最重要的一点是裁撤湘军，而且没有留下后遗症。由曾国藩统领的湘军诞生于太平天国运动时期，靠着高额薪饷一直保持着高水平的战斗力，成为镇压太平军的主力。到了1864年7月，攻克南京后，湘军总兵力达12万人，由曾国藩直接统领的就有5万人。
但是由于薪饷太高，清王朝财政又十分吃紧，因此在攻克南京前湘军因供应困难只发半饷，为了激励官兵，曾国藩声称“洪逆之财，福如东海”，许诺破城后就能发财。当然朝廷也对财富极为关注。攻克南京后，湘军在城内烧杀抢掠，南京遭受了历史上一次大浩劫。但是曾国藩却没有向朝廷上交一分钱，上奏章称并没有找到财富。朝廷虽然无可奈何，但是对曾国藩却起了疑心。
熟识中国文化的曾国藩自然懂得“兔死狗烹”的道理，为了打消朝廷的疑心并自保，马上上奏章提出裁撤湘军，只保留3000人的警卫部队。朝廷自然表态支持，并且不再追究南京城破时缴获的财物。但是裁军说来容易，做来难。中国历朝历代裁军基本上就是由兵到匪的转换规律，湘军自然不例外。湘军士兵多数是苦出身，而且还欠着为数不少的军饷，一旦裁撤不利很容易激发变故，更何况太平天国余孽还在。
曾国藩想了一个主意，由朝廷户部出面担保，对湘军士兵拖欠的军饷采取以票抵饷的方式，发放20年分期兑现的银票，退役士兵回籍后20年内在本地领取本金和利息。同时，曾国藩还筹几百万两银子，买下大批海盐分给士兵抵充部分军饷。当时湖南的盐价比沿海产地高出10—20倍，很多退役士兵还因此赚了一笔钱。
在曾国藩将政治、经济、军事手段综合运用下，湘军顺利的完成了裁撤，从而也就得到了朝廷的认可和赏识。
