在清朝，满清先后在全国设立了九个总督，即东三省总督、直隶总督、两江总督、闽浙总督、湖广总督、陕甘总督、四川总督、两广总督和云贵总督，其中前期直隶总督为天下第一督，两江总督次之。光绪三十二年后，清廷在东北设立了东三省总督，自此东三省总督为天下第一督，直隶总督次之，两江总督再次之。
清顺治二年满清在南直隶设立江南省，后顺治四年，满清为了加强对南方地区的控制，及整合江南地区的军事力量来应对南明的反攻，遂设立江南江西河南三省总督，以此来有效的整个三省资源来打击南明势力，而此时的三省总督治所在今南京。顺治六年改江南江西河南三省总督为江南江西总督，驻地仍在南京，同时河南被划归直隶地区，有直隶总督管辖。顺治九年三省总督治所迁往南昌，并改名为江西总督，但不久并废除，重新改回江南江西三省总督，治所也重新迁往南京。顺治十八年为了防止江南江西总督势力过大，遂将江南江西总督拆分，分别设立江南总督和江西总督，同时将江南省拆分为“江南右”和“江南左”，归江南总督负责。
康熙元年，康熙将操江事务归于江南总督管辖。康熙四年将江西和江苏总督合并成一个总督，始定为两江总督。康熙六年江南右改名为江苏，江南左改为安徽，不过虽改名但仍归两江总督管辖。后在康熙十三年两江总督又被拆分为江南总督和江西总督，江西总督辖江西，江南总督辖江苏和安徽。康熙二十一年，江西总督和江南总督又被合并为一个总督，并自此定名为两江总督，并辖江西、江苏和安徽。
雍正元年，雍正为了便于两江总督管理及节制好所在地区的官员和绿营兵，同时稳定好这个满清最重要的赋税重地，遂加授时任两江总督查弼纳为兵部尚书兼都察院右都御史的官衔，而这种做法最终成为惯例，自此两江总督正式官名为总督两江等处地方、提督军务、兼理粮饷、操江事务。道光十一年，两江总督又开始兼管两淮盐政，但是在1853年太平天国占领南京及江南地区后，盐运秩序被彻底破坏后，两淮盐政遂废，自然两江总督也就停止兼管两淮盐政事务。咸丰十年，因南河总督官衙被太平天国战乱被毁，遂清廷直接将专职南河总督裁减，改有两江总督兼任。
同治十二年，因列强开始大规模强迫满清开放通商口岸，因此越来越多的外国人开始涌入满清，而在两江地区是开设口岸较多的地区，遂满清将南洋通商大臣交由两江总督兼任。而自此两江总督的官衔再无改变，全名为总督两江等处地方、提督军务、兼理粮饷、操江、南河、南洋通商事务。
从以上可以看出两江总督的职权非常之大，作为清朝九位封疆大吏中排位第三的重臣，他的权力自然是极大的。两江总督先是总领江苏、江西和安徽三省的军政事务，并节制巡抚和提督，及全省的官员。同时负责粮饷的管理，及操江事务，后又开始负责江苏河道的疏浚及堤防事务。再这之后，又开始管理广州、福州、厦门、宁波、上海及潮州、琼州、淡水各通商事务及各项“洋务”。可以说两江总督越到后期权力就越大，到清末更是成为了可以左右中国走向的权位。
