光绪十一年七月六日，也就是1885年9月4日，左宗棠终于接到了朝廷让他告老还乡的旨意。在此之前，由于年迈多病，不堪重务，左宗棠多次上奏请求病退，但都被清廷委婉的拒绝了。
历史总是让人捉摸不透，1885年9月5日，左宗棠病逝，享年74岁，距离他离任仅仅过了24小时。
而他死前，一连写了五篇奏折交代各项事宜，这5篇奏折分别是《恩准交卸回籍谢恩折》、《遵旨交卸差使折》、《闽省军务肃清所有出力文武员弁恳准择优保奖折》、《裁撤沿海渔团片》、《委员分带营勇专护炮台片》。
第一：左宗棠表明自己进入幕府实属无奈之举，从剿灭太平天国军开始算起，他已经离开家乡三十余载。领兵之后，更是连续二十多年没有踏过家门，他在奏折里说自己年纪大了，身体状况不容乐观。如果死了，他希望死在老家，希望落叶归根。
第二：左宗棠表达了自己对于清廷当前状况的极度失望。特别是中法战争后期，清政府大批官员与亲王展现出的懦弱之举，这场战争法国“不胜而胜”。
中法战争后期，民族英雄冯子材70岁提刀上任，在镇南关战役中挫败法军，歼灭法军千余人。法国内阁总理因为这场战役的失败直接倒台，随后冯子材率军乘胜追击，一度攻下文渊、谅山，重创法军司令尼格里。
最后的结果是，中法签订《中法新约》，清廷自甘示弱，承认了法国在东南亚诸多殖民地的宗主权。
一向态度强硬的左宗棠对于这件事十分恼火，同时也从这件事上彻底对清廷失望了。他作为清政府抵抗派的领袖，对那群保守派势力深恶痛绝。左宗棠本希望借助中法战争的胜利来振奋国人信心，扩大抵抗派的影响，但最终没能如愿。
慈溪与李鸿章的保守派合作，把他的战略糟蹋了。而当保守派占据了历史舞台，就注定了清政府不断受欺负、沉沦下去的结局。
官兵作战意志不强，战斗力弱，对于外国军队心怀恐惧，在遭遇外邦侵略战争时，需要有民间武装力量从中配合。
前四篇奏折主要就谈到了以上的三个问题，而在最后一篇奏折里，左宗棠阐述了自己对于台湾的看法。他认为要大大嘉奖援助台湾的军事力量以及保卫台湾的军事部门。
最后左宗棠还留下了一篇《遗折》，这篇《遗折》不是左宗棠亲手写的，而是他的亲属根据他临终前说的话和一生的信念与作为整理的。左宗棠的这份《遗折》充分体现了左宗棠一贯想法，应该是经过左宗棠认可的奏折。
在其所上奏的《遗折》中，左宗棠对光绪皇帝日后的作为有着很深的希望。
例如：尤愿皇上益勤典学，无怠万机，日近正人，广纳谠论。移不急之费，以充军食；节有用之财，以济时艰。上下一心，实事求是。臣虽死之日，犹生之年。
曾国藩：论兵战，吾不如左宗棠；为国尽忠，亦以季高为冠，国幸有左宗棠也。
李鸿章：文以治内，武以治外，为天下惜公。
