天聪五年，公元1631年，皇太极召集诸贝勒大臣，共同商讨厘定新体制问题。皇太极准备听从汉人大臣意见，效仿明朝，在清朝设立兵、礼、户、工、户、刑六部机构。
这次制度本是为解决清朝旧体制下的种种弊端，但许多问题并未随着新官制成立而解决，清朝初期的六部机构仍摆脱不了八旗制度影响，皇太极仍然不能将权力全部集中在自己手中。
六部虽然有司法、税收、财务、营造等职权，但六部官员并无品级，而且六部事务仍由八旗旗主和议政贝勒掌握，皇帝手上实权有限。
也难怪皇太极会怒斥：“今闻各贝勒多在私家理事，果尔设衙门何为？此皆妄自尊大，而慢于政事也。”顺治年间，清朝才正式定下六部尚书的职位。
从职权而言，顺治年间六部尚书的职权跟明朝相差不大。吏部掌管全国文职官员的升迁任免调动，户部掌管国家财政。清朝设立内务府，本是为了将宫廷财政跟国家财政分开，但实际操作中，宫廷财政往往跟国家财政经常紧密相连。
所以，户部尚书又多少会参与到宫廷财政中。礼部掌管礼仪和教育。过去王朝最重礼仪，从君王大臣到平民百姓，都有礼仪的约束。如果说这些是虚权，那礼部掌管的科举和学校，则是关系国家大事的实权。
兵部掌管全国军事和武职人员的任免，同时兼管京城的驿站传递。刑部掌管全国的刑罚政令，对刑名核实也负有职权。工部掌握修建全国土木营造工程，水利器物等职权。六部尚书虽是职权不同，但也有侧重。
一般而言，以户部、刑部、吏部三个部门最为重要，工部、兵部、礼部稍次。后来清朝知县上任前，也是较多到户部、刑部、吏部历练，因为这三个部院所处理的都是最实际的事务。
不过在不同时期的具体历史环境中，六部尚书的实权和地位，不能简单以部院衙门区分。清朝入关初期，朝廷中最有实权的机构是议政王大臣会议。
这个机构只有满族宗王、八旗贝勒等上层贵族可以参加，他们掌握国家军政实权，甚至可以影响皇位的人选。
如果这些加入议政王大臣会议的满族贵族中，有人兼任尚书职位，无论是哪个部门，都比其他尚书更有实权。
要是同样都进入议政王大臣会议，那就只有从他们所在部门的职权，以及是否得到皇帝信任来确立实权大小。
康熙亲政后，议政王大臣会议被废除，随后设立南书房掌握实权。原本康熙可以将议政王大臣会议权力归还内阁，但康熙不愿外朝权力过大，这才设立南书房。
不过，南书房主要是挑选翰林入选，极少直接从六部官员中选拔。所以，当时六部尚书们的实权高低，可以通过是否入内阁判断，且在内阁中排名第几。毕竟内阁仍是朝廷名义上的最高权力机关。
雍正继位后，情况又有不同。相比康熙，雍正更迫切需要把权力掌握在皇帝手中。在雍正七年时，为平定军事，雍正召集几个心腹重臣，让他们带着各自亲信官员，一起组建了一个临时处理战事的机构，名为军机处。
跟其他机构相比，军机处办事效率更高，做事保密性更强，更符合皇帝要求。所以，雍正皇帝在战事平定后，不仅没有裁撤军机处，反而将它保留下来，并赋予它更多军政大权。军机处也取代内阁跟南书房，成为清朝最高权力机构。
但也正是在军机处成立后，清朝六部尚书更加无权。他们连同内阁，都只是军机处下的办事机构。军机处安居事务，六部负责执行。
不过，六部尚书毕竟是朝廷从一品官员，能够担任这个职位，基本都是经验丰富，且能力一般不会太差。朝廷对这样的官员，不会弃之不用。所以，清朝也有明确规例，尚书也可入选军机处，参与国家军政决议。对于能入选军机处的尚书而言，地位和实权都会上涨。
后来清朝再有规例，入选军机处的大学士可以兼任部院事务，担任尚书职位。这样一来，那些拥有大学士，又入选军机处的尚书，更有实权。
这样级别的尚书，相当于行使了正一品实权官员的权力。当年和珅掌权时，就同时兼任内阁首席大学士、军机领班大臣和户部、刑部、吏部三个部院的尚书职位。
总结而言，清朝的六部尚书，如果在一般情况下，则是以户部、吏部、刑部有限，但要考虑到具体情况。在不同时期，则是看尚书兼任的职位，兼任的职位越接近中枢，距离皇帝越近，实权也就越大。
