吴藩有按旗兵编制的53佐领，绿营兵又有“四镇十营”按藩属五丁出一甲，甲二百设一佐领，吴藩有10600八旗编制兵。此外，还有“十营”绿营兵，每营有兵1200人，共12000人。在各地剿敌驻地，另有“四镇”，每镇有步战兵、守兵2400人。共9600人。
因此，清朝能掌握的，按期发放军饷的吴藩兵额，总数有32200人。如果按照清朝兵制，五丁出一甲，以吴藩众多的丁口来计，吴藩能够动员的兵员有53000人。
吴三桂真的只有凭借这股力量就能在云南起兵抗清吗？
后来的吴三桂起义才几个月，就横扫云贵川湘四省，这绝对不是只有5万军队就能做到的。所以，吴三桂的兵力绝对要多得多。这里面有什么原因呢？
顺治十七年（1660年），吴三桂西征之后，先后有大批南明军队和原大西军陆续投靠吴三桂。
《朝闻录》有记载，何其龙、杨朝钦等率738人投降，丁仲流率168人，黄巢率342人，白文选率11749人，胡顺等率2000余人，李定国之子李色星率5000余人。如此来算，投降吴三桂的人数就有近2万人。这些军队没有在清廷的建制中发现，很可能被吴三桂消化吸收了。
吴三桂
因此，吴三桂的编制兵员（清末魏源所著的《圣武记》里称范标兵）可能只有2到3万，但由于其闭关云南，天高皇帝远，其私自扩编的军队至少在10万以上。
再加上吴三桂开战之日，大量征调云南少数民族地区的人参军，到吴三桂起兵时，总兵力20万以上应该是可信的。
此外，吴三桂在云贵地区和湖南地区叛清时，大批绿营兵官兵投降，如贵州巡抚曹慎吉、沅州提督王永庆、贵州巡抚李本深等纷纷加入吴三桂阵营，其军队规模也有可能在25万人以上。
当时清廷全国兵力大约40万到50万人，由于各地守备需要，被派往西南前线的士兵人数还比不上三藩的叛兵。因此，在吴三桂反叛初期，尽管康熙帝做了很多措施，还是没有办法应付吴军的凌厉攻势。
最后，清军被迫战略退缩，在荆州、岳州一带，建立防御吴军的前沿阵地，以拖待变。
作为平叛战争，如果打到以拖待变的情况，清廷实际上就是失败的。可是因为吴三桂等人的政治失分，竟然让康熙帝神奇地翻盘了。
爱新觉罗·玄烨
康熙帝面对三藩的变乱，他迅速而果断地采取了一系列措施。首先，在政治上分化瓦解三藩，集中力量打击吴三桂。康熙帝在吴三桂举起叛旗后，立即向全国公布他的罪状，处死其在京的儿子，政治上做的很坚决，团结了很多的清廷既得利益者。
其次，停撤尚、耿二藩，对“精忠在京诸弟，照旧宽容”，瓦解吴三桂的同盟，在政治上孤立吴三桂。
第三，当耿精忠、王辅臣、尚之信等反清时，清圣祖始终持招抚态度，把他们的变乱说成是“无知被惑”，表白“朕之待尔，始终不渝，必不食言”。
政治上的姿态做足，军事上也是针锋相对，尽显年轻人当国的锐气。清圣祖在军事上制定了一套正确、周密的作战计划：一方面派遣将士分赴荆州、常德、四川、安庆，阻截吴军和割断吴、耿两军的联系；另一方面积极部署后方，将山东兖州、山西太原作为后方军队的两大集中点。
可是，吴三桂兵锋正盛，正欺负清廷开国名将凋零，幼主当国，在变乱一发生，吴军来势迅猛，很快攻陷岳州、澧陵、衡阳等地。紧接着，吴三桂的旧部，纷纷在各地响应，陕西、甘肃、四川、湖南、云南、贵州等省在数月之间全为吴军控制。
吴三桂被这种暂时的胜利冲昏了头脑，他自以为用兵之术天下无双，“次于澧即阻江而守，下令诸将曰：‘毋得进兵’”，企图压迫清圣祖和谈。据说吴三桂想跟清圣祖划江而治，还希望清圣祖放了他的儿子。
吴三桂
清圣祖早已看穿了他的狡诈心理，不仅不为所动，反而积极备战。首先，命令清军挺进岳州，向吴军展开进攻。其次，在几次专敕慰勉王辅臣失败后，于康熙十五年（1676年）进军平凉，迫王投降，并使王屏藩失去声援而逃往汉中。第三，在得知吴三桂企图谋结青海多尔济为援时，立即命张勇屯甘州防御，从而即使多尔济“不助吴逆”，又使青海和硕特各部“归故巢”。
这样下来，清廷就大体上平定了陕甘，以致吴三桂串通西北汉籍将领、煽动蒙古叛乱，从侧面进攻北京的阴谋彻底破产。
战争节奏一旦被清廷所掌握，吴三桂的兵势就难以施展了。
如果在吴三桂起兵之初，各地群起响应，他能顺势渡江，哪怕打不到北京，攻到河南也行，起码能够让天下人看到吴三桂与清廷决裂的态度。结果吴三桂止步于长江，不仅让江北心向故国的士大夫不敢发动，还让同盟者内部互相猜忌。
清圣祖在一系列的政治攻势下，逐渐蚕食吴三桂的领地。吴三桂年老力衰，眼看渡江无望，为提振士气，他在康熙十七年（1678年）三月登基称帝。
由于长期的战争，吴藩府库空虚；吴军的横征暴敛，使得人民怨声载道，以致于众叛亲离。到了这年八月，清军压境，吴三桂气绝而死。
吴三桂死后，已经走向衰败的大周国更是每况愈下，只有三年的功夫，到康熙二十年（1681年）十月，清军在昆明城下大获全胜，吴三桂的孙子吴世璠自杀，余党马宝等被活捉，械送北京。吴三桂反清之事，归于失败。
