顺治十六年（公元1659年），王辅臣调入平西王吴三桂麾下，“平西之待辅臣，有加于子侄，念辅臣不去口，有美食美衣器用之绝佳者，他人不得，必赐辅臣。”康熙九年（公元1670年）王辅臣被提拔为陕西提督，吴三桂执手相泣，并赠送两万两白银作为路费。
康熙十二年（公元1673年），平西王吴三桂在云南造反后，立即命令麾下援剿右营标下听用官汪士荣，“以书二通扎二道付士荣，令其从间道走平凉，以致辅臣、张勇。”然而出乎吴三桂意料的是，“辅臣得书，立使人拘执士荣，”星夜押送朝廷，彰显了自己的忠心。
然而，到了康熙十三年（1674年）年底，王辅臣却主动派使持书往见吴三桂，表示愿追随反清。王辅臣在短短一年内为何有如此大的转变呢？
吴三桂叛军进展太过神速
局势的发展完全出乎王辅臣的意料。三藩之乱初起，清朝廷以全国敌一隅，看起来占据明显优势。想不到吴三桂叛军一路势如破竹，广西将军孙延龄、提督马雄以桂林应贼，四川巡抚罗森、提督郑蛟麟，总兵谭弘、吴之茂以四川应贼，福建耿精忠闻之，亦同时反。数月而六省皆陷。
与吴三桂叛军的神勇表现相比，清朝廷的军队表现不尽如人意。当时清军主力分为八旗兵和绿营兵，八旗兵力不足，绿营兵又多由明朝旧军或李自成、张献忠部降兵组成，长期受到轻视，饷银和装备都不如八旗。康熙十三年七月，王辅臣麾下绿营兵一次逃散4千人，让其对清朝平叛胜利的信心严重动摇
与顶头上司及友军不和
张勇当时担任兰州将军，与王辅臣同镇西北。可王辅臣没有和他打招呼，就安排儿子王吉贞将吴三桂送给他们两个人的降书及信使汪士荣一起送给了康熙，康熙帝见信后大喜，将汪士荣处于极刑，封王吉贞为太仆卿。但此举难免有举报张勇之嫌，让其难免心生怨恨。
康熙十三年二月，随着四川全境反叛，陕西的地位更加凸显。康熙命原山西陕西总督莫洛以武英殿大学士身份，出任陕西，并全权调动山西和陕西的兵马。王辅臣早在莫洛担任陕西总督期间就有过节，加上莫洛和张勇关系又好，所以莫洛一上任就对王辅臣很不友好，处处掣肘。
康熙十三年（公元1674年）十二月，因为粮饷马匹分配不公，王辅臣的副将邵苓芝怨气冲天，领兵冲击八旗军营，两军冲突中，莫洛咽喉中箭身亡。顶头上司、朝廷重臣死在自己部下手中，王辅臣的叛乱罪名彻底坐实，加上前番就已经信心动摇，又长期受气，一番思量后，王辅臣干脆率领部下彻底反叛。
