作为以知洋务著称的晚清官僚，李鸿章同情维新，但首先自保，这是李鸿章在戊戌风云中的立场。据近年新见史料，李鸿章在当时朝野纷争中虽属于慈禧“后党”阵营，但是对康、梁维新派，李鸿章实际暗中有所支持。
话说1898年6月11日光绪下诏“明定国是”，历史上的“百日维新”变法运动开始。6月16日光绪召见康有为，命他在总理衙门章京上行走，设计改革新政事务。正当康有为退朝在故宫便道途中遇到李鸿章时，李脸色大变，悄悄将荣禄在慈禧面前参劾康有为、刚毅反对皇帝授康有为官差之事告他，意在提醒要康氏小心。
还有一次，荣禄到颐和园谒见慈禧太后，正好李鸿章因太后赏他食品要向太后谢恩故同被召入。荣禄要李鸿章在太后面前告状说康有为非法乱制，皇上如果听从必将有大害；同时他以李鸿章“多历事故”，应对太后直陈变法的害处。李鸿章则以叩头称“太后圣明”搪塞支应，并将此密告康有为。
实际上，戊戌新政的一些政策措施如奖励工商等都是李鸿章多年主张的。将科举考试中的“八股”废掉改为策试，更得李鸿章赞赏。康有为为首的维新派本想废科举兴办洋式学堂，但考虑到会遭到天下读书人的反对，所以妥协暂改只是废八股，改为策试。据说李鸿章私下曾对人说：“康有为吾不如也”。因为废八股“吾欲为数十年而不能，彼竟能之，吾深愧焉”。当李鸿章听说废八股遭到许多读书人反对、甚至有人要刺杀康有为时，特派人前往康处，要康“养壮士，住深室，简出游以避之。”康有为奉命出京，李还“遣人慰行”。
光绪创办京师大学堂（后来之北京大学）时，李鸿章曾劝奉旨管理大学堂事务的孙家鼐请康有为出任总教习（首任校长），虽然此议未成，但对京师大学堂创办、发展起过重要作用的西学总教习美国人丁韪良则是因李鸿章与孙家鼐的力荐才就任的。丁韪良后来对人说：“戊戌举办的各种新政，惟设立大学堂一事，李鸿章认为最关重要，赞助甚力。”
戊戌政变发生后，慈禧重新训政，光绪被囚。康、梁逃往海外，“六君子”被杀，支持维新的官员受到不同程度的惩罚，新法尽废。在这种严峻时刻，李鸿章仍暗中回护了一些维新人士，如张元济因参加维新被革职，他不仅派人前去慰问，而且要盛宣怀在上海安排张的工作。
由于李鸿章的许多思想与维新派相近，所以有人向慈禧告密说他也是维新派。慈禧太后曾向他出示这些告密奏章，并问他说：“有人说你是康党。“李鸿章回答说：“臣实是康党。惟废立之事，臣不与闻。六部诚可废，若旧法能富强，中国之强久矣，何待今日？主张变法者即指为康党，臣无可逃，实是康党。”慈禧听后“默然”。（据李鸿章侄婿孙仲屿的《日益斋日记》）
李鸿章之所以如此回答慈禧，因为他了解慈禧最关心的其实并非“法”变不变，而是她的权力是否受到挑战；注重的首先不是臣下对“变法”的观点，而是其是否参与光绪、“帝党”、维新派的实际政治活动。所以他强调“废立之事，臣不与闻”，表明自己不介入宫廷政争，不参与朝廷的“家务事”。
1898年戊戌政变，维新六君子被杀，康有为、梁启超等维新人士流亡海外。之后一年多时间里，慈禧太后严令下，清廷在全国范围内大肆搜捕新党，维新派人士多数潜逃海外。
1898年11月政变后，因当时西方列强多支持光绪和康梁维新党人，慈禧派荣禄去见李鸿章，想让李鸿章出面安抚洋人。李鸿章请求朝廷委任自己为两广总督，以便与列强沟通。荣禄向慈禧转达了李鸿章的意思，慈禧同意了。于是李鸿章被任命为两广总督。1900年初，李鸿章离京南下赴任。
1899年7月，康有为在加拿大成立保皇会，向国内渗透。慈禧倍感压力巨大。因之两度以十万两白银的巨额赏金，悬赏捕杀康有为与梁启超。另一方面慈禧决定废黜光绪皇帝，使保皇党人彻底失去使帝政复辟的希望。
1900年1月24日，慈禧宣布废光绪，立溥儁为皇储。然而这次废立遭到以刘坤一为首的外藩大臣的反对，加上列强不支持，最终宣告失败。
康梁保皇党人闻听后党废立之议后，计划组织起兵勤王。保皇会在澳门设立总局，指挥国内，按保皇会的设想，起兵勤王主要在三个方向：长江、广西、广东。长江起义，主要负责人是唐才常及其自立军。在广西方面，康有为集合广西保皇党人及天地会党人，准备攻桂林，取湘鄂。
1900年5月，唐景崧派人主动与康有为联系，唐景崧原先在康有为协助下在桂北办团练，已经拥有多个根据地。在广东方面，康有为派梁炳光等人到新安、东莞一带办团练，联络各地洪门会党与绿林豪杰。康有为与梁启超非常重视广东举事，还一个原因就是康梁均为广东人。
正当康有为与梁启超正密谋在广西与广东发动起义时，李鸿章接任两广总督。1900年1月18日，李鸿章到达广州。他此行的受命之一，是为肃清康有为、梁启超及其党人。在李鸿章就任两广总督之前，清政府已经严令海疆各地缉拿康梁。但是李鸿章对康有为与梁启超实抱有同情的态度。
李鸿章到任不久，2月11日，清廷下令李鸿章将康有为与梁启超的广东祖坟铲平，但李鸿章接到朝廷命令后，却迟迟不肯行动。到3月27日，李鸿章上奏朝廷，称“虑激则生变，平坟似宜稍缓”。不仅如此，李鸿章还给康有为和梁启超写了一封亲笔信。在信中，李鸿章勉康梁“精研西学，历练才干，以待他日效力国事，不必因现时境遇，遽灰初心”。
1900年庚子事变义和团运动发生，八国联军攻陷北京，西太后带着光绪跑到西安，清廷大乱。
6月12日，慈禧转授李鸿章为直隶总督兼北洋大臣，火速调其回京负责与列强周旋拟签订条约事务，连续急电催其北上。
李鸿章回京后即主持与列强的谈判。1901年7月25日,李鸿章、奕劻代表清廷签署了《辛丑条约》，赔款白银4亿5千万两。
辛丑卖国条约签约后两个月，李鸿章身体每况愈下，不久死去。
死讯传到海外，康有为弟子梁启超对李鸿章的评价是：
“李鸿章不识国民之原理，不通世界的大势，不知政治的本原，当此十九世纪竞争进化之世，而惟弥缝补苴，偷一时之安，不务扩养国民实力，置其国于威德完盛之域，而仅摭拾泰西皮毛，汲流忘源，遂乃自足。”
“要而论之，李鸿章有才气而无学识之人，有阅历而无血性之人也。彼非无鞠躬尽瘁死而后已之心，后彼弥缝偷安以待死者也。彼于未死之前，当责任而不辞，然未尝有立百年大计以遗后人之志。”
而康有为则百感交集，特为哀悼李鸿章赋诗一首：
劳劳车马未离鞍，临事方知一死难。
三百年来伤国步，八千里外吊民残。
秋风宝剑孤臣泪，落日旌旗大将坛。
海外尘氛犹未息，诸君莫作等闲看。
(此诗曾被误传为李鸿章所作。1901年李鸿章死，康有为其时正流亡在新加坡槟榔屿，去国近万里。时逢庚子之乱，国破民残，故有”八千里外吊民残“之语，而李鸿章则死于京门，断不可能发此语。)
康有为这首悼诗，试析如下：
劳劳车马未离鞍
————劳顿的车马还没有解开鞍绳
临事方知一死难
————事到临头才知道死别是多么艰难
据何新考证，此句系化用清初人赵翼《瓯北诗抄》的旧句“平时每作千秋想，临事方知一死难“。(赵诗原意是讽刺明末重臣洪承畴的贪生怕死。洪承畴兵败后被清军所俘虏，作为明臣子本应选择死来表示忠贞，以求千秋不朽之名。但他却投降了清朝，这就是所谓”一死难“。而李鸿章在临终之际绝对不可能引用这种诗句，来影射讽骂自己。)
三百年来伤国步
———三百年来清朝无所建树，而国家进步很小。
八千里外吊民残
———我流亡在八千里之外，为百姓受残害而伤心。
秋风宝剑孤臣泪
—————你身为孤臣孽子，作伴只有秋风和宝剑。
落日旌旗大将坛
———（身后）夕阳残照之下的军旗以及拜将的空坛。
【因李鸿章先统领淮军后以此为基础，建立北洋系军队，被尊为军帅。】
海外尘氛犹未已
————可是国难未已，海外侵略的征尘还没有平息。
诸君莫作等闲看！
————朝中官人莫要视若等闲，低估了未来的危险！
康有为一生狷介，以“圣人”自诩，眼高于顶，很难有人能入得了他的法眼。此诗借悼念李鸿章，体现了两人之间微妙的惺惺相惜，也抒发了对时局的忧闷惆怅之情。
