公元1616年，建州女真首领努尔哈赤崛起于白山黑水之间，东北，逐渐统一了女真部落。他打着“七大仇”的旗号，正式与明朝决裂，建立了自己的金朝政权（史称后金），自称为金国大汗。1619年，明朝万历皇帝召集11万精锐明兵围剿新生的后金政权。结果在萨尔浒之战中被努尔哈赤击败。明朝苦心经营200多年的东北易主，被迫退守狭长的辽西走廊。
为对付新兴的后金政权，明朝决定拉拢宿敌蒙古联手对抗后金的进攻。当时，蒙古帝国灭亡后，蒙古也随之解体。最后，经过长期的吞并战争，三大强国留在了蒙古高原。以大漠为界，分为漠南蒙古和漠北喀尔喀蒙古（成吉思汗时代）。征服了“森林人”的后裔，摩西蒙古（瓦剌部落的后裔）。明朝提出的蒙古国是漠南蒙古。当时漠南蒙古的首领是林丹汗。他是成吉思汗的直系后裔。
他身份尊贵，正统性很强，林丹汗也在上升期。他试图恢复他祖先的荣耀。他多次进攻明帝国，但都失败了。最终双方同意休战，并肩作战后金。
1636年，后金第二代君主皇太极改国号大清，改女真姓满洲，大清帝国（满清帝国）正式登上历史舞台。皇太极是一位伟大的战略家。他知道，想要打败明朝，绝非一蹴而就。他必须积蓄力量，等待机会。因此，皇太极将主要目标锁定在了林淡寒身上。同年，皇太极亲率十万八旗精兵攻打林丹涵。林丹涵战败，只身逃往青海。皇太极成功控制了漠南蒙古古地。漠南蒙古的王公贵族被大规模册封，大批漠南蒙古骑兵被列入蒙古八旗的战令。同时，联姻加强了满清皇室与蒙古漠南贵族的关系。作为坚定的盟友，蒙古的漠南骑兵后来成为统治中原的大清帝国的重要力量。漠南蒙古也完全融入了中国大家庭。
由于漠南蒙古最初属于清朝，所以称为内蒙古。
1688年，西蒙古准噶尔汗国噶尔丹汗率军攻打漠北喀尔喀蒙古。噶尔丹打败喀尔喀蒙古后，蒙古喀尔喀部落向清帝国求援，以抵抗噶尔丹的骚扰。1690年，清军在乌兰布统之战中大败准噶尔汗国主力。战后，康熙皇帝召集漠南、漠北等蒙古部落到多伦会盟。会盟前，清军还组织了一次大型阅兵式。漠南、漠北的蒙古部落首领被清军气势磅礴的战绩所震撼，更加坚定了效忠大清帝国的信心。康熙帝趁结盟之机，介入漠北漠北喀尔喀部落内部纷争，将漠北分为36旗，因漠北喀尔喀蒙古在内蒙古之外，确立了清朝对漠北的统治秩序，俗称外蒙，康熙也。喀尔喀部落的骑兵被列入清军的战列。后来在清准之战中，喀尔喀骑兵发挥了至关重要的作用。
磨西蒙古又称厄鲁特蒙古，其主要代表是准噶尔部落。
准噶尔部落首领噶尔丹也是一位有才气有胆识的英雄。他不满足于成为大清帝国的附庸。他要恢复蒙古帝国。很棒，可惜噶尔丹生得太早了。他遇到了崛起的大清帝国和才华横溢的康熙皇帝。康熙三度亲征准噶尔，对准噶尔汗国元气大伤。康熙之后，雍正、乾隆两朝也沿用了康熙留下的国策，不断进攻荣格汗国。最后，在1755年至1757年间，乾隆皇帝趁着准噶尔汗国内部动荡之机，两次进攻准噶尔汗国，夺取了整个旧准噶尔地区。
1771年，流亡沙俄伏伽尔河流域的蒙古人磨西支部、土尔扈特部落首领率部冲破沙俄军队的藩篱，回归大清帝国，被乾隆安置在新疆。.他们都属于大清帝国，乾隆皇帝成为当之无愧的蒙古大汗。乾隆曾在公开场合霸道地说：“思范既然是蒙族，那都是我清朝的大臣”。
