四大臣辅政时期，工于权术的鳌拜逐渐把权力集中到自己手中，把持了朝政。康熙六年（67），玄烨已经14岁。这一年三月，辅政大臣索尼等奏请玄烨亲政，六月，索尼病故。七月，得到了祖母孝庄太皇太后的允准，14岁的玄烨宣诏亲政，这就是著名的清圣祖康熙皇帝。
尽管玄烨已开始亲政，但鳌拜等仍行辅政。自从索尼去世后，“班行章奏，鳌拜皆首列”，手握权柄的鳌拜视年轻的皇帝为傀儡，不肯归政。当时鳌拜的政敌苏克萨哈已经锐气大减，认为帝既已亲政，为免鳌拜陷害，准备引退，于是上书奏请辞去辅政大臣，往守先帝寝陵，以使“如线余息，得以生存”。鳌拜先发制人，抓住机会，攻击苏克萨哈存蓄异心、欺藐幼主、不愿归政，列罪状二十四条，上奏皇帝，要求杀掉苏克萨哈。
玄烨深知鳌拜与苏克萨哈有仇，“以核议未当，不允所请”。于是一贯专横跋扈的鳌拜为扫除政敌，竟“攘臂上前，强奏累日”，立足未稳的皇帝被迫下令处绞苏克萨哈，鳌拜除掉了自己多年来的政敌、心腹之患。
索尼病死，苏克萨哈处绞，辅政四大臣剩下鳌拜和遏必隆了。遏必隆与鳌拜同为镶黄旗人，且懦弱无能，一贯附和鳌拜，不敢立异。鳌拜既清除了政敌，综揽朝政，权倾一时，更加专横。他网罗党羽，打击异己，“相好者荐拔之，不相好者陷害之”，与从弟穆里玛、大学士班布尔善、工部尚书济世、户部尚书玛尔赛结成死党，竟然“凡事在家议，然后施行”，以至于“红本已发科抄，辅政大臣鳌拜取回改批”，将部院启奏官员带往私门商酌。甚至在皇上面前，“办事不求当理，稍有拂意之处，即将部臣叱喝”，朝见皇上时，“乃施威震众，高声喝问”，完全不把年轻的皇帝放在眼中。据说他还图谋暗杀皇帝，托病不上朝，要帝亲自去探视，帝亲临其宅，床前问疾，御前侍卫发现其床席之下置刀。玄烨当即意识鳌拜有不轨之心，但一笑了之，说：“刀不离身，满洲故俗，不足异也。”
康熙帝对于鳌拜的行为早已痛恨，但自己刚亲政，还未有足够实力与之抗衡，于是积极积蓄力量，等待时机。首先，依靠长期侍卫他的亲信索额图和明珠，拉拢一部分朝臣。索额图为索尼之子，皇后的叔父，被提拔为吏部右侍郎；明珠是内务府总管，被提拔为刑部尚书、弘文院学士。此外，帝又从满族子弟中选拔一批侍卫，每日在殿前作布库游戏（摔跤），实际上是在训练武功，亦借此麻痹鳌拜。鳌拜以为皇上“童心好弄”，更不介意。
当时的满汉大臣中，除鳌拜死党和一部分阿谀逢迎附和者外，许多人对鳌拜的专横跋扈十分不满，寄希望于年轻的皇帝。康熙六年（67），内弘文院侍读熊赐履上书，列举弊政，并明确提出“内臣者，外臣之表也；京师者，四方之倡也；本原之地，亦在乎朝廷而已”，指责“急公喜事之人”， “但知趋目前尺寸之利，以便其私图”。矛头直指鳌拜。鳌拜欲加之罪，玄烨不允。第二年熊赐履再次上书，指出“朝政积习未祛，国计隐忧可虑”，是由于“人事因循所致”，再次隐劾鳌拜。熊赐履的奏书，代表了当时相当一部分敢怒不敢言的明哲保身朝臣的意见，促成了皇帝更加坚定清除鳌拜势力的决心。
康熙八年（69）五月，玄烨在有了一定准备之后，认准了时机，果断地采取了行动，在鳌拜单身入宫时，利用预先埋伏的布库侍卫，一举拿下鳌拜，并大索其党羽，从而结束了“鳌拜辅政”。
玄烨认为，“欺朕专权，恣意妄为”是鳌拜主要罪过。康亲王杰书等胪列鳌拜罪状三十条，其中与其结党擅权有关的二十三条，不敬太皇太后的二条，对册立皇后妒忌、私买奴仆的五条。朝臣均请置之重典。但皇帝顾及鳌拜系顾命大臣，效力年久，免于一死，“从宽革职，仍行拘禁”。其从弟穆里玛及党羽班布尔善等伏诛者九人。并给冤死的辅政大臣苏克萨哈昭雪，恢复其官爵，令其子承袭世职。被鳌拜无辜杀害的苏纳海、朱昌祚、王登联亦予昭雪，追赐谥号、祭葬。遏必隆免死，削去太师及后加公爵，令其宿卫内廷。
清除鳖拜集团，是玄烨亲政后的重大举措，对于后来康熙时期的社会发展，有一定的积极作用。
