清初，居住在我国西北方的蒙古族分为三大部，即漠南蒙古、漠北喀尔咯蒙古、漠西厄鲁特蒙古。漠南蒙古于清入关前，即已归服于清朝。漠北喀尔喀蒙古下分札萨克图、土谢图、车臣三部。漠西厄鲁特蒙古部，明朝初期称瓦剌，明末清初时称为厄鲁特，居住在巴尔喀什湖以东、以南一带。
厄鲁特蒙古又分为四大部：游牧于巴尔喀什湖以东、天山以北、伊犁河流域的称准噶尔部；游牧于乌鲁木齐附近地区的称和硕特部；游牧于额尔齐斯河沿岸的为杜尔伯特部；游牧于塔尔巴哈台附近地区的称土尔扈特部。明末崇祯初年，土尔扈特部因受准噶尔部的排挤和袭扰，其部5万余帐离开塔尔巴哈台原牧区，向西远徙到额济勒河（今伏尔加河）流域游牧。之后，和硕特部也因为与准噶尔部发生冲突，离开乌鲁木齐地区原牧地，向东南移牧青海一带。而杜尔伯特部尽管也受到准噶尔部的控制，但因其与准噶尔部是同族关系，所以仍然共牧于阿尔泰地区。
清初，漠西厄鲁特蒙古各部也先后遣使来贡，所以，清朝政府认为“厄鲁特、喀尔喀向来归化，职贡有年”。但是，噶尔丹夺得准噶尔部的统治权后，不断地扩张其势力，攻掠邻部，跃居四部总汗，严重威胁漠北喀尔喀蒙古和西北地区。
噶尔丹如此有恃无恐，与沙皇俄国的怂恿和支持，密切相关。从康熙十三年到康熙二十二年（74—83）间，噶尔丹几乎每年都派人与沙皇俄国相勾结，并“企图同俄国订立军事同盟和求得俄国给予‘军队和枪炮’的援助”。噶尔丹出兵喀尔喀蒙古时，正是喀尔喀蒙古土谢图汗率领蒙古军民抗击沙俄侵略者并包围了沙俄军队于色楞格斯城堡内的关键时刻。结果由于噶尔丹从西面向喀尔喀部发动进攻，使其腹背受敌，迫使土谢图汗只得撤退包围沙俄侵略者的军队，噶尔丹替沙俄侵略者解了围。
从噶尔丹军队大兵压境之际，土谢图汗便率领喀尔喀蒙古军进行了坚决的抵抗。在鄂罗会诺尔，双方“鏖战三日”，但终因寡不敌众，遭到失败。沙俄侵略者趁机引诱喀尔喀蒙古投降沙俄。在这关键时刻，喀尔喀蒙古宗教首领哲布尊巴丹，拒绝沙俄的诱降，毅然率领喀尔喀三部蒙古军民数十万人南下内徙。由于喀尔喀蒙古系“尽弃部落牲畜而来，虽少有所携，难以自存”，康熙皇帝派专使尚书阿喇尼等前往探望，并下令开归化城、张家口、独石口、喜峰口、古北口、杀虎口等处粮仓，赈济喀尔喀三部蒙古，妥善安插他们在内蒙古北部“水草俱佳”的科尔沁牧区居住放牧。
康熙二十九年（90）五月，玄烨得知“噶尔丹将借兵鄂罗斯（俄罗斯）”，立即传谕在北京的俄国使臣吉里古里、伊法尼齐：“噶尔丹迫于内乱，食尽无归，内向行劫，今仍扬言会汝兵同侵喀尔喀，喀尔喀已归顺本朝，倘误信其言，是负信誓而开兵端也”。既揭露了噶尔丹勾结沙俄的无耻行经，又警告了沙皇俄国。但噶尔丹仍一意孤行，遂于康熙二十九年六月，率军两万，以追击喀尔喀蒙古为名，大举南犯，深入漠南蒙古乌珠穆沁一带。由于理藩院尚书阿喇尼等“违命轻战”，以至清军初战失利，噶尔丹军队得以乘势渡过西拉木伦河，深入到距北京仅700里的乌兰布通（今内蒙昭乌达盟克什克腾旗南境）。
对于噶尔丹与喀尔喀蒙古的矛盾。康熙皇帝曾竭尽全力进行调解，但噶尔丹仍然在沙俄的怂恿和支持下，大举进攻。为了巩固北部边疆，康熙皇帝三次亲自出征，组织和指挥清军平定噶尔丹，最后迫使势穷力蹙、走投无路的噶尔丹于康熙三十六年（97）三月十三日“饮药自尽”。其属下300余户携带噶尔丹尸骸及其女儿钟齐海前来投降清朝。
逐准安藏
康熙三十六年（97），噶尔丹死后，清廷因策妄阿拉布坦助剿其叔噶尔丹有功，承认策妄阿拉布坦为准噶尔汗，统治阿尔泰山以西地方。但策妄阿拉布坦对清廷“貌恭顺，怀不靖志”，又逐渐走噶尔丹的老路。康熙三十八年（99），策妄阿拉布坦率兵占据了哈萨克草原南部，并乘土尔扈特部内讧之机，吞并了前往雅梅什湖一带游牧的土尔特部首领阿玉奇儿子散札克所属一万五千余户人口，还切断土尔扈特与清廷的联系，截留土尔扈特部前往清廷的使者，抢夺贡物，断绝贡道。此外，策妄阿拉布坦又出兵攻打南疆回城喀什噶尔，用武力控制南疆回部六城。总之，在不长时间，策妄阿拉布坦的军事力量已经控制了整个天山南北，并将其扩张的矛头指向西藏。
康熙五十五年（17），策妄阿拉布坦开始入侵西藏，十一月，派策另敦多卜率领六千精兵启程，为了掩人耳目，防止清廷和西藏方面发觉，他选择了一条人迹罕至的道路，军队“涉险冒瘴，昼伏夜行”，于康熙五十六年（1717）七月到达藏北纳克产地区，然后经腾格里海直趋达木。管理西藏事务的拉藏汗对于准噶尔军的突然到来毫无准备，仓促招募军队迎战。到当年十月底，准噶尔军队攻占了拉萨，将拉萨古城洗劫一空，举世闻名的布达拉宫也遭到严重破坏。他们杀死了拉藏汗，组织了一个听命于准噶尔的傀儡政权。他们对于西藏各教派的广大人民进行前所未有的残酷迫害。
西藏的拉藏汗政权是得到清廷承认的，拉藏汗也是由清廷委任而管理西藏事务的，所以清廷对于西藏事务十分关注。由于西藏地处西部边陲，路途遥远，信息传递很慢，所以清廷未能及时得到准噶尔军入藏的准确消息。康熙五十六年七月，将军富宁安首先向清廷报告了准兵入藏的实情，请求朝廷“速发救兵”。康熙帝为了安定西藏，遣军进击，驱逐了准兵，使西藏地区得到安宁。
