清代畿辅水利以雍正时的规模最大，主持者为允祥和朱轼，实际计划出自陈仪。其主要内容是开引河，疏泉源，筑圩岸，开沟渠，建闸涵，开田种稻。总计雍正五年至七年营造水田六千余顷。宁夏灌区，以康熙、雍正、乾隆三朝修治的水渠最多。大的灌渠有大清渠、惠农渠、昌润渠等。新疆的农田水利始于康熙末年，大的灌渠有察布查尔渠、旗屯渠、哈什大渠等。重点治理的海塘是海宁塘。至康熙末年，共修成石塘四千多丈及土塘六千丈。康熙五十九年（1720）朱轼在海宁老盐仓首创鱼鳞大石塘五百丈。雍正、乾隆时，海宁石塘又增修六七千丈。
治黄
清代黄河基本维持明朝末年的河道，使黄淮并流入黄海。咸丰五年（1855），由于铜瓦厢决口，黄河才改道东北行，于山东利津附近流入渤海。由于黄河决口泛滥很频繁和严重，清代治河任务相当艰巨。在清代二百多年的治河斗争中，出现了一批治河专家和治河著作。如朱之锡、靳辅、陈潢、齐苏勒、嵇曾筠、高斌、白钟山、郭大昌等。
顺治十四年（57），任河道总督的朱之锡，曾提出河政十事，对河工夫役、料物、职守、建设柳园以及河工弊端等等，作了详细阐述。在实际工作中，连续堵塞了祥符、山阳、阳武、陈留等地的决口，对治河作出了贡献。康熙年间，靳辅、陈潢治河治运，经营十年，取得了相当好的成绩。他们修筑了河、运堤防，堵塞了大小决口，加固了高家堰堤防，导使大河回归故道，出现了十几年没有重大决口的比较安定的局面。
陈潢（37—88），字天一，号省斋，浙江钱塘（今浙江杭州市）人，为河道总督靳辅的幕客。他在《河防述言》（张霭生编纂）和《历代河防统纂》中，批判了强调“河性喜决”的错误观点，认为河患是可以防止的，提出治理河患要“亲身勘验”，“广咨博采”，并进一步发展了“束水攻沙”的理论。陈潢的“开引堵决法”和他主持的海口疏浚工程是他的理论的实施。如疏浚海口，要先在淤积的河道中挖开两条引河，并用挖出的泥土在河道两边筑堤，而引河自行入海暂不与原河口和海口接通。待河水大涨时，打开相连未通之处，利用汹涌的水势将引河冲刷开阔并趁势冲开海口，引河入海。为了实现他的治河理论，陈潢还发明了“测水法”，即根据水流的速度和河床的横断面，计算出水的流量。如以一立方丈的水为一“水方”量就可以确定各处河道是否需要开拓或紧缩以及具体的工程量。
这在水利工程学的发展上是一项有重大实际意义的创造。依据这些理论和具体工程做法，在康熙十六年到二十六年的十余年间，陈潢主持策划了塞决堵漏，挑河筑堤，建闸造坝等数以百计的大小工程，在治黄工程中作出了很大贡献。嘉庆年间民间治河专家郭大昌，精通埽坝工程，是一位受人尊敬的老河工。他敢于和当时侵吞治河经费的河官作斗争，并提出过不少很好的治河建议。按照他的建议治河，一度使黄、淮并力入海，缓和了黄河水情的紧张局势。
清代的一些治河专著，如靳辅《治河方略》，张霭生据陈潢《河防摘要》编纂的《河防述言》，陈潢《历代河防统纂》、康基田《河渠纪闻》，张伯行《居济一得》，王安一《安澜纪要》与《回澜纪要》等，至今仍有重要的参考价值。
