元朝时期，统治新疆（西域）的政权是察合台汗国，它占据了新疆大部分地区，只有东疆一带才是元朝的领地。等到元朝灭亡以后，由察合台汗国分裂而出的东察合台汗国逐渐蚕食了元朝在东疆的残余领土，直接与明朝版图接壤。明太祖朱元璋对于恢复汉唐时期的西域都护府（新疆）并不感兴趣，他只是在1387年派遣大将邓愈出兵青海，招降了吐蕃，并没有制定征讨整个新疆的方略。笔者认为明朝不重视西域地区（新疆）的原因主要有2点：第一、汉唐时期的丝绸之路已经断绝多年，西域地区带来的经济效益有限。明朝不愿意耗费巨大的财力出兵西域。第二、明朝主要的敌人是漠北的蒙古各部，新疆地区（东察合台汗国）对明朝构不成太大威胁。明朝全力防御北方，无暇西顾。
明朝极盛形势图
明朝末年形势图
明朝末年时，蒙古分为漠北、漠南、漠西三大蒙古势力。准噶尔部落、和硕特部落都是属于漠西蒙古的部落。它们远离中原腹地，游牧于新疆、青海地区。其中，准噶尔部发展得最为壮大，变成了强大的准噶尔汗国；和硕特部演变为了统治青藏、青海地区的和硕特汗国。三大蒙古之中，漠南蒙古已经被清朝兼并，漠北蒙古也在名义上对清朝称臣，只有庞大的漠西蒙古各部游离于清朝统治之外，各自为政。清朝康熙年间，受到沙俄煽动的准噶尔汗国与清朝敌对，构成了极大的威胁。
从康熙年间起，清朝不断对西北、西南用兵。西北重兵的重点就是从甘肃、青海、内蒙抽兵攻击新疆地区的准噶尔汗国；西南用兵的重点就是打击吴三桂等藩王势力。康熙、雍正、乾隆三代君主不断往新疆（西域）用兵，才最终消灭了准噶尔汗国。乾隆年间，清朝将天山南北一带改名为新疆，意为“新开辟的疆土”。
清朝收复新疆（一）
清朝收复新疆（二）
清朝占领新疆的时候，距离唐朝安西都护府的沦陷已经过去了一千多年之久。笔者认为清朝之所以热衷于收复新疆，有以下三个原因：
1、占据着新疆的准噶尔汗国已经对清王朝构成了致命的威胁，清王朝担心准噶尔汗国与沙俄勾结起来，形成更大的隐患。
2、清朝已经瓦解了漠南、漠北蒙古，北面没有了像样的威胁，可以腾出手来往西北扩张，不像明朝那样因为受到漠北制约而投鼠忌器。
3、清朝的祖先建州女真（满族）原本是骁勇的渔猎民族，骨子中的扩张欲望要高于传统的农耕民族。
清朝最大版图（1820年）
小结：从汉宣帝刘洵建立西域都护府（公元前60年），标志着新疆正式归属中国开始，一直到清朝乾隆24年（公元1759年），爱新觉罗·弘历平定大小和卓的叛乱、再次将新疆归属于中国为止，时间跨度长达1800多年。在这段时间里，如果中原王朝强盛，则必会出兵河西，占据西域（新疆）；如果中原衰弱，则由新疆自治（高昌回鹘、西辽、察合台汗国）。可以说，乾隆皇帝平定新疆的事迹为我国这个统一多民族国家的发展作出了重要的贡献。
