乾隆五十九年（1794）六月以后，清政府开始大规模镇压川、陕、鄂、甘、豫、皖六省的收元教和混元教。一时，大批教徒被捕，宋之清、齐林等主要教首惨遭杀害。刘松父子也在隆德被捕并供出与刘之协复兴混元教等情节。乾隆帝鉴于“此案邪教起自刘松，传于刘之协，盛于宋之清”，下令务将脱逃的刘之协“密速查拿，严加审鞫”。在逮捕“钦犯”刘之协和查拿教徒的声浪之中，各省地方官吏借端勒索，逐户搜缉，惟贿是求，“不论习教不习教，只论给钱不给钱，以致含恨之人与习教者表里勾结，借无可容身之名纷纷蠢动，起于襄阳，蔓延川陕”。
在这种十分严峻的形势下，齐林的重要弟子、“襄阳老教头”姚之富等人承担了恢复湖北地区收元教的组织及准备起义的重任。姚之富派人通知湖北、陕西一些地区的教徒：“来年（嘉庆元年）三月初十日是辰年辰月辰日，同教的人要收缘了，知会大家谋反，各造兵器。”一场大规模的反清的武装斗争来临了。
嘉庆元年（1796）正月初七日，湖北宜都、枝江交界的温泉窑一带爆发了张正谟、聂杰人等领导的反清斗争，揭开了这次大起义的序幕。
川楚陕农民大起义的斗争经过大致可以分为三个阶段。嘉庆元年（1796）正月至嘉庆三年（1798）三月，是第一阶段，主要是湖北起义军进行反清斗争。
张正谟等首先举起义旗后，湖北省境内许多地区，如襄阳、枝江、长阳、当阳、来凤、竹山、远安、保康等地都爆发了反清的武装起义。其中，襄阳地区：姚之富在他的家乡彭家疃附近的夹河洲（他的部队后称襄阳黄号），高均德在其家乡高家湾附近的三合镇分别起义响应，后来形成著名的襄阳起义军，并且成为川楚陕农民大起义的主力部队。
姚之富是襄阳黄号的领袖和骨干。他起义之后，为了表达对齐林的怀念与敬仰，推举齐林的妻子、“师娘”王聪儿做总教师，并称这支部队为齐家营。
嘉庆元年十月，四川达州爆发了徐天德、王登廷领导的起义，东乡（今宣汉）爆发了冷天禄、王三槐领导的起义，接着又发生了太平孙赐俸、龙绍周等人领导的起义。十一月，冯得仕等人在陕西安康、米溪领导人民起义。十二月，罗其清、苟文明、冉文俦、冉天元、鲜大川等人分别在四川的巴州、通江等地举起反清大旗。不到一年，川楚陕到处燃起斗争烽火，打得清军焦头烂额。
中国第一历史档案馆所藏张汉朝告示明确提出，“旗衣俱白”的起义军的政治口号是“兴汉灭满”，庄严宣告：“天下”属于“汉家”，清朝“气运既衰，天心不正”。
争取土地，也是这次起义农民的奋斗目标。白莲教在传教过程中，就宣传“教中人先纳税若干，将来按税授田”。起义之前，有些地区的白莲教首又作出了“事成之后，分给地亩”的允诺。可见白莲教起义包含有反清和反封建土地制度的要求。
襄阳起义军以钟祥为基地，筹集粮草，准备与清军决战。嘉庆帝此时已任命永保总统湖北军务，带领庆成、明亮等部兵马紧紧尾追。起义军在姚之富等指挥下，粉碎了永保的南北夹击的计划，八月底回到襄阳的双沟、王家楼一带。
嘉庆二年初，襄阳义军分三路北趋河南：“其北路则王廷诒焚叶县之保安驿，围官兵于裕州西路则李全由信阳转应山、随州，向确山，趋淅川，奔卢氏中路则姚之富、齐王氏出南阳，掠嵩县、山阳”接着，他们就由河南挺进到陕西境内，并于镇安胜利会师。
嘉庆二年五月，襄阳义军渡过汉水，又分成三路深入四川境内，于六月二十三日在东乡与四川起义军徐天德、王三槐等部会合。
东乡会师后，川楚起义军商定按地区进行统一编号：姚之富、王聪儿部称襄阳黄号，高均德、张天伦部称襄阳白号，张汉朝部称襄阳蓝号；徐天德部称达州青号，王三槐、冷天禄部称东乡白号，龙绍周部称太平黄号，罗其清部称巴州白号，冉文俦、冉天元部称通江蓝号。此外，还有林亮功部称云阳月蓝号，龚文玉部称奉节线号。
东乡会师的第二天，各路起义军即分散行动，各自为战。姚之富、王聪儿决定除李全一部留下，与四川起义军并肩作战外，其余全部撤回湖北。嘉庆二年六月二十四日，襄阳起义军从东乡一带出发经云阳、万县，在夔州（奉节）附近白帝城与清军激战。他们“直犯夔州”，夜袭清军，“围攻甚急”。之后，沿长江东下，兵分两路进军湖北。前路由王聪儿、姚之富率领，经巴东、兴山到保康、南漳一带；后路由王廷诒率领，经远安、当阳转到南漳与前路会师，在抢渡汉水不成后，只得再向陕西转移，经白河、洵阳到安康（即兴安）一带，不久又越过大巴山第二次进入四川省境内。那时候，襄阳黄号、襄阳白号、襄阳蓝号的各支队伍在四川境内会齐后即分成四军：王聪儿、姚之富等为一军，王廷诒、高均德等为一军，樊人杰、李全等为一军，张汉朝等为一军，“连营二十里，分队迭战，更番在前”，并在川陕两省边境的广元、宁羌一带往来流动，伺机打击清军。到嘉庆三年，他们又分成几股转战于陕西境内。三年二月，王聪儿、姚之富率领二万起义军由西乡、洋县渡过汉水，北上攻下眉县、周至，后决定折向陕东南，经山阳再入湖北时，被明亮、德楞泰及郧西县令孔继檊率领的乡勇包围在郧西县三岔河一带。三月五、六两日，双方展开了激战。襄阳黄号起义军浴血奋战，万余名战士阵亡，王聪儿、姚之富等十多人从茅山阎王匾上跳崖牺牲。
此后，襄阳黄号的余部由李全等人领导，继续坚持反清斗争。
王聪儿、姚之富的牺牲，标志着川楚陕农民大起义进入了第二个阶段，即从嘉庆三年四月至七年十二月，主要是四川起义军进行反清斗争。
四川起义军一般可分为两大支。一支由徐天德、冷天禄、王三槐领导，另一支由冉文俦、罗其清领导。
嘉庆三年七月，王三槐受勒保欺骗，被捕叛变。四川起义军在徐、冷、冉、罗等的领导下依然继续顽强战斗。
十月，起义军与清军在营山县展开了“太鹏寨战役”。嘉庆三年十二月，罗其清部战败，突围出走方山，被德楞泰捕获牺牲。他的部下鲜大川、苟文明等与冉文俦会合麻坝寨。四年正月，清军攻破其寨，冉文俦等壮烈牺牲，鲜大川、苟文明及文俦侄冉天元“率其余党窜营山、蓬州，与东乡贼合”。嘉庆四年正月，嘉庆帝特授勒保为经略大臣，节制川、楚、陕、甘、豫五省军务，七月，又以勒保经略半年而“弗蒇厥功”，以额勒登保代勒保为经略大臣。又因其不识汉字，不能治军书，遂任命老于用兵、资望较高的明亮为四川总督。不久，他得知明亮与陕西巡抚永保不和，恐其不足膺重任，又命工部尚书那彦成佩钦差大臣关防，率盛京、吉林兵士三千人赴陕监军。十月，嘉庆帝下令将明亮、永保二人逮京治罪，而命那彦成代治陕西军事，与此同时，又责令各督抚将帅务将本境之起义军歼灭，“是贼匪所至之地，皆有专办之人”。
十一月，冉天元率领的起义军由川北巴山老林向西挺进到苍溪境内，与紧迫不舍的额勒登保发生了激战。冉天元利用居高临下的有利地形，巧布埋伏，并集中全力猛攻额勒登保的中营，“血战竟夜”，杀死了清军的副将以下二十四名、兵士和乡勇二百多人。
嘉庆五年（1800）正月，冉天元联合了“东乡白号”张子聪、“达州青号”赵麻花等，计一万余人，在四川定远县的“石盘沱凫水过河（嘉陵江）抢获船只后，占据龙女寺渡口，连夜过渡”，直接威胁着四川重镇——成都、重庆。
北镇总兵朱射斗赶到川西镇压。正月十九日，朱射斗“至高院场，直入贼营。贼四集云合，围数十里。官兵力斗，连发大炮。贼伏地而进，炮击不中。危甚。旁有小寨，尚未树栅，射斗且斗且上。围益厚，知不济，力斗，刃数十人而死，兵勇几尽。脱者跳踯人丛，驰百余里始免，盖亦不一二焉”。
起义军在高院场战役中取得的胜利，打乱了清统治者的全盘战略部署，把四川起义军的反清斗争推向了一个新的高潮。
嘉庆五年二月，冉天元率领起义军经过剑州（今剑阁）、南部、盐亭等地进到江油县马蹄冈，三月与清军德楞泰、杨遇春等部激烈战斗。起义军战败，冉天元被俘后遇害。
起义军余部分成两支，一支过潼江与北上陕甘的起义军会合，一支留在川西坚持反清斗争。
马蹄冈大战，是川楚陕农民大起义中一次最为激烈的大战役，如统治者所说：“贼自起逆以来，以此战为最”，从此以后，起义军的力量逐渐削弱。总的趋势是：起义军“多分股数，牵缀官兵。兵至则四散潜藏，兵退则分投滋拢”。在清统治阶级制定的“剿贼之法，总系跟踪追剿”，各个击破的战术之下，起义军的主要领袖如王廷诒、冷天禄、徐天德、高均德、李全、张汉朝、樊人杰、苟文明、高二等相继被俘或者牺牲。到嘉庆七年底，起义军只剩下齐国典、苟朝九、王世贵等小股队伍，在南、巴老林中坚持反清斗争。川楚陕农民大起义进入了最后的阶段，即嘉庆八年正月至嘉庆十年五月，主要是分散在南、巴老林中的各小股起义军坚持斗争及部分哗变的乡勇反清。
嘉庆七年（1802）十二月，清朝经略大臣额勒登保、参赞大臣德楞泰以及川、楚、陕、甘等省的总督、巡抚向嘉庆帝奏报“川陕楚剿捕逆匪，大功戡定”，嘉庆也准备“以三省邪匪悉平，论功行赏”。就在清廷上下准备“共享升平之福”时，起义军余部却在南山、巴山老林中进行坚强不屈的斗争。他们或百余人为一起，或数十人为一起，“腾跳如猱，具悉官兵号令及老林径路，忽陕忽川，忽聚忽散，屡被围辄乘雾溜崖突窜，有中数矢犹力战者，分军遇之则不利，大队趋之则兔脱。仅余贼数百，而三省不得解严”。为了消灭出没于老林的小股起义军，嘉庆帝令清军悍将杨遇春“前赴南山一带，将各要隘及江防严密防御，紧顾北面，毋令零匪一名逸入。所有陕省南山隘口及江防，专交杨遇春堵御。其未尽零匪，专交德楞泰一手办竣，俾各专责成”。起义军尽管处于极端艰难困苦的境地，犹出其不意地打击清军，取得了一些战绩。如嘉庆八年（1803）四月，清经略大臣的左翼长、“每战辄冠军”的穆克登布被起义军杀死即是一例。
嘉庆八年四月，齐林家族的重要成员齐国典在战斗中“跳崖跌毙”，清廷认为“从前未获凶渠”，至此“实无一名漏网”，在大规模地“搜剿”老林之后，于七月宣布“彻底肃清”了起义军，并开始大量裁减乡勇。
由于乡勇也大多由破产贫困的农民、流民所组成，一被清政府解散，“得项较少”，“穷而无归，不免心生觖望”，纷纷投入了起义军的余部，并在其中占了很大比重。有以一二百人为一支的起义队伍，“陈贼只三四十人，其余皆系乡勇”。乡勇多是本地人，向随官兵行走，不惟道路险易皆所熟习，凡官兵进止情形无不尽悉，且有较为丰富的作战经验。他们利用奇袭、埋伏、化装为官兵等方法多次打败清军。但由于哗变的乡勇多是乌合之众，最后在清廷的收买、分化下瓦解。
嘉庆十年五月，在清军的残酷围剿之下，起义军的最后几个首领苟朝九、王世贵等相继壮烈牺牲。至此，一场轰轰烈烈的川楚陕农民大起义宣告结束了。
在“康乾盛世”末期爆发的、声势如此浩大的川楚陕农民大起义，在中国封建社会中是仅见的。正如魏源所指出的：“前代流寇皆发难末造，川壅必溃，未有蠢动于庞豫之余，劳师武如今日者。”这次大起义充分暴露了清统治阶级的弱点，沉重打击了他们的反动统治，成为清朝由盛而衰的转折点。
这次大起义虽然失败了，但是大大鼓舞了被压迫者反清的信心和斗志。
例如，距离白莲教大起义结束仅有八年的由林清、李文成领导的京畿和直鲁豫三省交界地区的天理教起义，就是在川楚陕农民大起义的鼓舞下爆发的，参加起义的人们将其称作“白莲教起手闹事”，“河南滑县白莲教造反”。嘉庆以后的反清起义，与白莲教有着直接或间接关系的也不在少数，充分说明这次起义对后世有着较大的影响。
