善于多种经营和发展商品经济是各地城乡回民经济的特点，其中“马贩、屠宰”又是回民主要的普遍的经营行业，这又是一大特点。以回民聚居的西宁府为例，这里“回回皆拥资为商贾以及马贩、屠宰之类”，“经营手艺多出回民”。“马贩、屠宰”，涉及项目繁多的系列行业，“马贩”，包括畜牧业，养马（驴、骡、驼）、贩马；包括运输业，长途、短途的贩运（马帮、驼帮、大车、脚户等）。不仅西宁和西北这样，内地、云南也这样。“内地回民多以买马为生”，有的地方志讲到回民“多畜驴之家，以赶脚为业”，或者“车夫、骡夫，半多回民”。云南不少地方回民也是“资生每仗骡马利”，或者“皆以赶马、贩油盐米炭为业”。“屠宰”，也涉及畜牧业，饲养和贩卖牛羊、屠宰牛羊和贩卖牛羊肉（发展到鸡鸭禽类）。
饮食业（各类清真食品）、乳品业；制革业（各类牛羊皮衣、皮货、马鞍、缰绳、车具等）。毛织业（绒、褐、毡、毯之类）；制皂、制烛业（牛油为原料）、牛骨业，等等。各地城乡回民以屠宰和织绒褐、制皮货为业者极为普遍。宁夏回民就多以屠牛为业，东北、内地也大体这样。
除了马贩、屠宰之外、制香、制药、珠宝、玉石等也是回族经营的传统行业。盐、茶等大宗商品贸易中，回族商人也占有相当势力，以茶叶来说，当时有东柜、西柜两大茶叶贸易集团，东柜是山西茶商，西柜全是陕甘回族茶商，在对蒙、藏地区和新疆地区的贸易交往中，回民作出了积极贡献。西北的金砂、云南的铜矿、银矿，也都有回回矿丁从事开采和冶炼，动辄万人，出现了不少采冶有术的矿师和家财巨万的矿主。
清代前期继续闭关锁国，而回族商人却在沿边地区积极开展同邻国的贸易，从东北、外蒙、新疆到云南，回族商人在不同地区以不同的资源和商品同邻国交易，不仅自身致富，也促进了中外经济交流。在东北黑龙江一带，贩牛者多是山东回民，他们出入俄境，以菜牛向俄商换取金砂，双方都可获大利。在外蒙恰克图，雍正初正式开市，作为中俄贸易场所，中方由山西商人独占，外省籍商人不能涉足，只有一家西宁回民在恰克图贩卖大黄，“俄罗斯最为信服，他商贩此，弗能售也”。在云南，回族商人同缅甸、泰国等邻国的贸易交往更为频繁，主要经营玉石、宝石、棉花等项，缅棉由腾越贩运至弥渡获利甚大。在缅甸、泰国不少城市还有一批云南回族座商。
回族商人在各地城乡之间、地区之间，特别是内地同边疆之间以及同邻国之间的贸易交往中，作出了历史性的贡献。回族商业资本的活跃在封建社会后期起着破坏自然经济的积极作用。大宗商品的长途贩运和大规模的矿产采冶，成为资本主义生产关系的重要的历史前提。然而根深蒂固的维护封建经济的重农抑商政策和长时期的闭关锁国政策，加之各级封建官府的腐朽无能和对回族的歧视、压迫，使得回民正常的贸易经营受到极大的禁锢，并屡遭摧残。道、咸以后，随着各种矛盾的激化，西北、云南城乡回民竟面临着一场空前浩劫的命运。
文化在文化专制主义和民族同化政策严酷统治的环境中，清代回族文化上的成就不甚显著。回族固有的伊斯兰文化同中国传统文化经过元明数百年的接触和较量，到清初有了进一步的结合，在不同地区这种结合又表现出不同的特点。
在内地特别是东南沿海回民较少的地区，读书、科举，从而接受以儒学为标志的中国传统文化的现象在回民中较为普遍。清嘉庆十三年（1808）续修的泉州回族《郭氏族谱》，把这种现象叫做“回而兼儒”，并以包括李卓吾在内的元明以来的回族学者为例，说明“回而兼儒”有两种情况，一是“或回而兼吾儒之道”，即回族人兼习儒学；一是“或从儒而存乎回之教”，是指以儒为主但还没有完全丢掉回回的民族意识。这说明中国传统文化的影响在这些地区的回回中愈来愈占上风，而伊斯兰文化的影响则明显地趋于淡薄。
明清以来，这些地区还出现了不少回族科举世家，如福建福州萨氏、泉州丁氏、郭氏、李氏，云南保山闪氏、元江马氏等等。清代回族在文学艺术上较有成就的一批人也都成长在这一地区，如浙江仁和（今属杭州）丁澎，原是泉州丁姓回回后裔，是清初著名诗人，与弟弟景鸿、荣皆有诗名，号称“三丁”。江苏溧阳马世俊，书画都有名，著有《匡庵集》。著名画家改琦，江苏华亭回回，擅长于人物画特别是画仕女，形象生动逼真，色彩鲜艳雅致，又擅词，颇受推崇，著有《玉壶山房集》。河南固始回族学者蒋湘南，著述丰富，有《七经楼文钞》、《春晖阁集》及《全陕通志》等七部志书，对农田、兵法、钱谷、宗教、禁烟等都有论述。在云南，有昆明人孙鹏，著《少华集》、《锦川集》、《松韶集》；大理人沙琛，著《点苍山人诗钞》。在西北回民聚居地区，伊斯兰文化在回民中的影响要浓郁深厚得多，“其习教护群之念，则牢不可破”。文学艺术上却甚少名家。在民间，至少在清代，正是回民聚居的河州地区成为别具色香的民歌“花儿”的故乡，回族人民为培灌这支极富魅力的艺术花朵倾注了汗水和智慧。西北回族在民间剪纸、刺绣、雕刻等艺术方面，包括清真食品制作方面，也都有创造和颇具特色。由于经商等原因，河州回民去西藏者颇多，其中有民间艺人乾隆年间在拉萨结合藏族民歌音调，创造出一种称作“囊玛”的民间歌舞艺术。经专家考证，“囊玛”一词系由阿拉伯语“纳赫玛”演变而来，意为“歌曲”。“囊玛”可以说是以藏族民间音乐为基础，吸收了汉、回民族音乐文化而形成的一朵奇葩。
在西北，回民也有读书习文者，但并不普遍。封建官府出于“用夏变夷”的考虑，特意在回民聚居的城乡设立一些回民义学、回民社学，用以“化导”回民。比如兰州，雍正初年就在南梢门设养正义学，乾隆五十年即在镇压了苏四十三、田五起义之后，将“南梢门义学改为回民义学，又添置海家滩回民义学，仍五处，每岁馆师修金在兰州道署支发”。甘肃狄道州回民当时曾被誉为“素称知礼”，也“知教子读书”。在陕西渭南，嘉庆时在回民聚居的“仓渡兰家、仓渡马家、乜家滩、马家滩、双井禹家、七岔口李家、铁李家、乔店马家、杜化镇、舍家寨，共设义学十处，专为化导回民”。在咸宁县（今属西安）渭水之滨有九个村子的沙河回民，也是“设条教，立义塾，涵濡既久，蒸蒸乎响化焉”。但是像这样教子读书、涵濡响化的并不是多数。当时在回族中曾广为流传着“多读书即远教之由”和“官到二品即反教”等说法，对于回而兼儒和疏远教门的现象流露出担心，乾隆时西宁府回民就是“多习回经而不读书”，这在西北回民当中，特别是在广大农村和边远山区则是普遍存在的现象。“不读书”是对清廷“化导回民”的民族同化政策的抵制，而这种消极抵制势必助长回民群众的长时期愚昧落后，“多习回经”又势必要求助于宗教教育，从而进一步加强了伊斯兰文化对回民的影响。
明末清初在陕西、河南、山东、云南等地回民中开始兴办经堂教育，也称寺院教育，是指清真寺内由阿訇招收学生传习伊斯兰教功课，培养宗教人材的一种教育。
与经堂教育兴办的同时，明末清初以南京、苏州为中心开展了伊斯兰教经典的汉文译著活动，这是回族宗教学者为了适应中国的环境和维护伊斯兰教的地位而从事的一项有系统的意识形态工作。陆续问世的汉文译著主要有：王岱舆的《正教真诠》、《清真大学》、《希真正答》，张中的《归真总义》、《四篇要道》，刘智的《天方典礼》、《天方性理》、《天方至圣实录年谱》，金天柱的《清真释疑》，还有云南，先是马注的《清真指南》、后是马复初的一批译著。译著活动中，回族宗教学者对儒家思想采取了求同存异，力求调和的态度。
明末清初在回民聚居的甘肃河州、狄道一带出现一种称做“门宦”的伊斯兰教派别形式，这是国外伊斯兰教的神秘主义与我国西北回族地区封建经济相结合而形成的一种封建特权制度。门宦是沿袭“道门”、“宦门”而言，标明宗教头人的高门世家。原来城乡回民十几户、几十户或几百户围寺而居，形成教坊，教坊既是宗教组织，又是回族社会的基层。随着经济发展，清真寺和教长的天课收入相应增加，在天课转化为土地、地租的过程中，原来的教坊范围被突破，教长由聘请变成世袭，教长也渐渐成了地主教长，甚至大地主教长。
明末到清代，西北回族地区先后形成大小门宦三十多个，在基本信仰上并无不同，只是在教规和宗教仪式上标新立异，争立门户。有的门宦、教派主要受国外阿拉伯地区神秘主义思潮影响，信奉宗教奇迹，崇拜教主，教主被认为是真主在人间的代表；有的门宦、教派又受国内儒家，乃至佛、道诸家的影响，实行出家、修道、坐静等项功课。
门宦的形成往往伴随着各不同门宦、教派之间的对立甚至流血斗争，不仅严重影响回族内部的团结，便于清统治者的分化、利用和屠杀，甚至教派斗争有时会伤害当地汉族劳动人民的利益，给西北地区的民族关系带来不利影响。
