农业生产的好坏，直接影响着清朝的统治。所以清入关以后即把发展农业生产提到重要位置。而农业生产的发展和可耕地面积的多少有着直接的联系。为了使得大量荒芜的土地得到开垦和耕种，从顺治年间开始即鼓励垦荒耕种，而康熙、雍正、乾隆时期，则成为清前期垦荒高潮时期。大量荒地的垦种，使得清代的社会经济出现一个腾飞时期，康熙、雍正、乾隆三朝之为“盛世”，农业经济的发展为其奠定了雄厚的基础。
由于明末清初长期的战乱，大量荒芜的土地无人耕种。于是顺治年间竭力鼓励农民垦荒耕种，并颁布了劝惩条例，以垦荒的多寡作为考核和奖惩官吏的标准。但由于科差太急，招徕无资，考成太宽等原因，致使垦荒成效不大。康熙年间，十分重视垦荒。玄烨根据御史徐旭龄的“新荒者三年起科，积荒者五年起科，极荒者永不起科”的建议，调整了起科年限。一些地区的新垦荒地起科年限放宽至六年，甚至十年。起科年限的放宽，调动了广大劳动人民垦荒耕种的积极性。同时，又制定招民开垦，酌量叙用的奖励办法，“准贡监生员民人垦地自二十顷至百顷以上者，试其文艺通否，酌量以知县、县丞、百总武职等官用”。
对于自然条件极差而荒地甚多的地区，如四川，康熙二十九年（90）明确规定“凡流寓愿垦荒居住者，将地亩永给为业”。为了进一步鼓励垦荒，康熙二十二年（83），又允许河南“将义社仓积谷借与垦荒之民，免其息”。康熙三十二年（93），令陕西布政使给与西安等处复业流民“每户给牛一头并犁具、谷种、雇觅人工之资”，鼓励其垦荒耕种。康熙五十三年（1714），将甘肃境内无人耕种荒地，拨与无地耕种之人，“并动库银资给牛种”。由于清廷采取了鼓励措施，大批无地和少地的农民纷纷前往各地垦荒耕种，“湖广民人往四川开垦”，“山东民人到口外种地”⑤，已形成一股潮流。
康熙一朝垦荒面积是整个有清一代最多的。据《清实录》和康熙、雍正《大清会典》记载，顺治十八年（61）时全国耕地面积为549万余顷，康熙二十四年（85）为607万余顷，雍正二年（1724）增至723万余顷。自康熙二十四年至雍正二年（85—1724），其间不到40年，耕地面积骤增100万余顷，这是一个惊人的数字，反映出康熙朝鼓励垦荒的效果是十分显著的。
雍正年间继续推行垦荒政策。
雍正元年（1723）清廷继续放宽起科年限，开垦水田六年起科，开垦旱田十年起科。雍正帝下令“凡有可垦之处，听民自垦自报，官吏不得勒索、阻挠”，并“劝谕开垦无力者，官仍给牛种，起科之后给印照永为世业”。对于边远地区采取特殊政策。为鼓励陕西无业民人去宁夏垦荒，清廷给予路费，每户按百亩永为世业。四川苗民聚居区荒地较多，入川民人给水田30亩或早田50亩，若有子弟及兄弟之子成丁者，每丁另给水田15亩、旱田25亩。
经过顺治、康熙、雍正三朝的垦辟，较易开垦的荒地已经开垦耕种，乾隆时期鼓励农民进一步开垦边省和内地的山头地角及河滨溪畔，“但可以开垦者，悉听民人垦种，并严禁豪强争夺”。
乾隆十一年（1746）对于广东所属高、雷、廉三府及琼州等地土地贫瘠地区，特许“荒地听该地民人垦种，概免升科，永为世业”。云南地区山多水少，水陆可耕之地大都已经开垦，自乾隆三十一年（1766）规定：山头地角在三亩以上者，开垦后比照旱田十年起科，水滨河尾在二亩以上者，开垦后比照水田六年起科，起科标准按照最低档（下则）征收。至于山地三亩以下，水地二亩以下永免升科。广西、贵州等地山多田少地区基本上都执行这一政策。这些政策和措施使得大批零星土地得到开发，就全国范围来说，增加了大量的耕地面积，对发展农业生产是起了重要作用的。
除鼓励垦荒，增加耕地面积，调整土地占有关系而外，康熙八年（1769）又下达了停止圈地令，并宣布将所圈占土地退回原主，“比年以来，复将民间房地，圈给旗下，以致民生失业，衣食无资，流离困苦，深为可悯，嗣后永行停止，其今年所圈房地，悉令还给民间”。
总之，无论是鼓励垦荒，还是废止圈地令，以及更名田，都在一定程度上改变了清代前期土地占有关系的原有状况，提高了农民从事生产的积极性。
兴修水利
水利是农业生产的命脉，直接关系着农业生产的发展。康熙帝亲政以后“以三藩及河务、漕运为三大事，夙夜廑念，曾书而悬之柱上”，即把“河务”当作巩固清朝统治的重大政治任务，雍正、乾隆两朝在康熙朝兴修水利的基础上，进一步巩固水利工程，取得了明显的效果。
清初黄河、淮河经年失修，运河堵塞不畅，不断地造成洪涝灾害，既影响农业生产的发展，又影响漕运的畅通。当时由于黄河下游淤塞不通，黄河水漫流南下夺淮河河道入海，黄淮合流，水势凶猛，堤决沙沉，造成安徽北部、江苏北部地区连年遭受洪涝灾害。特别是苏北的高邮、宝应、兴化、泰州、江都、山阳（今淮安）、安东（今涟水）、盐城、淮阴、宿迁等州县，由于地势低洼，每逢夏秋季节，洪水下泄，河道不畅，以至洪涝频繁。康熙十六年（77）黄淮两岸堤坝决口几十处，苏北低洼地区的州县一片汪洋。人民的生命财产受到威胁，影响了封建统治的稳定。
康熙帝意识到“黄河溃决关系运道民生”，必须尽快兴修。“水利一兴，田苗不忧旱涝，岁必有秋，其利无穷”，于是康熙十六年命靳辅为河道总督，督修黄、淮和运河。靳辅延请水利专家陈潢，精心勘察、尽心筹谋，采取了一系列有效的治河措施。他们选择黄河、淮河、运河交叉的苏北淮阴一带作为治河重点。先后在江都修筑漕堤，在高邮设置滚水坝，在山阳、邵伯建减水坝，疏浚淤塞的河道，使黄水复归黄河故道（今江苏淮阴地区境内），暂时缓和了黄淮泛滥成灾的危势。为了使运河能够漕运畅通，又于运河沿岸修筑长堤，深挑清水潭一带运河河道。又借开引河疏导黄水的机会，在北岸开辟一条180里长的“中河”，上接张家运口，并骆马湖之清水，下经桃源、清河、山阳、安东而达于海。从此，漕运船只出清口，因经黄河只20里，然后转入中河，这样避免了180里黄河地段的风涛之险，而能安全地到达通州（京师）。
康熙帝曾派人查看中河的功用，得到的回报是：中河内商贾船行不绝。在靳辅和陈潢的督修之下，“水归故道，漕运无阻”，水患初步解除，长期受水涝灾害困扰的苏北低洼地区的山阳、宝应、高邮、江都四州县“河西潴水诸河，向之万顷汪洋茫无涯际者，自今逐渐涸出”。水洼变成了良田，使下河地区连年大熟。除苏北地区外，靳辅又在河南考城、仪封、封丘、荥阳一带筑堤修岸，亦收到一定成效。
靳辅和陈潢治河功绩显著，但由于坚持在涸出的土地上实行屯田和取田价，以此抵补治河工费，从而触动涸区乡绅地主的利益，堵塞了他们抢占涸区土地为己有的道路，于是“怨谤乃起”。代表这些人利益的朝中官僚显宦皆群起而攻之。康熙帝尽管也认为靳辅和陈潢治河有功，但在涸区屯田上与靳辅意见不一，于是，康熙二十七年（88）靳辅被免职，尽管四年以后再次起用，但不久即病死。陈潢亦同时以“屯田扰民”的莫须有罪名被拘捕入京，不久忧愤而病死。
继靳辅之后，王新命、于成龙、张鹏翤相继任河道总督，在康熙帝的亲自督促下，基本上遵循靳辅和陈潢的治河方略，亦有一定成效，先后采取加高控制洪泽湖的高堰大堤，提高洪泽湖水位，使其力能敌黄，使黄水不致倒灌运河以及挑浚淮扬七州县所属下河，疏导积水入海等办法，进一步控制了苏北的水患。雍正时期，又于骆马湖东岸筑拦河滚坝及拦水坝，加筑高邮、宝应、江都运河东西两岸的大堤，进一步巩固了康熙时期的治河成果。
黄河、淮河、运河经过长期精心治理，基本上消除了黄河中下游各省多年的水患威胁，为江淮地区农业生产的发展创造了条件。疏通运河使南北水路交通和漕运得以畅行。促进了当时社会经济的发展。
此外，康熙时期还进行了治理永定河工程。雍正、乾隆时期主要修筑江浙沿海的海塘。永定河原名浑河，向有“小黄河”之称，由于上游水挟带大量泥沙，使河道淤塞，流向无定致下游常遭水灾，特别自芦沟桥以下“迁徙非常”，常与畿南诸水汇合，泛滥成灾，危害直隶中部和东部地区。康熙年间，自良乡起，挑修了一条长200余里的新河道，导水入海。自此浑河得以安定，易名永定河。
雍正、乾隆时期修筑江浙沿海的海塘，是继治理黄河以后又一项大规模的水利工程。江浙一带海塘的塘堤，明末清初由于海潮不断冲刷，经常缺口，海水灌入塘内，影响“鱼米之乡”江浙一带农业生产的发展。江浙的苏，松、杭、嘉、湖、常、镇七郡收成直接影响着清皇朝的财政收入，所以，清朝统治者不得不重视对海塘的整治，康熙后期，由于潮水北转，导致浙江海宁的塘堤的海潮陡发，塌陷数千丈，海水入灌，直接威胁嘉兴、松江等州县，清廷集中人力修筑了海宁石塘。雍正时期开始对江浙沿海的海塘普遍进行整修。
雍正二年（1724）的风灾，冲决了塘堤、海宁、海盐、会稽等九县，俱遭灾害，海水淹没农田，冲走室庐。清廷在海宁、海盐、余姚、会稽、上虞等地沿海修筑石塘，个别水势稍缓之处。尽管修筑土塘，但于塘外密钉排桩，以防冲溃。至雍正八年（1730）浙江沿海海塘大体整修完毕。塘堤修复之后，保证塘内免受灾害，使“近海州县不知有水患者二十余年”。乾隆年间，又建仁和、海宁鱼鳞石塘，并将海宁老盐仓柴塘全部改筑石塘。至乾隆末年，杭州湾南岸，萧山、会稽、上虞、余姚等县石塘相互连接，杭州湾北岸，西起钱塘县的狮子口，向东经仁和、海宁、海盐而与江苏的松江相连，长数百里皆为石塘。江浙海塘的整修，特别是土塘改石塘，使江浙沿海免遭海潮的威胁，确保了清朝东南财赋的来源，为东南地区社会经济的进一步发展创造了条件。
