清代时中国境内有众多民族，汉族仍是中国最大的民族。满族是少数民族，但在当时是占有统治地位的民族。此外，还有不少的少数民族，在历史上起着各种不同的作用。其中有蒙古族、藏族、彝族、回族、维吾尔族、鄂温克族、达斡尔族、鄂伦春族等。
蒙古并入清朝
漠南蒙古东起今吉林、西至贺兰山，南接长城，北临大漠。后金以封官晋爵、保留特权、厚赐联姻等，积极笼络漠南蒙古各部首领，并利用各部封建主与明朝支持的察哈尔部长林丹汗的矛盾，诱使他们归向自己一边。
明崇祯七年（34），林丹汗为后金所败，西行，死于大草滩，漠南蒙古遂尽归向后金。崇祯九年（36）漠南蒙古十六部四十九个封建主聚会盛京（今辽宁沈阳），尊皇太极为博克达•彻辰汗，奉戴为共主，后金改国号为清。与此同时，漠北喀尔喀蒙古三汗也各自与清通好入贡，保持和好关系。
清康熙二十七年（88），厄鲁特蒙古准噶尔部首领噶尔丹乘喀尔喀内乱，攻袭喀尔喀各部，败土谢图汗察珲多尔济，掠车臣汗及札萨克图汗牧地，喀尔喀蒙古封建主遂率众南下投清。康熙三十年（91）举行多伦诺尔会盟，封赏喀尔喀诸王公，并设旗编佐，自此，喀尔喀蒙古亦辖属于清帝。雍正三年（1725），分土谢图汗部西境置三音诺颜部，遂形成四部。
厄鲁特蒙古四部并入清朝是在不同时期和情况下，以不同的方式进行的。和硕特部原居今乌鲁木齐一带，十七世纪上半叶，在首领固始汗率领下进据青海、西藏地区，与清保持和好通贡关系，顺治十年（53）固实汗被清封为遵义行义敏慧固始汗。康熙三十六年（97）固始汗之子达什巴图尔接受清朝招抚，使青海和硕特蒙古併入清朝。
准噶尔部在其首领噶尔丹统治时期，兼并周围各部，势力强盛。康熙二十七年（88）侵扰喀尔喀，二十九年进犯漠南乌珠穆沁境，被清军败于乌兰布通，三十五年再为清军败于昭莫多。噶尔丹之侄策妄阿拉布坦乘机自立为汗，并向清纳款通好，噶尔丹腹背受敌，次年服毒自杀。雍正五年（1727）策妄之子噶尔丹策零继位后，屡扰清境，并于雍正九年大败清军于和通淖尔，次年为清军败于额尔德尼昭，后始罢兵议和。乾隆十年（1745）噶尔丹策零死后，准噶尔部内讧。乾隆十八年（1753），达瓦齐夺取汗位，乾隆二十年，为清平定。不久，先已归降的阿睦尔撒纳复叛清，失败后，逃入俄罗斯境，乾隆二十二年病死，长期与清朝对抗的准噶尔部遂隶属于清。
值准噶尔部内讧之时，杜尔伯特部台吉车凌、车凌乌巴什、车凌蒙克（史称三车凌）于乾隆十八年摆脱准噶尔的羁绊，率众归服清朝，被安置于乌里雅苏台一带游牧。次年编旗分佐设盟。
土尔扈特部原游牧于塔尔巴哈台附近雅尔地方，明末清初，因不堪准噶尔部侵扰，西迁至额济勒河（今伏尔加河）下游。乾隆二十六年渥巴锡继承汗位后，因不堪沙俄政府的奴役、侵扰和征索，于乾隆三十五年率属众三万三千余户、十七万人启程东返祖国。次年抵伊犁，附清，分为新旧两部：渥巴锡领旧土尔扈特部，游牧于珠勒都斯、库不喀喇乌苏等地；舍楞领新土尔扈特部，驻牧科布多一带。
至此，漠南、漠北、漠西蒙古地区尽归属清朝。盟旗制度的实施盟旗制度是在天命九年（24）至乾隆三十六年（1771）绥服蒙古各部过程中，根据八旗制度的组织原则，在蒙古原有社会制度的基础上逐步建立起来的。清廷取消蒙古原有部的划分，改编为旗。少数就原部编为一旗，多数被分为若干旗，以至十余旗。旗既是军事、行政合一的单位，又是清朝赐给旗内各级蒙古封建主的世袭领地。
蒙古地区的旗分为总管旗和札萨克旗两种。总管旗设总管，由中央派遣的将军、都统、大臣直接统辖，其中包括内属的察哈尔八旗、归化土默特两翼以及热河都统所辖厄鲁特一旗，科布多参赞大臣所辖明阿恃、扎哈沁各一旗、阿尔泰和阿尔泰诺尔乌梁海九旗、定边左副将军所辖唐努乌梁海五旗、驻藏大臣所辖达木蒙古八旗等。
其余大多数蒙古部之旗，称为札萨克旗，清廷在这些地区建札萨克旗，受中央监督。札萨克旗又分为内札萨克和外札萨克，内蒙古所属各旗为内札萨克；喀尔喀蒙古、厄鲁特蒙古各旗为外札萨克。由清廷就旗内蒙古王公中之有功者任命为札萨克管理旗务。札萨克的职责是按照清政府赋予的权限，处理旗内行政、司法、税收、科派差役、旗属官吏的任用，牧场调整等事务，由上级监督行使。札萨克之下设协理台吉、管旗章京、梅伦、笔帖式等僚属，协理旗务。
旗下设佐，为基本军事单位，每佐设佐领一人，辖旗丁一百五十人，在旗札萨克领导下，审理丁册，征收税课，排解纠纷，传递信件及征发人伕。佐领之下设骁骑校、领催，协助佐领办理军政事务。每六佐复设一参领统辖。在佐之下，每十户设一什长，为最低一级行政单位的管理人。
除总管旗、札萨克旗外，清政府还在大寺庙的领地，共建有七个喇嘛旗。这些喇嘛旗与札萨克旗平行，不受其干预，自行管理领地内之行政、司法、税收事宜。
清统治者为了不使旗札萨克享有独立权力，订出会盟制度，在旗之上设盟，合数旗而成。有的盟是在原有部的基础上建立的，有的盟包括数部，有的盟只包括一旗，也有少数旗不在其上设盟，而直辖于将军、大臣等。而蒙古旧有的部，只在名义上保存下来，不具有任何行政职能。会盟地点由清政府指定，通常是在便于各旗集会的适中地点，一经确定，即以该地名作为盟的名称。
每盟设盟长一人，副盟长一人，由理藩院于盟内各旗札萨克中选人奏清帝任命兼摄。盟不是一级行政机构，只是一种实行监督的组织，一般不设办理盟务的衙门。规定每三年会盟一次，届时执行比丁、练兵、检查财务、清理民刑案件等职权。盟并不构成蒙古最高一级的行政机构，盟长的主要任务是充当会盟的召集人，不能直接干预各旗内部事务，也无权擅自发布政令，只是对各旗札萨克起监督作用，并充当旗札萨克与清政府的中间人。遇有旗札萨克不能解决的民刑案件，可会同审理，札萨克有不法或叛逆行为，有责任随时告发，战时则带领所属各旗兵丁应诏出征。
蒙古的盟旗并非独立自主的政治制度，都直接受中央政权的统辖和节制，履行清廷委付的职责，不享有独立处理本盟旗各项事务的权力。在盟旗之上，一切重大军政事宜的最高裁决权属于理藩院，而地方性的重大事件，则报有关地区的将军、都统和大臣会办。
社会阶级清朝所制定的各种制度，并没有改变蒙古社会的阶级结构和剥削关系，封建主和牧民仍然是社会中的两个基本阶级。
蒙古归并清朝后，在建旗设盟过程中，基本取消了蒙古封建主原来享有的济农、诺颜、太师、宰桑等称号，按原来地位的高低及对清朝的效忠程度和功劳大小，分别被授以亲王、郡王、贝勒、贝子、镇国公、辅国公、四等台吉和塔布囊等爵位。担任旗札萨克现职的为札萨克王公，不担任现职的为闲散王公。他们仍然是蒙古社会中居统治地位的阶级，领取岁俸和人丁，拥有众多畜群，掌握牧场支配权，对领地内属民有不完全的占有权，并通过对土地的支配权，对牧民进行封建剥削。
除世俗封建主外，喇嘛上层也形成另一僧侣封建主阶级。驻库伦的哲布尊丹巴是外蒙的最高宗教领袖；驻多伦诺尔汇宗寺的章嘉呼图克图，掌管内蒙各寺庙。此外还有许多活佛享有国师、禅师封号。其次是寺庙主持，以下还有札萨克达喇嘛、副札萨克达喇嘛、札萨克喇嘛、达喇嘛、副达喇嘛、苏拉喇嘛等。他们享有清朝赋予的各种特权，拥有牧奴——沙比那尔（庙丁），操纵寺庙财产，某些寺庙甚至建立沙比衙门，对喇嘛徒众进行审讯和惩处。隶属于蒙古封建主的阿勒巴图（贡民）是牧民中人数最多的阶层，承担繁重的赋役。他们必须无条件地服兵役，自带马匹、武器和口粮应征从军。还须负担防守卡伦（哨所）的义务，驻防期少则一季半年，多至数年，而且要自谋生计。驿递是对阿勒巴图最沉重的负担，他们充当乌拉齐（站丁），既要承担驿递的劳役，又要无偿供应往来官员和军人的食宿，还要蒙受种种无限制的需索。此外，阿勒巴图还负担盟旗衙门的差役、开支和官员的供养，无偿地为皇室专有的牧群和马厂放牧，甚至蒙古封建主向清廷进献的贡品，去北京的旅费也无不落在阿勒巴图身上。与此同时，阿勒巴图还要向领主服贡役，包括实物税和劳役两种。当封建主有进贡、会盟、移营、嫁娶等事时，还随时向属下征敛，甚至封建主欠下债务也得由阿勒巴图来偿还。
阿勒巴图可担任管旗章京以下旗佐官职，任职者被免除赋役，并拥有随丁，逐渐形成富牧户，成为“额尔和坦”阶层。还有一部分人因功被豁免赋役，称为“达尔哈坦”。他们都拥有较多牲畜，甚至家奴，并对一般牧民进行剥削，构成阿勒巴图中的特殊阶层。
阿勒巴图中的一部分被拨给封建主役使，称作“哈木济勒嘎”（随丁）。王公、台吉的随丁终身为主人服役，称“随人箭丁”；管旗章京等的随丁，仅在主人任职期间受役使，离职仍退回本旗佐，故称“随缺箭丁”。随丁专供主人役使，或在王府中当差，或在主人牧场上放牧，全部收入归主人，主人甚至可将他们出卖或馈赠他人，其地位比一般阿勒巴图还低。
沙比那尔是喇嘛封建主的牧奴，专供寺院封建主役使，从事各种劳役，维持寺院和喇嘛上层的生活，寺院的一切负担都落在沙比那尔身上。
奴隶来自战俘，也有因犯罪被籍没为奴的，他们世代受主人剥削，处境最悲惨。
