明史有两大缺陷：一是关于女真尤其是建州女真的记载几乎为空白，即使有也是清廷一家之言。二是很多明朝记载是自相矛盾甚至是错误记载的，有抹黑之疑。
当然明史整体来说还是比较客观的，只是在与建州女真有关的方面上做了销毁或者说通过记载美化了。
明史始修于清世祖顺治二年也就是满清入关的第二年，当时修明史的用意很明显，历朝历代都有为前朝修史的传统，而满清入关时天下还有李自成之大顺、张献忠之大西、南明小朝廷，满清急匆匆修明史的意思就是自己继承了明朝之帝统，是正统所在。
可以说明史最初修的背景就不单纯，心机婊清朝在法理上面占了优势，但也的确有实力，之后破大顺灭大西亡南明，将自己成为真正的正统。
明史陆陆续续共修了九十多年，到了乾隆四年才完工，是官修史书中历时最长的一部。
清朝源于建州女真，而女真在明朝时一直属于依附从属关系，像明朝前期直接通过奴儿干都司统治东北，中后期虽然依靠羁縻的松散统治，但女真与明朝的关系一直是臣属或者说主仆关系，所以明史中基本上见不到建州女真的记载，但凡女真皆在所讳，也就是说女真臣服于明庭的二百多年历史被抹去了。
万历帝以后清太祖起兵反明的资料皆是清代所记载，也就是都是一家之言。而据一些资料统计，明万历、天启、崇祯三朝的对后金军事资料在满清入关以后被系统性销毁了很多。
明史中关于女真记录基本上空白，或者说是即使有零星记录也只是一家之言，不得不说这是一大缺陷。
因为避讳女真，明朝对于建州女真征讨或者治理过的大臣，在女真之事迹都被销毁或者只言片语记载，如“李秉”、“彭谊”、“王翱”、“赵辅”、“程信”诸传，关于建州女真的事迹都是略去或最多记载只言片语，就是这只言片语也是模糊不清的记载，使读者根本分辨不出具体如何。
明史中一些细节也值得让人深思，明史中对于南明记载是一笔带过，南明历四帝一监国，在明史中都以藩王记载，而监国鲁王明史记载为郑成功将之沉于海。但是根据1959年的考古发现，鲁王属于自然死亡或病逝并非被迫害而死的。
至于明史之外的荒谬记载更是满天飞，如明太祖朱元璋特别丑陋的画像都是清朝年间画写的。明成祖诛方孝儒十族，结果根据记载万历年间平反了方孝儒还赦免了方孝儒流放边境的后代子孙。明成祖下令活剐三千宫女更是荒谬至极。
历史，果然是任人打扮的小姑娘。
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