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咸丰三年（公元1853年）1月12日，太平军攻克军事重镇武昌，诸王纷纷从汉口迁至武昌，其中天王洪秀全暂居湖北巡抚署衙，东王杨秀清暂居湖北布政使司衙门，北王韦昌辉进驻湖北按察使衙门，翼王石达开进驻湖北学政衙门。经过28天的休整留守，太平军挥师东下，准备一举占领南京。
同年3月19日，翼王石达开率军攻克南京，3月29日天王洪秀全下诏将南京改称“天京”，定为首都。一时间，太平天国俨然成为与清廷南北对峙的政权。围绕着建都南京一事，后世历来争议不休，在清王朝控制全国绝大部分区域的形势下，太平天国这一有些匆忙的决定究竟合不合时宜？
这一切，还要从诸王驻留武昌的28天说起。在此期间，众人针对进军方向展开了激烈争论。洪秀全想要以武昌为都，派兵北伐废黜“清妖”，随后建立全国性的统一政权。然而大批清军的到来打破了他的美好构想，诸王必须尽快离开武昌，但向何处进军又成了新的争议点。据清朝《发逆初记》记载，“杨秀清出广西全州时……石达开劝令先行入川，再图四扰，杨逆不从。”早在攻克全州之时，翼王石达开就主张西入四川，此时他再度提出这一战略构想。
从军事上来看，位于西南一隅的四川雄据长江上游，山川险固、民殷物阜，又远离政治中心的影响范围，只要据有四川就可彻底站稳脚跟。不过定都四川也有一个大问题，由于距离北京太过遥远，对日后夺取全国政权不利。于是在一片大好的形势下，其余诸王均不同意这个过于保守的意见。
在广西起事之时，洪秀全的目标是攻取南京，然而进入湖南后却产生了攻取河南的念头。从地方志中记载的“贼匪有窥伺荆襄之意”等语句，可以看出北上中原是天王洪秀全乃至诸多将领的主张。殿左一指挥罗大纲就曾言：“欲图北，必先定河南，大驾驻河南，军乃渡河。”不过在这件事上，东王杨秀清则与洪秀全有着不同看法。从全州之战开始，他就提出“专意金陵，据为根本，然后遣将四出，分扰南北，即不成事，黄河以南，我可有已。”的战略。进驻武昌后，他也坚持这一既定方针。这时，浙江名士钱江上书一封，使天王洪秀全的态度陡然发生变化，同意直取金陵，而东王杨秀清也利用“天父附身”的方式命令太平军东进。
不过这一次决策只是确定军事进攻方向，并不等于建都南京。据《瓮牖余谈》卷六记载：“既陷金陵，东贼意欲分党踞守江南，而自往攻河朔。”洪秀全及杨秀清在此事上意见一致，打算留一部分人镇守南京，主力部队继续北上灭清，只不过在由谁统兵一事上又有了分歧。
解决这一争端的是一位湖南老兵，据忠王李秀成被俘后叙述，此人曾为渔夫，从军后当了东王所乘小舟的水手。他向东王仔细阐述了定都河南的劣势——由于水少且无粮，大军一旦被围将无法解救，两相对比之下南京显然更有利。事实上，实际掌握军事战略决策大权的杨秀清不仅自己不打算北还，还通过有力措施阻止天王挥师北上。
为安抚各级将领，东王杨秀清又组织朝中大臣写文论证建都南京的正确性，角度涵盖军事地理、经济、政治、人才诸方面，从中遴选出40余篇合为《建天京于金陵论》，予以刊印颁行。至此，建都南京最终敲定。
对于东下南京及建都南京这两大重要决策，长期以来人们持有不同看法，纷杂之间令人莫衷一是。客观地说，攻占南京是为了日后北进所做出的战略选择，因而是正确的。首先，太平军攻取南京后有了进可攻、退可守的根据地，结束了流动作战的被动局面；第二，攻取南京可扬长避短，太平军以水师见长，若前往河南则毫无用武之地，更将惨败于清军骑兵手下；第三，当时清军为防太平军北上，大批精锐驻守河南，东南诸省防务较为薄弱，容易各个击破；第四，攻取南京就意味着有了可靠的经济保障。太平天国放弃立即北上进行决战，转而选择暂退一步以求得日后更大主动的策略，在当时可谓最稳健的选择。
然而建都南京与之相比则太过消极，犯了错失良机的重大战略错误。攻占南京后，太平军主要任务应是在巩固根据地的前提下准备北伐，然后迅速北上决战，而不是匆忙间建成一个割据的地方性政权。太平天国曾离夺取全国政权这一目标无比之近，却硬是放过了这一难得时机，让清军有了喘息之机。
更要命的是，过早建都南京使众人丧失了乘胜进取的锐气，大批高层加速腐化，内讧日益加剧并最终导致“天京事变”。呤唎在《太平天国革命亲历记》就曾直接指出：“天王在南京停留下来，实在是犯了一个致命的错误，而且是一个使他失去帝国的致命的错误......”历史学家范文澜在《中国近代史》中也认为定都南京属于重大战略失误。
就这样，太平天国很快就走上了历代农民起义的老路，一着不慎，满盘皆输。而彼时诸王还兴致正浓，丝毫不知道天国结局就在这次定都事件中注定。
