1908年，慈禧太后、光绪皇帝在两天之内先后驾崩，根据清宫档案记载，慈禧在死之前，曾经召见军机大臣，商讨皇位继承人的问题。军机大臣无一人敢说话，他们心里都清楚慈禧早已选定了醇亲王载沣之子溥仪继承大统，可就在这时，袁世凯却张口说道：“国家多事之秋，宜立长君以主社。但事关重大，应候庆王回京，再行决议。”
慈禧太后死后，京城的官僚、百姓都在传言，是袁世凯毒杀了光绪皇帝。当时有一份报纸刊登报道说，光绪皇帝在死之前，曾经留下一份500多字的遗言，要诛杀袁世凯。日本人佐藤铁治郎说：“奈何其后谣言纷起，君臣之间势难融洽。”
宣统皇帝继位，醇亲王载沣以摄政王的身份统领朝政，载沣一心想要为哥哥光绪皇帝报仇，所以他开始谋划解决掉袁世凯。几天之后，袁世凯得到庆王府的通知，说摄政王“将对袁不利”，袁世凯听说之后，惊恐万分，惶惶然如丧家之犬，无计可施。“时大有草木皆兵之势”。
1909年1月2日，袁世凯接到摄政王的通知，要他入宫商量军政要事。当袁世凯走到殿门口的时候，被早已买通的太监拦住，太监偷偷地告诉袁世凯：“袁大军机可不必入内，今日摄政王怒形于色，听说严惩谕旨即下，恐怕对袁大军机不利，宜早筹自全之策。谕旨如何严峻，则非我辈所能得知。”
袁世凯惊闻变故，立刻跑回家中，坐立不安的袁世凯知道，京城太过凶险不可再待，他立刻找来张怀芝，在他的保护下逃往天津躲避。袁世凯到了天津之后，住进了德国饭店。袁世凯稍稍稳定之后，立刻到了自己的亲信、直隶总督杨士骧的衙门内，暂时住在了后花园。而杨士骧则亲自前往京城，打探消息。
杨士骧在京城得知，“罪只及开缺，无性命之虞”。原来摄政王载沣只是想逼袁世凯交出权力，并不想杀他，袁世凯听后才长舒了一口气。既然探清了情况，袁世凯也就在第二天坐火车回到了京城。
“闻其来天津，一则与杨士骧有密商事件，一则支取银行存款，汇往河南。至其眷属来津，实因惶恐所至。”
袁世凯刚刚回到京城，就有一道圣旨到了他家，袁世凯还是有些不放心，在惊恐中听太监宣读到：“军机大臣外务部尚书袁世凯，夙承先朝屡加擢用，朕御极后复予懋赏。正以其才可用，俾效驰驱，不意袁世凯现患足疾，步履维艰，难胜职任。袁世凯著即开缺，回籍养疴，以示体恤。钦此。”袁世凯听完之后，立刻跪下磕头谢恩。
三天之后，北京城一片萧瑟，袁世凯带领家眷出城前往河南老家。袁世凯既然被朝廷罢黜，前来送行之人寥寥无几，只有杨度和学部侍郎严修前来送行。袁世凯看着两个人说：“二君厚爱我，良感，顾流言方兴，或且被祸，倘去休。”严说：“聚久别速，岂忍无言！”杨答“别多说，祸不足惧”。
1909年的这次被贬回乡，真的把一代枭雄袁世凯吓着了，回到河南的袁世凯，只能暂时住在了汲县马市街。据袁世凯的亲信王锡彤回忆，当时他在袁世凯回来之后，就去拜见袁世凯，看到“袁公方五十一岁，须发尽白，俨然六七十岁人”。慈禧死后，载沣与袁世凯的第一次交锋，摄政王完胜，袁世凯尽败。
