“三藩”是指镇守云南、贵州的平西王吴三桂、镇守广东的平南王尚之信（袭其父尚可喜封爵）和镇守福建的靖南王耿精忠（袭其父耿继茂所袭其祖父耿仲明封爵）三个藩王。这些藩王及其父、祖在镇压各族人民抗清斗争，围剿农民起义军和消灭南明小朝廷过程中，为清廷南征北战立下汗马功劳，受到清朝的晋封，令其镇守藩地。
由于“三藩”都身拥重兵，驻防地方之后，飞扬跋扈，俨然以土皇帝自居。他们割据一方，自作威福，并且互通声息，相互联络，因此，最终对清廷构成尾大不掉之患。
三个藩王中吴三桂势力最大。吴三桂为原锦州总兵吴襄之子。吴襄因罪下狱，吴三桂晋升总兵，驻防宁远。
崇祯十七年（44），明廷封其为平西伯。明末战乱之际，吴三桂有意避实就虚，保存实力。清廷多次遗书招降吴三桂，李自成农民军亦派人招吴三桂。吴三桂初取观望骑墙态度，不久降大顺军，后因农民军在北京“追赃助饷”，吴三桂决意降清，与清军联合，于山海关石河西大败农民军，有功于清廷，受封平西王。入关后，吴三桂随清军西下陕西，南进湖广，追剿李自成农民军。后清廷令其镇守汉中。
顺治八年（51）率清兵征四川。顺治十四年（57）受封平西大将军，率清兵自川入黔。顺治十六年（59）进驻云南。
顺治十八年（61）十二月，领兵进入缅甸，俘南明永历帝及其部属，回兵后奉命镇守云南、贵州，并被晋封为亲王。吴三桂自恃山海关引清军入关以及剿灭南明永历小朝廷功劳最大，因而最为跋扈。
自顺治十六年（59）吴三桂开始留镇云南，总管云南文武军民、兵马钱粮一切事务。并有权黜陟云南将吏，连总督、巡抚也“听王节制”，康熙元年（62）开始，又“兼辖贵州”，权力在藩王中是最大的。吴三桂并不以此为满足，他利用手中的权力，在云南地方肆意盘剥、鱼肉人民，不断扩充实力，“广征关市榷税、盐井、金矿、铜山之利”，并开山炼矿，自铸钱币。吴三桂占据了明永历帝朱由榔所居五华山故宫为藩王府，又籍没了明藩王黔国公沐氏的全部庄田为藩庄，还圈占了大量明代卫所的军田，形成“勋庄棋布”的局面。
此外，吴三桂还大肆圈占民地，“勒军民为余丁”，并放高利贷“诱人称贷，责重息”。吴三桂财政开销，户部不得查核。他借口“边疆未靖，兵力难减”，保持雄厚兵力。吴三桂拥有旗兵五十三佐领（一佐领二百甲，每甲五丁）；绿旗忠勇五营、义勇五营，计1.2万人。加上四镇援剿的兵力、云贵地方官所辖绿旗兵，总兵力达9万多人，他又拥有特权，“所辖文武将吏，选用自擅”，“并屡引京朝官，各省将吏，用以自佐”，时称“西选”，一时“西选之官几满天下”，因此吴三桂网罗了一批党羽，“水陆冲要，遍置私人，各省提镇，多其心腹。子为额驸，朝政纤悉，旦夕飞报”，“挟边防以自重”。
又借口与西藏茶马互市，“岁遣人至藏熬茶”，与西藏上层分子相联络。时贵州提督李本深、四川总兵吴之茂、陕西提督王辅臣都是他的心腹旧部，皆唯命于吴三桂。吴三桂依仗这些雄厚实力，无视朝廷，朝廷“稍示裁抑，仍不自责，辄生怨望”，构成对清皇朝的严重威胁。
尚之信之父尚可喜在广东，耿精忠之父耿继茂在福建，也称霸一方。尚可喜和耿精忠的祖父耿仲明均系辽东人，原皆为明朝镇守辽东的军事将领，降清时，曾得皇太极重礼相待，并分别授总兵官。
崇德元年（36）又封尚可喜为智顺王、耿仲明为怀顺王，并给予种种优遇。入关后，随清军西下陕西，后尚可喜随阿济格南进湖广，耿仲明随多铎南下江南，为剿灭李自成农民军和摧毁南明福王政权，立下汗马功劳。
顺治六年（40），清廷改封尚可喜为平南王，耿仲明为靖南王，年底，各率兵进广东，第二年便攻占了广州。耿仲明因隐匿逃人而畏罪自杀，其子耿继茂袭爵率兵。
顺治十六年（59）清廷命平南王尚可喜驻镇广东，靖南王耿继茂驻镇四川，第二年又改靖南王驻镇福建。尚可喜、耿继茂二藩在镇压郑成功领导的东南沿海人民的抗清斗争中曾起过重要作用。
尚可喜、耿继茂两藩王各拥旗兵十五佐领，加上所属绿旗兵各六七千人，兵力不下数万，力量稍逊于平西王吴三桂。尚、耿最初同驻广州一城，他们设“总店”搜括民财，“大自盐铁，小及鸡豚，城市乡村，列坐抽剥，有司莫能诘，百姓莫敢言”。后来，尚可喜在广东“私市私税”，每年所获银两不下数百万，“广东所有大市、小市之利，经藩下诸人霸占者无算”。此外，尚可喜还垄断对外贸易，大搞走私活动。他指使藩府参将沈上达，乘海禁之时，外国的商船不敢贸然前来，于是联结他人，私造大船，擅自出海贸易，所获非法收入，难以统汁，获利尽归尚藩。以是藩府之富，几甲天下。他们还巧取豪夺，肆意霸占民田，“占耕民田千百顷”。他们到处横征暴敛，又增立盐埠私课盐税，派藩兵开山伐木，取山林之利。两藩竞相斗富，为了兴建富丽堂皇的藩王府，滥征民力，搞得怨声载道。耿藩改镇福建后，更是横征盐课，勒索银米，无所不用其极。粤、闽人民深受藩害之苦。
“三藩”占据南方一线，拥有重兵，不仅不能成为清朝的藩篱，反而拥兵自重，侧目朝廷。而朝廷每年还得向“三藩”供应大量饷银，使得“天下财赋，半耗于三藩”。
这对清朝是一个沉重的负担。随着割据势力的日益膨胀，撤藩已势在必行。
康熙十二年（73）三月，平南王尚可喜因年老多病，愿归老辽东，疏请以其子尚之信袭爵继续镇守广东。康熙帝认准这是一个撤藩的好机缘，降旨称赞尚可喜“很知大体”，同时指出广东已“底定”，藩王坐镇已无必要，故不允尚可喜之子袭爵继续坐镇，而令其撤藩回辽。吴三桂自认为功高位重，也假意疏请撤藩，以试探朝廷态度。他以为“予疏即上，上必不敢调予，具疏所以释其疑也”。疏入朝廷，大臣中意见不一，争论不休，“言不可撤者甚多，言宜撤者甚少”。
康熙帝态度非常坚决，认为“三桂等蓄谋已久，不早除之，将养痈成患。今日撤亦反，不撤亦反，不若先发”。毅然允其所请，下令撤藩。随后，耿精忠也疏请撤藩，帝亦同样照准，令将三藩尽徙回山海关外。康熙帝裁撤三藩的决心，并非一日，“自少时以三藩势焰日炽，不可不撤”，亲政以后，曾以“三藩及河务、漕运为三大事，夙夜廑念”，作为警言，书而悬之于宫中柱上。
康熙帝认为，“三藩俱握兵柄，恐日久滋蔓，驯致不测，故决意撤回”。可见其撤藩的举措是经过长期深思熟虑的。三藩俱撤，击中了这些称霸一方的骄兵悍将的痛处，于是，吴三桂在康熙十二年十一月首先公开发难，起兵叛乱，自称“天下都招讨兵马大元帅”。他以复兴明室相号召，并发布《反清檄文》，伪称所谓明朝托孤皇三太子以“寄命”于他，把自己打扮成明朝的忠臣，妄图用谎言来赢得民心，获得支持。一时间，一些叛明降清的武将，一些督抚和提督、总兵等相率附和，以致“伪檄一传，四方响应”，“相率背叛”。
翌年三月，靖南王耿精忠在福建，康熙十五年（76）月，平南王尚可喜之子尚之信在广东相继响应吴三桂，公开叛变。其他一些与清廷有矛盾的汉籍将领，如广西的孙延龄（孔有德之婿）、王雄，四川的罗森、郑蛟麟、谭弘等，也先后归附吴三桂。耿精忠在勾结吴三桂后，曾联络了据守台湾的郑成功之子郑经，约为援军。郑经率军队窜犯闽、粤沿海，转入江西，以为策应。吴三桂等三个藩王发动的这场反对清皇朝统治的叛乱，史称“三藩之乱”。
吴三桂叛变后，叛军来势凶猛，猝不及防。吴军很快攻占了湖南的衡州、常德、岳州，前锋直达澧州。耿精忠叛变后，也很快进入江西、浙江。叛军在一年多时间里控制了大江以南的大部分地区，形势十分严重。
面对吴三桂的叛乱，年方二十岁的康熙帝果断刚毅，首先排除朝廷部分大臣缓撤的主张，下令削夺吴三桂的王爵，以示武力平定叛乱的决心，并处死在北京居住的吴三桂之子吴应熊、孙吴世霖，“以寒老贼之胆，以激励三军之心”。然后，发兵讨伐吴三桂。
康熙帝针对当时复杂的国内形势，进行平定叛军的作战部署，将清军分为两条战线。把自古即为兵家必争之地的湖北的荆州以及“水陆皆与楚闽接壤”的江西作为前线，以八旗劲旅固守，遏止叛军过江北上，将地控南北交通要道的山东衮州和地扼东西咽喉的山西太原作为后方两个支点，调重兵把守，控制南北和东西两条孔道，以策应前线。按照这一部署，仅两年时间，清军逐渐占据了优势。于军事征讨的同时，下诏训谕云、贵两省官员及军民“各宜安分自保，无所诱胁。即或误从贼党，但能悔过归诚，悉赦已往，不复究治。至尔等父兄子弟亲族人等，现在直隶各省出仕居住者，已有谕旨，俱令各安职业，并不株连，尔等勿怀疑虑。其有能擒斩吴三桂头献军前者，即以其爵爵之。有能诛缚其下渠魁，及以兵马城池归命自效者，论功从优叙录，朕不食言”。用以安定人心。于此同时，又对一些汉将实行笼络政策。为了稳定西线，对拥兵观望、叛服不定的陕西提督王辅臣着意笼络。王辅臣杀了朝廷派驻陕西的经略莫洛，这本是蔑视朝廷的大罪，但康熙帝不仅宽容，不治其罪，反而下诏自责，“则朕之知人未明”，“咎在朕躬，于尔何罪？”王辅臣终于在康熙十五年归附清廷。
康熙帝对甘肃提督张勇也加恩重用，使之忠于朝廷，以解除西北之患，使朝廷能集中兵力对付南方的叛军。康熙帝在吴三桂公开举起叛旗之后，为了集中兵力，剿灭吴三桂，曾下令停撤耿精忠、尚之信二藩。在处死吴三桂在京子孙时，耿精忠诸弟在京“照旧宽容”。耿精忠叛乱之初，康熙帝即派人传谕耿精忠“果能追念累朝恩德及伊父忠荩遗言，革心悔祸投诚自首，将侵犯内地海贼速剿图功，即行赦免前罪，视之如初”。给耿藩留有后路。在招抚的同时，加强军事攻势，清军迅速占据了浦城、建宁、延平等府县。
康熙十五年（76）十月四日，靖南王耿精忠在清军大兵压境，内部矛盾重重，“军饷馈乏，军士逃亡”的情况下，被迫率文武官员出降。帝命耿精忠“仍留靖南王爵，率伊所属官兵，随大兵（指清军）征剿海逆（指郑经），图之赎罪”。郑经力不能挡，也退返台湾，福建底定。广东的尚藩在吴三桂叛变后，平南王尚可喜仍效忠朝廷，为此，康熙帝晋封尚可喜为平南亲王。康熙十五年初，尚可喜卧病，尚之信代之理事，部将相继叛投吴三桂，于是尚之信亦附吴作乱，并受吴三桂招讨大将军伪职，后又封亲王。十月，尚可喜病逝，不久，福建耿精忠降清，尚之信知继续附吴已无出路，于是主动派人持密函请降。帝赦免其罪，并令其“相机剿贼，立功自效”。
康熙十六年（77）五月四日，在清军兵抵广东韶州时，尚之信率文武官员剃发“归正”，并派尚之瑛去韶州迎接清军，帝也令“著袭其父尚可喜平南亲王爵”。
这样，广东亦平定。从而剪除了吴三桂的侧翼，使吴军处于孤立无援的境地。
此外，由于入关后满洲八旗将领及旗兵长期养尊处优，逐渐削弱了战斗力，而西南地区又多山地，八旗骑兵发挥不了多大作用，因此康熙帝不得不借重绿营兵。清朝绿营兵均为汉人，由于清朝统治者实行民族压迫和民族歧视政策，绿营兵与八旗兵在地位和待遇等方面差距悬殊，即使是绿营兵的将领，亦在八旗将领的监督之下，因此，绿营兵官兵处处受到牵制。但绿营兵数量大，又以步兵为主，熟悉地方地形环境，宜于西南山地作战，因此康熙帝极力安抚绿营将领和汉兵，制定“绿旗官兵赏格”，破格提拔了一些绿营将领，以绿营为主力来围剿叛军。
清军在耿精忠、尚之信、王辅臣等先后归附朝廷以后，集中主要兵力围剿叛军元凶吴三桂。康熙十六年（77），吴三桂占领了湖南衡州，分兵犯广东乐昌、江西南安。康熙帝派屡立战功的穆占率清军进取衡州，以“遏贼后路”，和“宽缓”广东。穆占所率清军迅速攻占茶陵、仁安等许多地方。康熙十七年（78）初，清军先后又收复了湖南一部分地区。这样，清军就完全控制了叛军外围的广东、福建、江西、陕西等地。眼看大势已去，情急势绌的吴三桂迫不急待地于康熙十七年（78）三月，在湖南衡州即皇帝位，国号大周，建元昭武，企图以此稳定叛军，鼓舞士气。八月，吴三桂病死。
康熙十八年（79）四月，在“湖南悉皆平定，广西亦已纳款”，叛军据守滇黔一隅的形势下，康熙帝下令指出“当时倡叛，罪止吴三桂一人，所属人员均系胁从，情可矜恕”，对于投诚者，“皆赦其前罪，论功叙录，加恩安插”。这一政策，对叛军起到了迅速瓦解的作用。不久，叛军副总兵周嘉员即率文武官员61人，兵丁9340人，眷属6500余口向清廷投诚。
康熙十八年（79）底，勇略将军陕西提督赵良栋、奋威将军平凉提督王进宝收复关中、洛阳等地后，康熙帝即令其率领绿营入川，并令满洲八旗兵为后应，以接济粮饷，相互策应。由于各路大军协同作战，康熙十九年（80）正月即克定四川，随后即令赴良栋兼云贵总督率大军自四川入云、贵，另令湖广总督蔡毓荣、平南将军赉塔分别从湖南、广西进军云、贵，直捣平西王的老巢。康熙二十年初，清军攻下贵州，数路清军会师昆明城外。
在主要精力放在对付吴三桂的同时，康熙帝一直没有放松对尚之信、耿精忠二藩的防范。一旦吴三桂问题基本解决，他即着手解决尚之信、耿精忠对清廷的威胁。早在尚之信表示“归正”朝廷之后，就有人密告尚之信“心怀两端”。帝令尚之信率兵进取潮州、湖南，尚之信违命不行。永安危急时，先是坐视不救，后虽出师，但密令总兵官“顿兵不进”。尚之信“时而疏请出兵湖南，时而疏请出兵广西，及命下则一兵不发”。尚之信这些举动，康熙帝早有觉察，只是选择时机问题。此外，尚之信还“冒兵饷，擅杀无罪人”，并“在广东卖官虐民，抄家充饷，重敛横征”。康熙十九年（80）六月，康熙帝密令将尚之信逮至京师，八月即予赐死。同时，对其父尚可喜忠于朝廷，“不肯从逆”大加表彰，并允许将尚可喜尸骨及眷属家口一并搬往尚可喜的老家奉天海州。之后，又将尚之信藩下十五佐领官兵分入上三旗，仍驻防广东，另设将军、副都统管辖；三总兵标下兵丁，裁汰部分后，新设将军管辖。尚之孝、尚之隆免罪之后，家下所有壮丁分为五佐领，隶汉军镶黄旗下。这样，广东尚之信问题彻底解决了。
与此同时，康熙十九年（80）八月，借耿精忠自请入京晋见的机会，削夺了耿精忠的兵权，并交法司勘问，最后，于康熙二十一年（82）以逆党罪将其处死。
在吴三桂、尚之信、耿精忠三个藩王相继被解决以后，康熙帝为了安定南疆，防止藩王势力东山再起，又对三个藩王部属作了妥善处理和安置。藩属部队编制进行了整顿，福州、广州、荆州另派八旗兵驻防；对三个藩王属下财产，一律籍没充公；清除藩地弊政，由中央任命得力地方官进行整肃。这些措施的实施，基本解决了长期以来三个藩王统治地区与中央政令不一、积弊太多的问题。至此，“三藩”之乱彻底平息，撤藩目的基本达到。
“三藩”之乱前后为害八年，殃及云南、贵州、四川、广西、广东、江西、福建、湖南、陕西、甘肃等省，破坏国家统一，给人民带来战争灾难。清王朝平定“三藩”之乱，翦灭割据势力，维护了国家的统一，使西南地区免遭割据势力的戕害，是顺应我国多民族国家走向统一的历史趋势的。整个平叛战争康熙帝始终居中指挥，由于军事部署得当，且制定了正确的政策，使平叛战争最终取得了胜利。吴三桂等“三藩”的叛乱的失败是必然的。首先，吴三桂引清兵入关，残酷镇压农民起义和剿灭南明政权，穷追到缅甸，捕杀永历帝朱由榔等行径都不得人心；吴三桂等起兵叛乱的目的只是保持他们的藩王地位，裂土称王，满足其一己私利，因此，得不到其他政治势力的支持；叛军又缺乏严密的组织，指挥者多所失误等等。所有这些都说明吴三桂等的失败是不可避免的。
战争是以清朝的胜利和吴三桂等的“三藩”的失败而告终的。清朝倾其全力赢得了这场战争的胜利。康熙帝为巩固清朝的统治创建了殊勋，以后出现的“康乾盛世”正是建立在这块基石之上的。
