“维吾尔”这一族名，是维吾尔族的自称，一般认为是“联合”或“协助”的意思。在汉文史籍中，对“维吾尔”这一族名有多种写法，清代写为“回部”、“回民”、“缠回”、“回子”、“回人”等。
清初，在维吾尔族聚居的南疆地区，由蒙古人后裔建立的叶尔羌汗国继续统治了三十多年。在这期间，哈密、吐鲁番曾向清政府朝贡，归附清。顺治十二年（55），叶尔羌汗国的最高统治者阿布都喇汗恢复了与清的关系。康熙十七年（78），叶尔羌汗国被准噶尔汗国（蒙古人建立）噶尔丹率领的十二万骑兵所征服，从此，维吾尔地区与清的关系也随之中断。
准噶尔贵族对维吾尔族的统治是十分残酷的。他们委任维吾尔族的大封建主作为自己的代理人，使他们“总理回地各城”、“为准噶尔办理回务”。将维吾尔族人民作为“阿拉巴图”（奴仆），岁纳赋税，任意驱使。他们每年向维吾尔族征收大量的贡赋，其种类繁多，皆有定额。如对叶尔羌一地，每年缴纳贡赋十万“腾格”（一“腾格”值银一两）。这是将维吾尔族人民应缴纳的白米、米、棉花等实物、各种劳役以及酒肆、园林、碾磨、金银、贸易、缎布、牲口等税，全部折成现钱来计算。但是，实际征收的贡赋，远远超出了规定的数额。据记载：“回地当准噶尔横肆之时，闻于积成之后，辄遣人向回城征收赋税。每回男一人，谓之一户。每户于八栅尔（集市，每七日一市）一次，交布一匹，或羊皮数张，或猞猁狲皮一张。通年计算，逐次索取。所种米谷菽麦，眼同收刈，先与平分，而后用十分取一之法，重征粮税。差来之头目人等，日奉以酒肉、妇女，去仍多索赆遗。少不如意，辄纵其从人，恣行抢掠。”准噶尔贵族除了向维吾尔族人民大肆勒索外，还强迫他们迁居伊犁，耕田种地，服劳役，充当农奴。
乾隆二十年（1755），清廷出兵平定准噶尔的叛乱，彻底摧毁了准噶尔的统治，维吾尔族人民才从准噶尔七十多年统治的桎梏下挣脱出来。
乾隆二十二年（1757），维吾尔上层大小和卓即波罗尼都和霍集占将清政府派去做“招服”工作的副都统阿敏道及兵丁百人杀害，霍集占自称“巴图尔汗”，正式树起了叛清割据的旗帜。
霍集占建立的“巴图尔汗国”，代表了宗教大僧侣和大封建主的利益，是中世纪的政教合一的伊斯兰政权，因此，得不到广大人民群众的支持。在乌什、阿克苏等地的大封建主，因自身的利益也不支持霍集占的叛乱活动。乾隆二十三年（1758）夏，清廷出兵平叛，派遣大军，讨伐大小和卓。
经过了“黑水营”激战，先后攻占了喀什噶尔、叶尔羌，摧毁了大小和卓的叛乱中心。大小和卓携眷属及旧仆三四百人逃往巴达克山，被巴达克山首领捕杀，将小和卓的首级献给清军。
清廷平定大小和卓的叛乱，得到了维吾尔族人民及上层人士的支持。哈密的首领玉素卜主动参加平叛，吐鲁番首领额敏和卓任参赞大臣，直接参加了清军作战。库车首领鄂对，因反对大小和卓叛乱，其家族惨遭杀害，他积极向清军献策，使清军在和阗、库车狠狠地打击了叛军。
清廷平定准噶尔和大小和卓两次叛乱的战争，是消除分裂割据，维护祖国统一的正义战争，既适应了当时维护统一的历史趋势，也符合各族人民要求统一的共同愿望，得到了各族人民的支持和拥护。
这一时期，维吾尔族地区的农奴制度获得了充分的发展，大小封建领主占有数量不等的农奴和世袭领地，大的封建主占有的土地往往超过十万亩，农奴数以千计。如吐鲁番的额敏和卓，占有土地十万四千余亩，农奴一千六百余户。农奴完全依附于封建领主，从封建领主那里分得一小块份地，终年为封建领主服劳役，称为“燕齐”。他们没有人身自由，可以连同土地一起被出卖，或者随同封建领主一道迁徙。
为了维护封建主对农奴的残酷压迫和剥削，作为政治制度的伯克制度起了保证的作用。“伯克”是突厥语的音译，有“王”、“首领”、“统治者”、“头目”、“官吏”以及“老爷”、“先生”等多种意思。伯克的名目繁多，有三十多种。伯克都有一定数额的亲随或家仆为其服役。他们的土地，全靠征派无偿劳役来耕种。对劳动人民的苛捐摊派，钱无定数。他们还把持水利，囤粮贵卖、私用肉刑、妄杀人命、奸占妇女等等，无恶不作。
清廷在平息叛乱，统一了天山南北以后，在新疆采取了一系列的军事、政治、经济措施，进一步巩固了祖国的统一。
乾隆二十七年（1762），清政府对新疆实行军府制度，在伊犁惠远城设总统伊犁等处将军（简称“伊犁将军”），是清政府在新疆的最高行政、军事长官。将军下设都统于乌鲁木齐，设参赞大臣于伊犁、塔尔巴哈台、喀什噶尔，其他地方设办事大臣和领队大臣等。
对新疆原有的政治制度也作了改革。变革后的地方制度基本上有州县制、札萨克制和伯克制三种。对维吾尔族聚居的南疆地区虽然保留了原来的伯克制，但是废除了伯克的世袭制度，改为任用，定以三至七品的品级，还在经济方面，主要是兴办屯田，举办商业、鼓励贸易，降低赋税等。这些措施，使新疆各族人口增加，促进了农牧业的发展。一些经济贸易中心也随着出现，如乌鲁木齐“字号店铺，鳞次栉比，市衢宽敞，人民辐辏”、“繁华富庶，甲于关外”。旧的经济贸易中心如阿克苏、叶尔羌等地也是“货如雾拥”、“货若云屯”。这些改革，促进了社会经济的发展，但是，广大维吾尔族劳动人民的处境并没有得到根本的改变。伯克们的某些权力虽被限制和削弱，但又给他们加上了品级，使之法律化。劳动人民承受着官吏和伯克们的双重压迫，加深了维吾尔族社会的阶级矛盾。劳动人民为了求得生存，奋起反抗清政府和怕克的统治。
乾隆三十年（1765）春，维吾尔族人民反抗暴虐统治的起义在乌什爆发。他们首先杀死残暴的阿奇木伯克阿卜都拉全家，接着放火焚烧衙署，乌什办事大臣素诚等被迫自杀。阿克苏办事大臣卞塔海闻讯后赶来镇压，滥施枪炮。乌什全城人民齐心合力共同守城，将卞塔海打败，形成了一次规模较大的反抗封建统治和民族压迫的斗争。清政府调集了伊犁、喀什噶尔等处的兵力前来镇压，也都被起义军打败。起义也波及到叶尔羌、阿克苏、库车等地。清廷再派阿桂前往镇压，并加强火力攻城。经过了几个月的战斗，乌什城内粮食已尽，起义军几次突围未能成功，首领赖和木图拉也中箭身亡。这样，坚持斗争了半年之久，至八月十日，由于叛徒的出卖，起义的主要人物四十二人被捕，十五日献给清军，清军才进入了乌什城。清军入城后对起义的群众进行了大肆屠杀，并将乌什城内留下的数千人，分批遣往伊犁或解到内地，赏给官员为奴。
