清入关以前，于崇德四年（39）曾派专使入藏联系。崇德七年（42），西藏各教派首领派遣伊拉古克三等专使到盛京朝贡。同年，和硕特蒙古顾实汗杀藏巴汗，尊五世达赖喇嘛罗桑嘉错为宗教领袖，控制了西藏地方的权力，后又于顺治二年（45），赠四世班禅罗桑却吉坚赞以“班禅博克多”的尊号，以分割五世达赖喇嘛的权力，巩固其在西藏的统治地位。
清入关定都北京以后，清廷进一步加强与西藏的联系。
顺治八年（53），顺治皇帝派恰噶喇嘛、嘉饶喇嘛入藏，问候达赖和班禅，并邀请五世达赖喇嘛到北京会晤。顺治九年（54），顺治帝在太和殿设宴为达赖洗尘。翌年，五世达赖喇嘛返藏，顺治帝又在南苑设宴为之饯行，册封五世达赖喇嘛为“西天大善自在佛所领天下释教普遍瓦赤喇恒喇达赖喇嘛”，册封顾实汗为“遵行文义敏慧顾实汗”。明确了五世达赖喇嘛的宗教领袖地位和承认顾实汗对西藏地方的统治。
准噶尔部的侵扰，结束了长期以来清廷依靠和硕特蒙古统治西藏的局面，清廷开始着手重新组建西藏地方政权。采取噶伦共同掌政制度，即由清廷委任五人为噶伦（开始时四人），其中一人为首席噶伦，一总西藏地方政务。乾隆十五年（1750），清廷下令废藏王，建立噶厦（发令机关），于驻藏大臣和达赖喇嘛之下，设四噶伦（三俗一僧）分理政务。四噶伦地位平等，互不统属。自此，达赖喇嘛由西藏地方的宗教领袖转而成为政治领袖。
这样，西藏的噶厦即成“政教合一”的地方政权，隶属于清帝。
与此同时，提高驻藏大臣的地位和扩大驻藏大臣的职权。
乾隆五十六年（1791），又发生了廓尔喀人（尼泊尔的一个民族）入侵西藏事件。廓尔喀为了达到扩张其势力的目的，借口边境税收纠纷，大举入侵，掠夺后藏，残杀藏民。八世达赖喇嘛和七世班禅报请清廷发兵。乾隆帝即派大将军福康安率领由满、汉、蒙、藏等各民族人组成的军队一万七千人入藏，在藏族人民的支援下，乾隆五十七年（1792）五月，即将廓尔喀人全部逐出西藏，迫使廓尔喀“军前乞降”，永不再犯。
廓尔喀军能很快深入后藏地区，充分暴露西藏噶厦地方政权的弱点和弊端，官吏贪污舞弊，兵备废弛，若不改弦更张，西藏政局就不能安定。乾隆帝命福康安等会同西藏各方人士，筹议西藏善后章程。经过先后多次会奏，最后经清帝批准，于乾隆五十八年（1793）正式颁布《钦定藏内善后章程》。《章程》第一条首先明确规定：“驻藏大臣督办藏内事务。”地位与达赖喇嘛、班禅平等，噶伦以下官员尽为驻藏大臣属员，事无大小，均应禀告驻藏大臣办理。特别是清廷接受了以往为达赖喇嘛呼毕勒罕（化身）纷争不已的教训，创设了“金瓶掣签”制度，即在达赖喇嘛的化身出世之后，将西藏各地报出的呼毕勒罕，由驻藏大臣将姓名、出生年月日，用满、汉、藏文缮写在牙签上，投入“金奔巴”（即金瓶）瓶中，然后由驻藏大臣亲自用象牙筷子从中取出一根，以此认定继承达赖喇嘛的灵童，然后在驻藏大臣主持下举行坐床典礼。
由此，明确规定了达赖喇嘛和班禅转世，必须由驻藏大臣亲临并履行“金瓶掣签”手续。此外，又规定西藏地方上起噶伦下至营官的所有大小官员，一律由驻藏大臣会同达赖喇嘛拣选，分别奏补拣放。并对官位的品级、铨选亦作了详细规定。
驻藏大臣对于西藏的3000名藏军，负有督察、校阅等责任，藏军的大小军官均由驻藏大臣会同达赖喇嘛拣放，经过考验，有权升擢和斥革。另外派绿旗兵一千名驻藏。驻藏大臣每年春伙两季定期巡边，并派人沿边设鄂博（用石块堆砌以作定界）。
西藏的外交大权一律集中于驻藏大臣。达赖喇嘛和班禅与邻国的来往书信，必须交驻藏大臣阅视，回信必须由驻藏大臣代为酌定，邻国侨商入藏，必须持有驻藏大臣颁发的执照。
此外，驻藏大臣对西藏的宗教事务、司法案件，均有管理和核定之权。
对于西藏的财政亦有“稽查总核”之权。总之，驻藏大臣作为清朝中央政府的代表，在西藏地方行使全面的统治权力。《章程》还规定，西藏地方的赋税和财政收入，一律归西藏地方支用。驻藏军队的费用及西藏地方主要官吏的俸禄一律由中央政府支出。在西藏地方设铸钱局铸造银币，统一货币的成色和折算比价。对内对外贸易，统一税收标准，设卡查验。
《章程》进一步以文字的形式肯定了西藏地方与清朝中央政府早就开始的隶属关系，具有法律条文的性质。《章程》的制定，对于进一步加强清朝中央政府对西藏的统治，对于稳定西藏的政局，以及维护多民族国家的统一，都有很大的积极意义。
