被曲解的），信奉他们的就是欧洲大陆的一些国王以及东欧德意志一带的诸侯，这也为近代的欧洲带来了连绵不断的战火（毕竟绝大部分王国和公国仍然信奉天主教，他们热衷于对土耳其人的圣战，而新教从本质上反对后者，所以在天主教国家看来，尤其对于西班牙帝国来说，新教无异于叛徒）。
应对：罗马教会的复兴
路德的思想冲击了传统的天主教，不过罗马依然坚持自己是基督教世界预留部分的最高领袖。新教欧洲理所当然的拒绝了这样的主张，罗马教廷苦心耕耘拉丁欧洲腹地，这一努力终于在特伦托会议中形成了一套对新教体系的系统性反驳，并且使教会与西班牙哈布斯堡王朝紧紧结合为一体，并将天主教的神圣性与奥斯曼土耳其帝国的冲突紧密的联系起来。
但最重要的是，天主教的遗产借由新一轮宗教精神的复兴，重新把罗马教会与欧洲各地的信徒们联系了起来，正是新教的宣传所要斩断的。天主教的团结是以信条化的形式展现出来的，不过复兴后的天主教组织仍然是官僚制的教权团体，但是它已经变得更加的简朴与清廉了。
这些改变是由修道会的再度流行而催生的，这些修道会有些是新生事物：如耶稣会、加布谴会等。有的则是古老修士会的复兴：如方济修道会和多明我会等。他们都是疯狂的天主教徒，主张苦行禁欲。为了传教（或者说传播福音），可以不计代价甚至冒生命之危险。
在16世纪后期，这些修会严格自律的行为得到了意大利以及天主教国家从王室贵族到平民百姓的尊重。他们也激发了传统教会的活力。天主教会利用此去批判新教——他们可以批判新教神学上制造分裂，在权威问题上也无法达成一致。
由罗马而不是新教徒们所主导的传教
从根本上说，罗马教会的复兴有赖于一场关于教会统治集团与本土信仰共同体之间的大讨论，这一讨论的中心论点是：教会既要帮助人类与圣灵相通并获得救赎，又要设法除去那些被教会统治者视为迷信的毒瘤的异教仪式，铲除那些刚刚加入基督教的蛮夷们残留的异教崇拜和信仰。
后者成为天主教会庞大的传教事业的重心，在新兴海外殖民地的沃土上，天主教的传教活动和实际成效实际上是远远超过新教的。
综论
宗教改革虽然改变了欧洲的形态，但是在16世纪教会仍然履行着强大的公共职能。面对强大的奥斯曼帝国，只有教皇和信仰天主教的德意志诸邦、和哈布斯堡王室的西班牙大帝国拥有最高的号召力和实力来组织军队对其进行抗争，而且也正是他们保护了近代史初期脆弱的欧洲。
在高等教育领域包括巴黎大学、牛津大学等著名大学均需要教会的资助来培养各个领域的研究人员和特殊职业从业人员（此处尤以当时比较稀缺的医生为最）。
改革后的天主教热衷于对新大陆、非洲以及拉美、亚洲的传教活动，而新教徒们在这个问题上最初的态度是漠不关心。且经过改革后的天主教，越来越像下层民众靠拢，而新教则最终发展出了预定论、长老会等等一系列比中世纪异端裁判所还要残酷的体系。
宗教改革运动，并不是一无是处的，但也未必是光明正大的。
参考文献：
ReformationDivided：Catholics，ProtestantsandtheConversionofEngland.
CatholicreformationinprotestantBritain
康有为论马丁·路德
