清朝在消灭了南明永历小朝廷之后，最终确立了对全国的统治，但是，全国的抗清斗争仍然在进行着，不仅据守在台湾的郑氏集团继续与清朝对抗，而且，大陆上的许多汉族人仍对清王朝充满了仇恨，怀念汉族人的朱明王朝，利用各种方式掀起同异族的斗争，清初不断发生的“朱三太子案”正是当时政治斗争的一个曲折的反映。
崇祯皇帝有七子，明末时，崇祯皇帝尚有三子，即太子朱慈烺和皇子定王、永王、朱由检吊死煤山之后，太子和其他两皇子都逃出北京城，藏在民间，从此，明朝皇室后裔就成为清朝、南明及各种反清势力所关注的一大问题，顺治初年，南京和北京都出现的帮明太子案，就曾轰动朝野，太子朱慈烺被清廷以假冒之罪杀死，顺治八年（1651年）冬，清政府在安徽太平府捕获一个供称自己是“崇祯第三子”，名慈焕”的青年，十一月三日，陕西隆德县王道真称自己是天启东宫太子与彭三阳等“欲要恢复故业”同谋捏写伪札，招摇惑众”，顺治十三年（1659年），清政府在河南柘城又发现张缙冒称充故明皇四子案，并收缴铜印一枚，张缙被捕到县衙，挺立太言：我朱慈英，前明皇帝第四子也，母日周皇后，对县令大声呵斥，后被逮捕到刑部大狱。
顺治年间，全国各地不断掀起抗清的起义，处处揭竿，咸奉明朔，全国相继发生多起假借明朝后裔名义反清事件，康熙年间，随着故明皇子潜伏民间传闻的广泛传播，人们绘绘打着“朱三太子”的旗帜与清廷作斗争，康熙十二年（1673年），京师爆发了杨起隆诈称“朱三太子案”。
康熙初年以来，八旗旗下主仆、主佃矛盾逐渐激化，杨起隆秘密入北京，在八旗奴仆中展开了秘密活动，并计划于康熙十三年（1674年），元旦在城内放火起义，吴三桂举兵反清消息传到北京，杨起隆决定利用“朱三太子”的名义起义，他组织镶黄旗监生郞廷枢家仆黄裁缝、正黄旗周公直仆陈益等约有千人样子，提前起义，十二月二十一日晚，杨、黄、陈等三十余人在北京西城鼓楼西街周公直家召开秘密会议，就起义的有关事项作了布置：建年号“广德”参加起义者称“中兴官兵”，二十三日五更，以白布裹头，红布披身为号，在京城内外放火举事，由于郞廷家仆告密，黄裁缝等四人被捕，杨起隆不得不将起义提前，于二十二日仓促发动起义，清廷闻讯，迅速派兵包围周公直家，起义军顽强杀敌，但由于敌我力量太过悬殊，起义军很快宣告失败，杨起隆等数人杀出重围，逃离北京，陈益与杨妻马氏及其“亲随小厮”都被清军俘虏，接着，清政府在北京城内大搜肆捕起义者，数百人被捕，上千人受牵连，其中200余人被处死，并在全国范围内通缉，首逆，朱三太子杨起隆。
可是，三年过后，不但没有捉到“朱三太子”杨起隆，在福建又出现了蔡寅诈称“朱三太子”反清案，蔡寅，福建漳州府龙溪县马口乡人，“以种园为生，以左道感人”康熙十六年（1677年）春，郑成功之子郑经的部队在泉、漳被清军击败，撤往厦门，蔡寅遂“收其余党”诈称“朱三太子”交泉州人许挺内应，三月十九日夜，蔡寅派人潜入泉州城，试图里应外合，夺回泉州，但许挺被杀，起义失败，蔡寅等“斩关而出”人以为神附者日众，在南靖，长泰等县活动，有力地支持着郑经部，后投奔郑经，被封为荡卤将军，改名蔡明文。
康熙十二年（1673年）杨起隆以“朱三太子”名义发动起义失败，逃出北京，复改任姓，以道士身份，秘密至陕西汉中一带，继续以杨起隆名义“纠党举事”，闻事泄，欲逃入山，于山河口被捕，清军在他身边同时收缴了“伪安国大将军木印”等，杨起隆余党最后也都被清军击败。
雍正帝后来说：康熙年间，各处奸徒生事，动不动就以朱三太子为名……指不胜屈，其实，“朱三太子”不过是当时人们借用朱明后裔的名义号召群众而进行斗争，并不一定确指崇祯皇帝第三子，至于皇三子究竟是定王朱慈灿，或是永王朱慈焕，对于“朱三太子”来说，并无多大的意义，只是当时号召人们反清的一面旗帜，而借用“朱三太子”在整个康熙年间已成为民间秘密结社反清的一种重要方式。
