藏族与清朝的联系，在清入关前即已开始。
皇太极在崇德四年（39）派专人致书于“图白忒汗”和“掌佛法大喇嘛”，提出延请高僧到满洲地区传播佛教的要求。当时西藏正处于动乱中，达赖五世也恰于此时派遣伊拉古克三朝清，至崇德七年（42）始到达盛京，受到皇太极破格优待。在伊拉古克三返藏前，皇太极分别写信给藏巴汗、固始汗、达赖喇嘛和萨迦、噶举等派的领袖，委托他转交。伊拉古克三返藏后才得知，藏巴汗崇信黄教的蒙古和硕特部已被消灭，固始汗已统一了藏族地区，建立起新的地方政权。伊拉古克三又立即前往盛京通报情况。
顺治元年（44）初，清朝再次派人随伊拉古克三入藏，迎请达赖喇嘛，后又多次敦请达赖五世来京。直到顺治九年（52）正月，达赖五世才在蒙藏扈从三千余人的护送下动身，长途跋涉万余里，历时近一年，于当年十二月到达北京。为迎接达赖五世，顺治帝专门为他在安定门外建造了黄寺，由户部拨九万两白银作为供养。顺治帝临朝时，为达赖五世设专座，位居群臣之上。达赖五世在北京只住了两个多月，就以不服水土为由，要求返藏。顺治帝对他厚予赏赐，并命和硕承泽亲王硕塞送他到代噶（今内蒙古凉城）。达赖五世到达代噶后，并未立即动身返藏。两个月后，顺治帝派礼部尚书，理藩院侍郎等高级官员携金册、金印到代噶册封达赖五世为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，印文为满、汉、藏三体文字。从此时起，达赖喇嘛的名号正式由中央政权确定下来。
在册封达赖五世的同年，顺治帝还派专人入藏，册封固始汗为“遵行文义敏慧固始汗”。在给固始汗的封文中，顺治帝要他“作朕屏辅，辑乃封圻”，即做好皇帝的助手，治理好他所管辖的藏族地区。在清朝看来，达赖五世和固始汗分别是藏族地区政教两方面的领袖。达赖五世是宗教领袖，掌管蒙藏地区的佛教，固始汗则是管理藏族地区的蒙古族汗王。
达赖五世得到清朝的册封后，声望日隆。固始汗在受封的第二年（54）病故，其长子达颜汗继承了汗位，主持西藏政务。当时清朝入关不久，南明政权尚在进行反抗，清廷只能与达赖喇嘛保持较松弛的册封关系，假手和硕特部固始汗子孙以治理西藏。
蒙、藏贵族之争
康熙十八年（79），达赖五世任命桑结嘉错担任第巴。当时其已年逾六十，对桑结嘉错又极为宠信，诸事多放手让他自行处理。
康熙二十一年，达赖五世圆寂。他在世时，一直受到清朝和固始汗的敬重。固始汗的子孙慑于他的威望，虽想独揽大权，但不敢有所动作。达赖五世圆寂后，给固始汗之孙达赖汗专权提供了机会。此时，桑结嘉错任第巴仅三年，羽翼尚未丰满。为了在与达赖汗的权力之争中处于有利地位，桑结嘉错秘不发丧，伪称达赖五世入定，凡事仍假借**的名义进行。同时，积极派人联系伊犁地区的蒙古准噶尔部，希望借助于准噶尔部噶尔丹汗的军事力量，驱逐和硕特部的势力出卫藏地区。
康熙三十二年（93），桑结嘉错以达赖五世的名义为自己讨封。康熙帝考虑到这是达赖五世的请求，次年，封桑结嘉措为“掌瓦赤喇怛喇达赖喇嘛教弘宣佛法王”，赐金印。明确规定他的职责仍在宗教方面，并不影响达赖汗的职权。
康熙三十五年（96），清军在外蒙古克鲁伦河特勒尔济地方大败噶尔丹军。从俘虏口中，康熙帝得知达赖五世已圆寂多年，匿丧不报，跋扈擅权，暗中挑唆噶尔丹与清朝为敌等等，皆桑结嘉错一人所为，康熙帝当即写信严厉责问桑结嘉错，要他从速奏明达赖五世圆寂始末，交出帮助噶尔丹的济咙呼图克图，否则要与他兵戎相见。
桑结嘉错接到康熙帝的谕旨后，诚惶诚恐地向康熙帝奏报达赖五世早已圆寂，其转世仓央嘉措已十五岁，恳请康熙帝允许仓央嘉措作为达赖六世正式坐床，对匿丧的原因，作了一些辩解，答应将济咙呼图克图解送北京。康熙帝因为刚刚征服噶尔丹，桑结嘉错既已认过，也只得承认既成事实，准许达赖六世坐床。
达赖六世•仓央嘉措于康熙三十六年（97）十月在布达拉宫坐床，拜班禅五世•罗桑意希为师。在桑结嘉错与达赖汗的权力角逐中，达赖六世处境尴尬，不过是一个宗教上的傀儡，在桑结嘉错匿丧期间，他一直生活在民间。青少年时期的世俗生活，加上后来的政治境遇，使他成了一名浪漫主义的诗人。坐床时，他已十五岁。他不愿过受人摆布的生活，也不恪守宗教的清规戒律。这些，都成了以后拉藏汗废黜他的借口。仓央嘉措创作的诗歌脍炙人口，在藏族文学史上有一定的地位。但是在这场蒙藏统治阶级之间的斗争中，他却成了牺牲品。
康熙四十年（1701），达赖汗卒，两年后，其子拉藏汗即汗位。拉藏汗怀疑其父是桑结嘉错加害致死的，与桑结嘉错的关系日趋恶化。康熙四十四年（1705），双方终于爆发了一场战争。拉藏汗召集他的蒙古军队，擒杀桑结嘉错，并且立即将事件经过奏报康熙帝，同时，建议废黜桑结嘉错所立的达赖六世。康熙帝对桑结嘉错匿达赖五世之丧十五年之久，又积极怂恿噶尔《清圣祖实录》卷3，页7。
丹兴兵作乱，深为不满，认为他的被杀实属罪有应得，遂立即派专人于康熙四十五年底动身赴西藏，封拉藏汗为“翊法恭顺汗”，下令废黜仓央嘉措。同年，达赖六世在解送北京途中，死在青海湖附近。
康熙四十八年（1709），清廷派侍郎赫寿入藏，协同拉藏汗办理西藏事务。这是清朝入关六十多年后，首次派出驻藏办事官员。随后，清廷又于五十二年册封班禅五世•罗桑意希为“班禅额尔德尼”。这是班禅活佛转世系统受到中央政权正式册封的开端，班禅的地位从此被正式确定了下来。仓央嘉措被废黜后，拉藏汗另立意希嘉措为达赖六世，并于康熙四十九年得到清朝的批准。但是他新立的**却得不到绝大多数西藏僧俗人民的认可，甚至同为固始汗子孙的和硕特部在青海的诸领袖人物也不予承认。
康熙五十四年，西藏三大寺的上层喇嘛与青海和硕特部王公在里塘（今四川理塘）寻获仓央嘉措的转世灵童，即后来的达赖七世•格桑嘉措。一个仓央嘉措被废，却出了两个达赖喇嘛。双方的拥立者彼此争执不下，康熙帝一时亦觉棘手，先是令里塘的灵童到青海的红山寺居住，后来又转移到塔尔寺，在那里把他保护起来。
此时，西藏的形势更加动荡。三大寺的僧人和藏族群众对以拉藏汗为首的蒙古和硕特部的统治十分不满，原来桑结嘉错的部属中有的人投奔到准噶尔部汗策妄阿拉布坦处。
策妄阿拉布坦是噶尔丹之侄。噶尔丹兴兵与清朝为敌时，他即自立为准噶尔汗，表面上维持着与清朝的臣属关系。到十八世纪初，他的势力强大起来，企图吞并和硕特部，取代其在西藏的统治，进而挟持达赖喇嘛，以控制信奉黄教的蒙古诸部。拉藏汗擒杀桑结嘉错，西藏因达赖喇嘛的废立，人心浮动，形势不稳，正好为实现他的野心提供了机会。
准噶尔军袭扰西藏策妄阿拉布坦用了几年的时间进行侵藏的准备。他先与拉藏汗结成儿女亲家（1714年），使拉藏汗疏于防范。在此前后，策妄阿拉布坦派人入藏，与三大寺僧人联系，利用拉藏汗所立的意希嘉措得不到广大西藏僧俗人民的公认，大肆宣传拉藏汗破坏黄教，煽动反抗和硕特部统治的情绪。
康熙五十五年（17），策妄阿拉布坦首先派出一支三百人的队伍偷袭塔尔寺，企图挟持受到蒙藏人民公认的达赖七世•格桑嘉措随准噶尔军进藏。同年年底，派其堂弟策零敦多布率六千人自和阗（今新疆和田）经阿里地区向藏北进发。当这支军队经过阿里时，被阿里地方官康济鼐发现，当即向拉藏汗报告。但拉藏汗毫无思想准备，及至他率军赶到达木，与准军遭遇后，当即被准军打败。此时，拉藏汗一面派人奏报康熙帝，一面派他手下的一名军官颇罗鼐从速动员卫藏民兵，由拉萨赶往达木。拉藏汗统率的蒙藏联军在达木坚持了两个月，终于支持不住，败退到拉萨。
策零敦多布攻占达木后，稍事休整，于康熙五十六年（1717）十月率军抵达拉萨郊外，受到三大寺僧人的欢迎。接着，准噶尔军开始攻城。因为城内有人接应，拉萨城很快失陷。准噶尔军进城后，洗劫拉萨市民的财物，就是曾经帮助过他们的人也不能幸免。藏族人民此时方知准噶尔军入藏，并不是为了“振兴黄教”。
拉藏汗在准噶尔军入城后固守布达拉宫。十一月初，他率一随从突围，被准军擒杀。他所立的达赖喇嘛意希嘉措被准军废黜，囚禁在布达拉宫对面的药王山上。
直到康熙五十七年初，拉藏汗次子苏尔扎之妻在被准军解往伊犁的途中逃到青海的柴达木，向清朝官员作了报告之后，康熙帝才了解到这次准噶尔部侵藏的详情。他立即决定派军入藏，驱逐准噶尔军队。同年七月，命额伦特、色楞自青海率军七千入藏。但由于两人轻敌，在藏北那曲被策零敦多布的军队包围，坚持月余后，终因给养断绝而全军覆没。
消息传来，朝廷上下震惊。诸王大臣以藏地险远，主张罢兵。康熙帝力排众议，坚持二次用兵。此次进军西藏，事先作了周密的部署，兵分两路，分别自青海、四川出发。四川一路，由噶尔弼、岳钟琪率领；青海一路，由延信率领，而以康熙帝第十四子允禵为抚远大将军，坐镇西宁。两路兵力大约有两万人。康熙帝还令北路军于进军同时，护送格桑嘉措入藏。行前，正式册封格桑嘉措为“弘法觉众第六世达赖喇嘛”。
策零敦多布以主要兵力抵抗北路进藏的清军。康熙五十九年八月，延信率军在达木一带与准噶尔军相遇，准军在大败以后逃回伊犁。噶尔弼等率南路军，未遇大的抵抗，于八月先抵拉萨。九月初，北路军统帅延信偕同达赖喇嘛•格桑嘉措也到达拉萨。藏族人民三年来受尽准军的蹂躏，对清军的到来表示了热烈的拥护和欢迎。在清军进藏过程中，各地藏族人民纷纷起义抗击准军，其中阿里的康济鼐、后藏的颇罗鼐、工布的阿尔布巴是几支较大的力量。在清军进军沿途的藏族人民，更是积极踊跃地为清军向导、运输，作出了巨大的努力。
清军驱逐准噶尔军，进入拉萨后，在布达拉宫举行了格桑嘉措的坐床典礼。如前所述，清朝封格桑嘉措为达赖六世，但藏族人民一直认为他是达赖六世•仓央嘉措的转世，是第七世达赖达赖。后来，清朝虽未作公开改正，但在事实上默认了格桑嘉措是达赖七世。
康熙六十年（1721）春，清朝决定改革西藏的行政体制，委任数名噶伦共同处理政务。“噶伦”意为“发布命令的官员”，当时清朝任命抗击准军有功的康济鼐、阿尔布巴、隆布鼐等人为噶伦，后来在雍正元年（1723），又增加了颇罗鼐和代表黄教寺院集团的扎尔鼐为噶伦。从此，清朝不再在西藏册封蒙古和硕特部汗王掌政，第巴一职也被废除了。
阿尔布巴事件雍正元年（1723），清朝升任后藏的颇罗鼐和达赖七世的强佐扎尔鼐为噶伦，噶伦增至五人。但是，这五名噶伦间早有矛盾，康济鼐、颇罗鼐同属后藏贵族，又曾联合起义抗击准军，结成一派，阿尔布巴、隆布鼐是前藏人，贵族地位也较高，再加上达赖喇嘛系统的扎尔鼐，结成另一派。新坐床的达赖七世之父索南达杰，也与阿尔布巴等人串通一气。两派之间的斗争日趋激烈。
当时清朝派驻西藏的官员鄂齐了解到这些情况后，曾向雍正帝建议，罢免隆布鼐和扎尔鼎的噶伦职务，除掉阿尔布巴的党羽，然后由皇帝降旨，要达赖七世、康济鼐、阿尔布巴和衷共济，协同办事。为此，清廷于雍正五年初，派出僧格、马腊两人入藏察看，但他们还未到达西藏，阿尔布巴等人就先发制人，于六月发动了政变，杀康济鼐，又发兵往后藏攻打颇罗鼐。颇罗鼐一面集合后藏、阿里的军队，抗击阿尔布巴，一面奏报雍正帝。次年五月，颇罗鼐率后藏军队攻入拉萨，擒阿尔布巴等人，但是他没有对阿尔布巴等人擅作处治，而是请清朝派官入藏决断是非曲直。当时僧格、马腊两人已抵西藏，清朝又派吏部尚书查郎阿入藏。雍正六年（1728）八月，查郎阿会同僧格、马腊审讯阿尔布巴、隆布鼐、扎尔鼐三人，以叛逆罪将他们处死。
阿尔布巴事件纯属西藏贵族之间的一场争权夺利斗争。事后，雍正帝决心进一步加强对西藏的治理。鉴于设几名噶伦共同办事已经出现的弊端，而颇罗鼐在担任噶伦及处理后藏事务期间，已经充分显示了他的才干，在平定阿尔布巴变乱时，又表现了对清朝的忠心耿耿，雍正帝遂令颇罗鼐一人总理西藏事务。雍正七年，又晋封他为贝子。
阿尔布巴事件前，清朝虽已派遣官员驻藏，但未形成定制。雍正六年，清朝正式在西藏设立了“驻藏办事大臣衙门”，派遣驻藏办事大臣。首任大臣即僧格和马腊。
清朝还决定，将康区东部的巴塘、里塘等地划归四川管辖，将康区南部的中甸、维西、阿墩子（今云南德钦）等地划归云南管辖，又将日喀则以西直到阿里地区赏给班禅管辖。但班禅坚辞不受，后来在驻藏大臣的说服下，才勉强接受了对拉孜、昂仁、彭错林等三个宗的管辖权。
从雍正六年到乾隆十二年（1728～1747），西藏事务由颇罗鼐一人主持。在此期间，西藏社会相对安定，没有发生大的动乱，人民得到了较长时期的《清世宗实录》卷76，页14。
休养生息的机会，社会生产也得到了发展。雍正九年，清朝加封颇罗鼐为贝勒、多罗贝勒，乾隆四年（1740）又加封他为郡王。在清代西藏，颇罗鼐的封爵是最高的。
平定珠尔默特颇罗鼐有二子。乾隆十一年（1746），清帝令颇罗鼐指定一子日后承袭他的封爵。他的长子车布登当时率兵驻防阿里地区，次子珠尔默特那木札勒，精明强干，深得乃父宠爱。颇罗鼐请求由其次子袭封。次年，颇罗鼐病故，清廷即令珠尔默特袭郡王爵。
珠尔默特袭封后，政治野心逐渐暴露。他为了擅权专政，与达赖七世之间的矛盾日益加剧。但珠尔默特知道，达赖七世是清朝册封的，他与达赖七世不和，不会得到清朝的支持，驻藏大臣会把他的动向随时奏报乾隆帝。因此，他对清朝设置驻藏大臣也表示不满。驻藏大臣纪山曾奏告乾隆帝，请将车布登调回拉萨，同珠尔默特协同办事，以分其权。不料事机泄露，乾隆十四年（1749）底，珠尔默特派人将其兄车布登暗害。乾隆帝斥责纪山办事不妥，派傅清、拉布敦为驻藏大臣。其时，珠尔默特正在各处调兵，并与准噶尔部勾结，图谋叛乱。于是傅清、拉布敦立即奏报乾隆帝，请求相机将珠尔默特翦除。
乾隆帝考虑到当时清朝在西藏驻兵不多，谕令傅清、拉布敦谨慎从事。
但形势急转直下，珠尔默特甚至下令阻断驿站的文书往来。傅清、拉布敦决定先发制人。乾隆十五年十月十三日，两人诱杀珠尔默特，但他们亦被珠尔默特的党羽杀害。
事变发生后，达赖七世迅速将杀害驻藏大臣的凶手擒获，平息了这场动乱，同时奏闻清廷。一月后，乾隆帝派出四川总督策楞、提督岳钟琪领兵入藏处理善后，对傅清、拉布敦当机立断的做法给以肯定，还在拉萨为他们立了“双忠祠”。
