宁古塔传说是努尔哈赤的曾祖父所生六个儿子所占之地，算是清廷龙兴之地。由于清太祖系出老四觉昌安，所以他这支在清朝扎黄带子，剩余五支扎红带子。
它有新旧两城，旧城在松花江左岸支流海浪河的南岸，也就是现在的海林市长汀镇旧古城村。努尔哈赤刚建后金时曾驻兵在此。康熙五年又建新城在今黑龙江省宁安市。光绪年在宁古塔设绥芬厅，宣统元年升为府。随着清廷变弱，此地渐不为重镇。
清朝多在此作为流放囚犯所用，是清朝多数大案的句号，是士子心中的地狱。被放逐到这里的人多是文字狱或科举舞弊案的罪犯。其目的无非是向祖宗炫耀，侮辱囚犯。顺治时此地辖“哈尔滨以南、以东”，是清廷的军事重镇。还肩负着东北各族向朝廷进贡时转运点的作用，故与盛京齐名。
此地据曾被流至此的吴兆骞给家里写信说“宁古寒苦天下所无，自春初到四月中旬，大风如雷鸣电激咫尺皆迷，五月至七月阴雨接连，八月中旬即下大雪，九月初河水尽冻。雪才到地即成坚冰，一望千里皆茫茫白雪”可见宁古塔的当时的环境是何等恶劣，不过现在却成了人人向往的雪景胜地。
吴兆骞是江南人，在丁酉科舞弊案中遭人诬陷，被流放宁古塔。到了宁古塔的罪犯，按说永无天日才对，但他却当上了当地最高领导家中的西席，这是怎么回事呢？当地的落后迫切需求中原文化，所以当读书人到后，给当地带来生机。来这里的读书人可以不当差，不纳粮，生活困难时，还能得到救济；常常是官吏们的座上客，经常陪宴、陪饮，每当将军、副都统有重要差事，他们还会作诗相赠。吴兆骞就曾很多次写过为官员送行的诗，出众的文采让他渐渐成了当地的名人。他在《归来草堂尺牍》中写道：“宁古塔地方，乡绅举人俱照中国（内地）一样优免。”可见当地官员对于士子的尊重，由此也促进了当地商业和文化发展。
1860年，面对第二次鸦片战争的失利，主和派在俄国威逼之下签了中俄北京条约，其中有规定将宁古塔大部分割予沙俄，今归俄罗斯滨海边疆区管。俄罗斯远东的重要太平洋港口海参崴及纳霍德卡均处古代宁古塔。
