洪秀全对清政府的打击力度不可忽视，他揭穿了清政府无能的真像，也证实的八旗兵已经成为一群废物，甚至清中期甚为倚重的绿营兵也毫无战斗力。
其结果形成了清政府对全国控制力的大幅度下降，汉族大臣第一次可以和满族抗衡，江南之地甚至已经被曾国藩、李鸿章、张之洞等人控制。对清政府的打击十分巨大，但曾国藩急流勇退，自动放弃兵权，看似十分忠诚，但其有一件事并没有向慈禧说实话。那就是洪秀全的死因，当然还有南京城财物的去向。
洪秀全死的那年只有51岁。他在南京11年，几乎没有出过皇宫，生活也是养尊处优，51岁年纪也不算大，为何在城破前一个月突然离奇死亡呢，难道真的是天意？
当时曾国藩俘虏了李秀成，李秀成写了供词，但被曾国藩修改了。
后来曾国藩自己辩解到：李秀成文化不高，有错别字，我改了下；李秀成说话没有逻辑，罗里吧嗦，多余的话删了；李秀成战败求生，阿谀奉承的话，拍湘军马屁的话删了；跟实情不相符的地方，删了。
不管慈禧信不信，在表面上还是信了这件事。如此以来，洪秀全的死就成了悬案，到底如何死的，一直没有定论。
多年后，李秀成招供的原稿曝光，其中记载洪秀全死因。里边多次提到：天王（洪秀全）早已病重，又不肯吃药，任由病情发展，最后4月21日病亡。
也就是说，洪秀全自知城破必定受辱，正好生病了，也就不吃药，等死算了。
但，这个死法也很正常啊，曾国藩为什么要修改呢？
